[genetics]

День добрый, кто-нибудь пользует на практике наборы для амплификации Cordis Plus и CordYs?
Ваше мнение о данных наборах?

[Anatoly]

А что скажете про Gordiz Expert?

[Razum72]

Добрый день, уважаемые коллеги! Anatoly, Сordis Expert сохранил все характеристики присущие Cordis Plus, просто он жидкий, а не лиофилизированный, следовательно большинству привычней и удобней работать, особенно если используются автоматические системы дозирования.

[N G]

Добрый день, уважаемые коллеги! Anatoly, Сordis Expert сохранил все характеристики присущие Cordis Plus, просто он жидкий, а не лиофилизированный, следовательно большинству привычней и удобней работать, особенно если используются автоматические системы дозирования.

Лиофилизированный, кстати, очень удобен при ручном раскапывании. Стоит попробовать и уже не хочется готовить супермикс, как раньше. ))

[Prospero]

Набор весьма посредственный:
- очень низкий динамический диапазон, если внести чуть больше ДНК, чем рекомендовано, получается сильно перегруженный профиль, который невозможно анализировать из-за pull-up'ов
- качество профиля с рекомендованным количеством ДНК также оставляет желать лучшего: "грязная" базовая линия, в части образцов "лишние" аллели (чаще всего аллель 7 в TPOX), провал по высоте пиков в D22S1045, т.е. для анализа смесей и LCN набор практически непригоден
- при анализе сравнительных образцов методом прямой амплификации порядка 30% образцов требует повторного исследования
- высокая вариабельность качества от лота к лоту из-за производства "на коленке"

[Razum72]

Набор весьма посредственный:
- очень низкий динамический диапазон, если внести чуть больше ДНК, чем рекомендовано, получается сильно перегруженный профиль, который невозможно анализировать из-за pull-up'ов
- качество профиля с рекомендованным количеством ДНК также оставляет желать лучшего: "грязная" базовая линия, в части образцов "лишние" аллели (чаще всего аллель 7 в TPOX), провал по высоте пиков в D22S1045, т.е. для анализа смесей и LCN набор практически непригоден
- при анализе сравнительных образцов методом прямой амплификации порядка 30% образцов требует повторного исследования
- высокая вариабельность качества от лота к лоту из-за производства "на коленке"

Добрый день уважаемые коллеги!
'Prospero', у нас тоже во времена знакомства с данным набором возникали перечисленные Вами проблемы, пришлось какое-то время адаптироваться и преодолевать определенные сложности, сейчас все работает довольно неплохо.
Личное мнение (не реклама, не агитация):
- "очень низкий динамический диапазон, если внести чуть больше ДНК, чем рекомендовано, получается сильно перегруженный профиль, который невозможно анализировать из-за pull-up'ов" - диапазон действительно не велик, но если измерять концентрацию ДНК методом RT используя современные наборы, то эта проблема исчезает;
- "качество профиля с рекомендованным количеством ДНК также оставляет желать лучшего: "грязная" базовая линия, в части образцов "лишние" аллели (чаще всего аллель 7 в TPOX)" - базовая линия действительно хуже чем у иностранных аналогов, лишние аллели бывают не часто и обычно встречаются в профилях не пригодных для интерпритации или в К-, на практике данный феномен не затрудняет анализ, может быть только в каких-то исключительных случаях;
- провал по высоте пиков в D22S1045, т.е. для анализа смесей и LCN набор практически непригоден" - в первую очередь это может быть из-за "неправильной" постановки ПЦР, там есть несколько важных ньюансов, либо в деградированных объектах, данный набор не лучший для сильно деградированных объектов. D22S1045 (и кстати иногда FGA) выглядит низковато на фоне высокого RFU легких локусов, но работает стабильно и даже для минорных компонентов смесей, бывает конечно аллель выпадает (в низких концентрациях), но бывает в тех же низких концентрациях данный набор вытягивает аллели провалившиеся при использовании первоклассных наборов (например локус SE работает супер);
- "при анализе сравнительных образцов методом прямой амплификации порядка 30% образцов требует повторного исследования" - возможно, достаточного опыта не имеем, но здесь можно попробовать поиграть "кол-во объекта - способ выделения - кол-во циклов", хотя может это не конек данного набора;
- "высокая вариабельность качества от лота к лоту из-за производства "на коленке"" - как производится не знаю, в последнее время качество стабильное, никакой вариабельности не наблюдается.

Личный вывод:
- набор вполне достойный, со своими эксклюзивными плюсами и минусами, которые имеются у любых наборов;
- отличная рабочая лошадка, решает 90% поставленных задач;
- цена в разы и разы ниже иностранных аналогов;
- с деградированной ДНК работает хуже первоклассных иностранных наборов;
- требует определенных адаптационных усилий и достаточного опыта на начальных этапах работы.

