Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

Форум судебных медиков России
 
>

Наборы Cordis

>
genetics
сообщение 6.03.2016 - 19:42
Сообщение #1


Читатель

Группа: Участники
Регистрация: 5.04.2014
Пользователь №: 39 269


День добрый, кто-нибудь пользует на практике наборы для амплификации Cordis Plus и CordYs?
Ваше мнение о данных наборах?
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
tweex
сообщение 23.11.2016 - 14:43
Сообщение #2


Вновь прибывший

Группа: Участники
Регистрация: 14.10.2016
Пользователь №: 44 653


Cordis Plus хороший набор.
восстановление зрения32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч
32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч
32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч
32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч
32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч
32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч
32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч
32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч32ч

Сообщение отредактировал tweex - 23.11.2016 - 14:43
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Anatoly
сообщение 18.05.2017 - 19:04
Сообщение #3


Вновь прибывший

Группа: Пользователи
Регистрация: 20.04.2017
Пользователь №: 45 633


А что скажете про Gordiz Expert?
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Razum72
сообщение 19.05.2017 - 07:32
Сообщение #4


Претендент

Группа: СМЭ
Регистрация: 9.08.2009
Пользователь №: 16 133


Добрый день, уважаемые коллеги! Anatoly, Сordis Expert сохранил все характеристики присущие Cordis Plus, просто он жидкий, а не лиофилизированный, следовательно большинству привычней и удобней работать, особенно если используются автоматические системы дозирования.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
N G
сообщение 25.05.2017 - 08:13
Сообщение #5


Новичок

Группа: СМЭ
Регистрация: 10.03.2010
Пользователь №: 20 495


Цитата(Razum72 @ 19.05.2017 - 07:32)
Добрый день, уважаемые коллеги! Anatoly, Сordis Expert сохранил все характеристики присущие Cordis Plus, просто он жидкий, а не лиофилизированный, следовательно большинству привычней и удобней работать, особенно если используются автоматические системы дозирования.


Лиофилизированный, кстати, очень удобен при ручном раскапывании. Стоит попробовать и уже не хочется готовить супермикс, как раньше. ))
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Prospero
сообщение 28.06.2017 - 18:19
Сообщение #6


Вновь прибывший

Группа: Участники
Регистрация: 28.06.2017
Пользователь №: 45 732


Набор весьма посредственный:
- очень низкий динамический диапазон, если внести чуть больше ДНК, чем рекомендовано, получается сильно перегруженный профиль, который невозможно анализировать из-за pull-up'ов
- качество профиля с рекомендованным количеством ДНК также оставляет желать лучшего: "грязная" базовая линия, в части образцов "лишние" аллели (чаще всего аллель 7 в TPOX), провал по высоте пиков в D22S1045, т.е. для анализа смесей и LCN набор практически непригоден
- при анализе сравнительных образцов методом прямой амплификации порядка 30% образцов требует повторного исследования
- высокая вариабельность качества от лота к лоту из-за производства "на коленке"

Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Razum72
сообщение 29.06.2017 - 13:03
Сообщение #7


Претендент

Группа: СМЭ
Регистрация: 9.08.2009
Пользователь №: 16 133


Цитата(Prospero @ 28.06.2017 - 20:19)
Набор весьма посредственный:
- очень низкий динамический диапазон, если внести чуть больше ДНК, чем рекомендовано, получается сильно перегруженный профиль, который невозможно анализировать из-за pull-up'ов
- качество профиля с рекомендованным количеством ДНК также оставляет желать лучшего: "грязная" базовая линия, в части образцов "лишние" аллели (чаще всего аллель 7 в TPOX), провал по высоте пиков в D22S1045, т.е. для анализа смесей и LCN набор практически непригоден
- при анализе сравнительных образцов методом прямой амплификации порядка 30% образцов требует повторного исследования
- высокая вариабельность качества от лота к лоту из-за производства "на коленке"


