[GeneQuery]

Доброго времени суток, уважаемые эксперты!

Хотел бы уточнить один момент.
В результатах экспертизы представлены некие графики, насколько понимаю, фореграмма (или буду условно так ее называть).
Привожу пример изображения для локуса D13S317.

Насколько знаю, у него могут быть аллели с 8 по 14.
Вопрос: можно ли неспециалисту (просто человеку получившему заключение эксперта) (хотя бы примерно) по данному изображению фореграммы определить какие аллели в данном локусе?
Если можно, то хотелось бы понять как.
Если нельзя, то хотелось бы услышать почему (и зачем тогда вообще нужен этот график, если вдруг в нем нет никакой закономерности в плане взять линейку и посмотреть что да как ).
Я понимаю, что в заключении все аллели написаны конкретными цифрами черным по белому, но хотелось бы узнать именно информационную ценность этих графиков не может же быть, что они просто для красоты...

Еще вопросик вдогонку: как конкретно на фореграмме отличить шумовой всплеск от нормального?

Заранее спасибо.

[someone]

Лучше попросите эксперта размеченный файл, тк без точной шкалы можно только на глаз. Метка 210 бп указывает на то что набор скорее всего Identifier (у других продукт для этого локуса короче). Значит второй пик скорее всего аллель 9, то есть повтор TATC 9 раз. Первый пик не могу угадать, надеюсь Зубр узнает. Самый короткий возможный аллель - не 8.

Я понимаю, что в заключении все аллели написаны конкретными цифрами черным по белому, но хотелось бы узнать именно информационную ценность этих графиков не может же быть, что они просто для красоты

Это просто иллюстрация. Она действительно нужна для контроля, хотя оборудование и софт доставляют всю информацию автоматически.

ЗЫ: Что называется, зауважал Вас за такие долгие и настойчивые сомнения в доказательности СМЭ

[GeneQuery]

Лучше попросите эксперта размеченный файл, тк без точной шкалы можно только на глаз. Метка 210 бп указывает на то что набор скорее всего Identifier (у других продукт для этого локуса короче). Значит второй пик скорее всего аллель 9, то есть повтор TATC 9 раз.

Ок. Согласен, уточняю.
Сделал картинку с бОльшим разрешением и со более полной шкалой.
При этом по ходу дела вопрос немного усложнился (возможно).

Выкладываю два анализа одного и того же гена (две разные экспертизы, но проводились на одном наборе (CODIS)) и вот мне интересно, что можно сказать по этим графикам какие аллели должны быть в первом и во втором случае?
Изображения обработал так:
1. вырезал выборочно только один ген из обоих экспертиз (2-е картинки соответственно, так сказать, исходные)



2. на обеих графиках более детально разметил шкалу по точкам:



Собственно вопрос остается открытым какие аллели в этом локусе должны получиться в первом и во втором случае?
(могут ли они получиться разными в данном примере?)

Пробовал сам смотреть здесь, но когда вообще увидел эту таблицу сразу возникли вопросы:
1. Эти параметры по аллелям актуальны для D13S317 на любой панели или могут быть отличия и например для того же Identifier будет другая таблица? (как сам понимаю, должны быть одинаковы независимо от панели, но может и ошибаюсь, кто знает...)
2. самое интересное я пока не понял по поводу того, что например, приводится аллель 14 для него длина Set1 - 193, Set3-229 (это что диапазон длин, в который должен попасть пик или это как раз относится к разным панелям? (там в самом верху табличка типа Set1 - Promega, Set3 - Identifiler или нет? Если таблица для разных панелей, то хотелось бы увидеть и для CODIS-а

Но конечно, больше интересует вопрос по аллелям приведенного локуса.
И какова методика их определения.

Это просто иллюстрация. Она действительно нужна для контроля, хотя оборудование и софт доставляют всю информацию автоматически.

Эти слова режут без ножа. Вы же вначале сказали, что нужен файл с разметкой - для меня это означает, что эти графики все же делает программа и рисует в масштабе именно по точкам, полученным с оборудования (ну ведь всяко же она не свободными художествами занимается правильно и даже схематично рисовать эти графики, я как программист слабо могу себе представить смысл написания программы, которая рисует от балды подобные графики там типа плюс/минус лишь бы было красиво и на что-то похоже, тем более, область серьезная и здесь программы я думаю, должны проходить жесткую сертификацию в том числе и на корректность рисования эти фореграмм)

ЗЫ: Что называется, зауважал Вас за такие долгие и настойчивые сомнения в доказательности СМЭ

Спасибо конечно, но я так понял, что:
1. такие экземпляры здесь периодически появляются и скорее, больше вызывают улыбки, не знаю...
2. на самом деле, как ни банально звучит, ситуация у меня сложная, решается судьба и не знаю как мне быть - в идеале хоть сам становись генетиком и проводи эти ПЦР или хотя бы присутствовать при этом, чтобы понять технологию и воочию убедиться самому как и что на самом деле если мыслить философски то конечно, судьба решается каждое мгновение, но именно этот вопрос все же очень важный, так как все же это будет поворот сразу во многих судьбах и очень не хочется ошибиться. А о самих причинах, из-за которых у меня сложилось недоверие к генетике я даже рассказать толком никому не могу получается, но они есть и для меня очень серьезные

[FILIN]

Уважаемые генетики.
Просьба без гаданий и предположений.
Если данных для категорического ответа недостаточно - так и напишите.