[Prospero]

Уважаемый Razum72, я все-таки не могу согласиться:

"диапазон действительно не велик, но если измерять концентрацию ДНК методом RT используя современные наборы, то эта проблема исчезает". Если ДНК сильно деградирована Вам придется внести больше ДНК для того, чтобы получить приемлемы уровень сигнала в "длинных" локусах.

"базовая линия действительно хуже чем у иностранных аналогов, лишние аллели бывают не часто и обычно встречаются в профилях не пригодных для интерпритации или в К-, на практике данный феномен не затрудняет анализ, может быть только в каких-то исключительных случаях" К сожалению это не совсем так. Уровень фонового сигнала выше в разы, если сравнивать с импортными аналогами, артефакты, зона праймеров, "наползающая" на короткие локусы... "Лишние" пики регулярно наблюдаю и в сравнительных образцах, причем высота сигнала сравнима с истинными аллелями. Анализировать в этих условиях LCN и смеси с соотношением компонентов больше, чем пять к одному это прямой путь к некорректным выводам.

"и кстати иногда FGA" Отличное подтверждение вариабельность качества разных лотов. И еще D18, кстати. С длиной фрагмента корреляции нет никакой

"но здесь можно попробовать поиграть "кол-во объекта - способ выделения - кол-во ц
- "при анализе сравнительныхиклов"" Пробовали, 30% перестановок это лучшее, чего удалось добиться

Личный вывод (не антиреклама, не контрагитация):
единственное достоинстко набора - цена, но и оно нивелируется необходимостью "адаптации и преодоления определенных сложностей" и поспоянными перестановками ПЦР/фореза. На современом этапе проихводство экспертиз это именно ПРОИЗВОДСТВО, и исполизуемая химия должна этому соответствовать. Два реза обирать и разбирать автомобиль на конвеере вряд ли кому-то придет в голову

Сообщение отредактировал Prospero - 30.06.2017 - 12:58

[genetics]

Набор весьма посредственный

Полностью соглашусь.

Тоже создается ощущение, что на "коленке".
Хорошая задумка в плане импортозамещения, но реализация мягко говоря... И понятно, что производители кордиса не виноваты в том, что система вся наша такая гнилая, что никто ни в чем не заинтересован (ну, там, на "Олимпе"). Но, ребят, то, чем вы/мы занимаетесь/занимаемся... от этого судьбы вообще-то зависят... И как-то страшновато...

Достоинство в стоимости... сомнительно, учитывая, сколько приходится делать перестановок.

[Razum72]

Добрый день, уважаемые коллеги! Не хотел вступать в полемику относительно данного вопроса, так как каждый сам как эксперт решает, что ему в каждой конкретной ситуации лучше применить, но все-таки:

Если ДНК сильно деградирована Вам придется внести больше ДНК для того, чтобы получить приемлемы уровень сигнала в "длинных" локусах.

- это необходимо делать при использовании любых наборов;

К сожалению это не совсем так. Уровень фонового сигнала выше в разы, если сравнивать с импортными аналогами

- в разы это во сколько? в 2 раза, ну да может быть, разве это очень мешает? уровень фонового сигнала примерно как у Id+;

артефакты, зона праймеров, "наползающая" на короткие локусы...

- редко бывает, как правило в К- в зеленной краске, на истинные пики не похожи, в 99,9% анализу не мешает, артефакты свойственны и для дорогих наборов, у них в инструкции есть целый раздел на эту тему;

"Лишние" пики регулярно наблюдаю и в сравнительных образцах, причем высота сигнала сравнима с истинными аллелями. Анализировать в этих условиях LCN и смеси с соотношением компонентов больше, чем пять к одному это прямой путь к некорректным выводам.

- год назад проскакивала подобная проблема в локусе vWA, но как внезапно пришла, так внезапно и ушла и больше не появлялась, и высота пика не была сопоставима с истинными. Больше чем 5 к 1 это в любом случае не простой анализ, для таких объектов всегда рекомендуется использовать несколько наборов, различные разведения и количество циклов. Иногда даже в смешанных объектах с большой разницей в соотношении компонентов Кордис+ срабатывает лучше и дополняет картину профиля полученного с помощью других наборов.