Добрый день уважаемые коллеги!
'Prospero', у нас тоже во времена знакомства с данным набором возникали перечисленные Вами проблемы, пришлось какое-то время адаптироваться и преодолевать определенные сложности, сейчас все работает довольно неплохо.
Личное мнение (не реклама, не агитация):
- "очень низкий динамический диапазон, если внести чуть больше ДНК, чем рекомендовано, получается сильно перегруженный профиль, который невозможно анализировать из-за pull-up'ов" - диапазон действительно не велик, но если измерять концентрацию ДНК методом RT используя современные наборы, то эта проблема исчезает;
- "качество профиля с рекомендованным количеством ДНК также оставляет желать лучшего: "грязная" базовая линия, в части образцов "лишние" аллели (чаще всего аллель 7 в TPOX)" - базовая линия действительно хуже чем у иностранных аналогов, лишние аллели бывают не часто и обычно встречаются в профилях не пригодных для интерпритации или в К-, на практике данный феномен не затрудняет анализ, может быть только в каких-то исключительных случаях;
- провал по высоте пиков в D22S1045, т.е. для анализа смесей и LCN набор практически непригоден" - в первую очередь это может быть из-за "неправильной" постановки ПЦР, там есть несколько важных ньюансов, либо в деградированных объектах, данный набор не лучший для сильно деградированных объектов. D22S1045 (и кстати иногда FGA) выглядит низковато на фоне высокого RFU легких локусов, но работает стабильно и даже для минорных компонентов смесей, бывает конечно аллель выпадает (в низких концентрациях), но бывает в тех же низких концентрациях данный набор вытягивает аллели провалившиеся при использовании первоклассных наборов (например локус SE работает супер);
- "при анализе сравнительных образцов методом прямой амплификации порядка 30% образцов требует повторного исследования" - возможно, достаточного опыта не имеем, но здесь можно попробовать поиграть "кол-во объекта - способ выделения - кол-во циклов", хотя может это не конек данного набора;
- "высокая вариабельность качества от лота к лоту из-за производства "на коленке"" - как производится не знаю, в последнее время качество стабильное, никакой вариабельности не наблюдается.

Личный вывод:
- набор вполне достойный, со своими эксклюзивными плюсами и минусами, которые имеются у любых наборов;
- отличная рабочая лошадка, решает 90% поставленных задач;
- цена в разы и разы ниже иностранных аналогов;
- с деградированной ДНК работает хуже первоклассных иностранных наборов;
- требует определенных адаптационных усилий и достаточного опыта на начальных этапах работы.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Prospero
сообщение 30.06.2017 - 12:58
Сообщение #8


Вновь прибывший

Группа: Участники
Регистрация: 28.06.2017
Пользователь №: 45 732


Уважаемый Razum72, я все-таки не могу согласиться:

"диапазон действительно не велик, но если измерять концентрацию ДНК методом RT используя современные наборы, то эта проблема исчезает". Если ДНК сильно деградирована Вам придется внести больше ДНК для того, чтобы получить приемлемы уровень сигнала в "длинных" локусах.

"базовая линия действительно хуже чем у иностранных аналогов, лишние аллели бывают не часто и обычно встречаются в профилях не пригодных для интерпритации или в К-, на практике данный феномен не затрудняет анализ, может быть только в каких-то исключительных случаях" К сожалению это не совсем так. Уровень фонового сигнала выше в разы, если сравнивать с импортными аналогами, артефакты, зона праймеров, "наползающая" на короткие локусы... "Лишние" пики регулярно наблюдаю и в сравнительных образцах, причем высота сигнала сравнима с истинными аллелями. Анализировать в этих условиях LCN и смеси с соотношением компонентов больше, чем пять к одному это прямой путь к некорректным выводам.

"и кстати иногда FGA" Отличное подтверждение вариабельность качества разных лотов. И еще D18, кстати. С длиной фрагмента корреляции нет никакой

"но здесь можно попробовать поиграть "кол-во объекта - способ выделения - кол-во ц
- "при анализе сравнительныхиклов"" Пробовали, 30% перестановок это лучшее, чего удалось добиться

Личный вывод (не антиреклама, не контрагитация): smile.gif
единственное достоинстко набора - цена, но и оно нивелируется необходимостью "адаптации и преодоления определенных сложностей" и поспоянными перестановками ПЦР/фореза. На современом этапе проихводство экспертиз это именно ПРОИЗВОДСТВО, и исполизуемая химия должна этому соответствовать. Два реза обирать и разбирать автомобиль на конвеере вряд ли кому-то придет в голову

Сообщение отредактировал Prospero - 30.06.2017 - 12:58
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием




- Обратная связь Сейчас: 18.08.2017 - 00:36