Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Выделение ДНК из мягких тканей, фиксированных в формалине, ингибирование ПЦР |
Anna85 |
14.01.2016 - 17:06
Сообщение
#1 |
Вновь прибывший Группа: Пользователи Регистрация: 14.01.2016 Пользователь №: 43 269 |
Добрый день!
Обращаюсь за советом. Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин. С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме. Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях? Заранее благодарю за помощь. |
доктор морфолог |
15.01.2016 - 11:35
Сообщение
#2 |
Мастер I Группа: СМЭ Регистрация: 5.12.2013 Пользователь №: 38 421 |
Добрый день! Обращаюсь за советом. Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин. С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме. Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях? Заранее благодарю за помощь. Гистологи обычно делают долгую промывку под проточной водой для проводки от избавления формалина. Нужно мнение опытнейших в генетике уважаемых Зубрa и genosys, подождем. |
Зубр |
17.01.2016 - 18:56
Сообщение
#3 |
Магистр форума Группа: Модераторы Регистрация: 9.04.2007 Пользователь №: 4 766 |
Добрый день! Обращаюсь за советом. Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин. С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме. Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях? Заранее благодарю за помощь. Доброго времени суток! Работ по выделению ДНК из тканей, погружённых в формалин, множество. В основном, это музейные архивы, но есть и "чистые" опыты. Общие принципы не отличаются от выделения ДНК из тканей заключённых в парафиновые блоки, так как формалиновая экспозиция есть и при подготовке последних. Прикреплю несколько статей, возможно помогут методически. Успехов. 2125.pdf ( 232.06 килобайт ) Кол-во скачиваний: 907 ABR_2012_3_7_3174_3177.pdf ( 291.3 килобайт ) Кол-во скачиваний: 666 form_str.pdf ( 51.85 килобайт ) Кол-во скачиваний: 725 FSI_2011.pdf ( 227.59 килобайт ) Кол-во скачиваний: 517 |
Razum72 |
22.01.2016 - 12:09
Сообщение
#4 |
Участник форума Группа: СМЭ Регистрация: 9.08.2009 Пользователь №: 16 133 |
Добрый день! Обращаюсь за советом. Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин. С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме. Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях? Заранее благодарю за помощь. Добрый день, уважаемые коллеги! Anna85, проблема типирования ДНК выделенной из фиксированных в формалине тканей, состоит не в ингибиции ПЦР формалином, а в прямом действии формальдегида на ДНК: 1) Присоединяется к НК с формированием гидроксиметильных групп; 2) Медленная электрофильная атака N-метилола на азотное основание образует метиленовый мостик между двумя аминогруппами; 3) Через гидролиз N-гликозидных мостиков приводит к появлению апуриновых и апиримидиновых участков; 4) Медленно гидролизует дифосфатные мостики приводя к образованию коротких цепей полидезоксирибозы с интактными пиримидинами. Т.о. вы не можете проанализировать ДНК, т.к. она деградирована. В каких-то случаях помогут наборы - mini, NGMSe, Global. Прикрепляю презентацию, в ней ищите ответы, будут вопросы - пишите. Прикрепленные файлы ______________2.ppt ( 746.5 килобайт ) Кол-во скачиваний: 713 |
Сейчас: 25.04.2024 - 12:39 |