и кстати иногда FGA" Отличное подтверждение вариабельность качества разных лотов. И еще D18, кстати. С длиной фрагмента корреляции нет никакой

- на практике не ощущаю проблем с этими локусами. Общая картина дисбаланса профиля выраженнее чем в дорогих наборах, но опять таки мне лично это мешает только при анализе сложных смесей, но такие объекты требуют специального подхода, описанного выше;

единственное достоинстко набора - цена, но и оно нивелируется необходимостью "адаптации и преодоления определенных сложностей" и поспоянными перестановками ПЦР/фореза. На современом этапе проихводство экспертиз это именно ПРОИЗВОДСТВО, и исполизуемая химия должна этому соответствовать. Два реза обирать и разбирать автомобиль на конвеере вряд ли кому-то придет в голову

- ну прохождение адаптации и преодоление сложностей это желание или не желание личное, но мы добились системы и "поспоянными перестановками ПЦР/фореза" не страдаем. Конвеерное производство экспертиз возможно в случае хорошего количества и качества исследуемого биологического материала, вот как раз Кордис+ для этих целей идеальный вариант, а в "особо сложных" случаях (если эксперт конечно посчитает необходимым применить весь арсенал своих знаний и возможностей) необходим индивидуальный подход к каждому объекту, мы ведь врачи, никто не хочет, чтобы хирург его лечил в больнице по принципу "конвеерное производство хирургических операций";

Тоже создается ощущение, что на "коленке". Хорошая задумка в плане импортозамещения, но реализация мягко говоря... И понятно, что производители кордиса не виноваты в том, что система вся наша такая гнилая, что никто ни в чем не заинтересован (ну, там, на "Олимпе")

- эти наборы вряд ли являются продуктом импортозамещения, т.к. начали выпускаться задолго до появления программы импортозамещения;

Но, ребят, то, чем вы/мы занимаетесь/занимаемся... от этого судьбы вообще-то зависят... И как-то страшновато... Достоинство в стоимости... сомнительно, учитывая, сколько приходится делать перестановок

- вот именно, судьбы зависят. И вот представьте себе ситуацию, я уж не знаю как в Ваших лабораториях с финансированием, Вам на год (на 3 тыс объектов) выделяют 2-3млн и как хочешь так и работай, что Вы выберите - работать на гелях (также на русских реактивах!), либо на анализаторе Кордисом+, чувствительность которого на порядок выше???

Итог моего рассуждения: спорить теоретическими фактами по поводу качества и применимости в смэ того или иного набора для производства молекулярно-генетических экспертиз - можно бесконечно долго, лучше уж тогда переходить на доказательства (прикреплять фореграммы). В противовес общепринятой фразы - "производство на коленке" (о качестве которого не Вы не я не можем точно знать) - с использованием набора Кордис+ в нашей лаборатории исследовано около 2-3тыс объектов, нам удалось создать систему при которой получаются стабильно-ожидаемые интерпритируемые (без ущерба качества) результаты. В "необычных" и "сложных" случаях всегда дублируем Кордис+ другими наборами (Gf, Yf, Mf), какого-то выраженного противоречия в данных получаемых различными наборами не обнаружили. К тому же мы далеко не единственные кто работает с этим набором, значит еще есть положительные примеры. Я никого не в коем случае не призываю отказаться от иностранных наборов и полностью перейти на российские, есть возможность использовать общепринятые наборы - пожалуйста, но не нужно так откровенно нападать и высказываться категорично отрицательно о российских аналогах. Ребята (компания Гордиз) молодцы, делают большое дело несмотря на множество трудностей, "Москва не сразу строилась", и качество наборов производимых сегодня существенно выше качества их же наборов производимых несколько лет назад. Продолжу аналогию с производством автомобилей - каждая машина производится под определенные цели, и никто наверно не будет спорить, что Тойота Хайлюкс лучше по проходимости нежели Лада Приора, но если Вам необходимо автомобиль на каждый день, для рутинных передвижений, и при этом бюджет Вашей семьи не очень-то и велик, идеальным вариантом (цена за 1км передвижения) может оказаться и Лада Приора, не смотря на то, что большинство друзей обсмеют этот выбор и найдут сотни недостатков в этом автомобиле. Как говорил не мало известный ЗУБР (Тимофеев-Ресовский): "Главное в жизни и науке отличить существенное от несущественного".
Не лишайте, столь негативными отзывами, десятки лабораторий с низким бюджетированием, возможности попробовать поработать на анализаторе с применением наборов Кордис+, возможно, и Вам когда-нибудь придется.

Сообщение отредактировал Зубр - 5.09.2017 - 21:38

[Зубр]

Так легче читать и воспринимать информацию. Надеюсь, автор не будет на меня в обиде за внесённые изменения текста. Моё отношение к теме - согласен с Razum72 по большинству тезисов.

[Razum72]

Так легче читать и воспринимать информацию. Надеюсь, автор не будет на меня в обиде за внесённые изменения текста. Моё отношение к теме - согласен с Razum72 по большинству тезисов.

Зубр, огромное спасибо за внесённые изменения текста и поддержку! Постараюсь исправиться.