[someone]

Недостаточно. Это вопросы к эксперту делавшему анализ.

[GeneQuery]

Недостаточно. Это вопросы к эксперту делавшему анализ.

А чего именно не хватает в исходных данных?

Как сам понимаю, нужен леддер для COrDIS.
Не подскажете где найти или может кто-нибудь скинет из своих запасов?
Многие производители дают эту информацию а по данной панели не нахожу

[someone]

Но конечно, больше интересует вопрос по аллелям приведенного локуса.
И какова методика их определения.

Софт фирмы ABI дозволяет видеть леддер с очень высоким разрешением, при правильной постановке реакций, правильной работе с оборудованием и стандартной настройке софта можно различить большинство аллелей. Если же Вы не доверяете данному производителю, и вообще фирмам выпускающим коммерческие наборы (которые очень упрощают работу но согласен со стороны Вам могут казаться вещью в себе) - тогда напомню, что локус можно секвенировать. Узнаете все там до нуклеотида. Но такой способ на практике применяют только когда подозревают очень нестандартные аллели, которые не детектятся коммерческими наборами.

[someone]

А чего
Как сам понимаю, нужен леддер для COrDIS.

Простите, не заметил Вашего предыдущего поста.

CODIS это не коммерческий набор Это совокупность локусов и база частот по ним. Набор в Вашем случае думаю тот же Айдентифайлер.

Сообщение отредактировал someone - 7.12.2011 - 00:27

[GeneQuery]

Простите, CODIS это не коммерческий набор Это набор локусов и база частот по ним. Набор в Вашем случае думаю тот же Айдентифайлер.

В описательной части ответа четко написано, что "использовался протокол, леддер и размерные стандарты набора фирмы Gordis" Или эта фирма может просто продавать этот набор или она и производит этот идентифайлер ? Но тогда все равно бы написали тогда какой именно набор наверно, но в отчете про идентифайлер нет ни слова.

[GeneQuery]

Нет точно не идентифайлер:
если определять аллели по его размерам
то все совсем плохо, чего думаю, точно не может быть

[someone]

может фирмы Gordiz? Тогда на форуме есть кому ответить, ждите.

[GeneQuery]

Может фирмы Gordiz.

Да. Именно так. Спасибо подожду

[GeneQuery]

Сегодня посмотрел отчет еще.....
И обнаружил, на мой взгляд, просто ужасную вещь, которая мне лично говорит о том, что как минимум отчет строился не автоматически, а как минимум, корректировался руками!!
Привожу картинку по VWA (все, что красным подписано мной):


То есть в отчете по графикам вообще не указаны аллели, хотя по-моему пики вполне определенные!
БОЛЬШЕ ТОГО, в табличной части отчета значения аллелейо для VWA указаны!!!
(Мать 17-18 Ребенок 15-18 Отец 15-15)
ЕЩЕ БОЛЬШЕ ТОГО, значения, которые указаны в табличной части я, спроецировал вниз красными линиями с леддера, и насколько я вижу, эти значения вообще не попадают на пики!! (по всем остальным локусам на всех листах отчета и на том листе где указан этот VWA: детектированные аллели указаны и пики четко соотвествуют значениям леддера)...

Ребята, ну как так?!!! Как Вы считаете, человек, видя, такое несоответствие, которое однозначно говорит о том, что или отчет пишется непонятно как, без привязки к первичным данным, или о том, что например, сначала написали табличную часть, а потом нарисовали графики по ней, но в одном месте забыли нарисовать на графике значения аллелей или например о том, что
НО я например, видя это НИКОГДА НЕ ПОВЕРЮ В ТО, ЧТО ВСЕ ДЕЛАЛОСЬ АВТОМАТИЧЕСКИ ПРОГРАММОЙ, в то же время, знаю, что отчет софтом делается автоматически (у меня есть демо-версия программы) то есть создается рыба очета, далее забиваются данные по экспертизе ФИО участников, локусы аллели и т.п. и по нажатию кнопки выдается отчет с расчетом вероятности и официальной частью (возможно, если еще более автоматизирующие софтины). НО ДАЖЕ если допустить, что отчет пишется руками (что очень маловероятно) все равно же идет откровенное цифрам приведенным в табличной части и графикам...

То есть ладно бы ошибка, там опечатка какая-то, но здесь же явно видно, что табличная часть отчета (итоговая, куда выводятся локусы с аллелями) заполнялась без привязки к графикам или наоборот некачественно нарисовали графики по табличке.... Как теперь этому верить? ((( То есть верить в то, что отчет действительно объективный и в нем ничего не подправлялось...

Да еще в совокупности с тем, что расшифровку мне отдали не сразу, а сначала просто выдали заключение просто с уже итоговой цифрой вероятности без какой бы то ни было расшифровки вообще (то есть даже таблички с локусами/аллелями не было), сказав при этом, что это стандартный ответ, но пообещали немного погодя выдать расшифровку и выдали (но при чем по дате ее печати первичные данные были распечатаны еще три дня назад ПРИ ЭТОМ, графики расположены на трех страницах, НО печатались ИМЕННО ПО ОДНОЙ страничке (на каждом листе подпись "page 1 of 1") и время печати каждой странички с интервалом в 2-3 минуты!!!: ВОПРОС зачем печатать по одной странице готовый и цельный отчет, который дала программа!!!??? Снова напрашивается вывод, вплоть до того, что отчет рисовался отдельно по одной страничке, возможно в режиме некоего моделирования (если позволяет софт, а судя по информации здесь на форуме, он это позволяет)) И что мне теперь делать!?... (((((((((((((

[Зубр]

Уважаемый 'GeneQuery' !

Сегодня посмотрел отчет еще.....
И обнаружил, на мой взгляд, просто ужасную вещь, которая мне лично говорит о том, что как минимум отчет строился не автоматически, а как минимум, корректировался руками!!
Привожу картинку по VWA (все, что красным подписано мной):

Прежде всего, Вам необходимо успокоиться. Количество вопросов и сомнений, которое у Вас возникло, возможно превышает количество информации, выданной Вам в виде заключения. С трудом успевает (и даже не успевает) за Вашими рассуждениями один из спецов ФСМ. Отрывочные данные, которые Вы приводите малопродуктивны для установления истины или хотя бы понимания сути процесса. А основа в том, что программа, основываясь на значениях аллельного леддера и стандарта молекулярных масс (и ещё некотором наборе заложенных изначально данных) строит ограничители (бины) для аллелей - они хорошо видны на первой приведённой Вами картинке - это серые вертикальные полосы. Если вершина пика попадает в бин, то программа (сама) ставит номер аллели и (по желанию оператора) пишет другую полезную информацию про пик. Номера аллелей эксперты должны сохранять на графиках, хотя бы для того, чтобы меньше возникало вопросов у неспециалистов. По приводимым Вами отрывкам картинок, например, не ясно были эти номера на исходных графиках, или Вы их для создания интриги подретушировали

...Да еще в совокупности с тем, что расшифровку мне отдали не сразу, а сначала просто выдали заключение просто с уже итоговой цифрой вероятности без какой бы то ни было расшифровки вообще (то есть даже таблички с локусами/аллелями не было), сказав при этом, что это стандартный ответ, но пообещали немного погодя выдать расшифровку и выдали (но при чем по дате ее печати первичные данные были распечатаны еще три дня назад ПРИ ЭТОМ, графики расположены на трех страницах, НО печатались ИМЕННО ПО ОДНОЙ страничке (на каждом листе подпись "page 1 of 1") и время печати каждой странички с интервалом в 2-3 минуты!!!: ВОПРОС зачем печатать по одной странице готовый и цельный отчет, который дала программа!!!??? Снова напрашивается вывод, вплоть до того, что отчет рисовался отдельно по одной страничке, возможно в режиме некоего моделирования (если позволяет софт, а судя по информации здесь на форуме, он это позволяет)) И что мне теперь делать!?... (((((((((((((

Готового и цельного, как Вы выражаетесь, отчёта программы обработки данных с секвенатора не дают. Как бы не была умна машина, человеческий мозг она повторить не сможет (пока). По сему, печать идёт по одному листу - формат представления данных может быть разным.
Приведу формат наиболее стандартизованный, для примера (тут Identifiler от Applied Biosystems).

Удачи.

[GeneQuery]

Здравствуйте, уважаемый Зубр, отвечаю по порядку.

Если вершина пика попадает в бин, то программа (сама) ставит номер аллели и (по желанию оператора) пишет другую полезную информацию про пик. Номера аллелей эксперты должны сохранять на графиках, хотя бы для того, чтобы меньше возникало вопросов у неспециалистов.

Могу отсканировать в более высоком разрешении, чтобы было видно в какой бин что попадает ), но и так по-моему видно, что по леддеру у меня никак не 15 в VWA, у ребенка тоже никаким боком не видно моих 15-ти, так же как впрочем и мамины 17 задеты очень сомнительно.
Что касается номеров аллелей на графиках, то на всех локусах эти номера аллелей есть, а вот на VWA, который вообще никак не совпадает по графику номеров аллелей нет (я их не стирал), зато в табличной части отчета цифры указаны такие, что да типа все отлично, НО графику по VWA они и близко не соответствуют.