[genetics]

Коллеги, доброго времени суток!
Ситуация такая: набором YFiler был установлен след-гаплотип, содержащий десяток типированных локусов.
Для сравнения принесли гистологические препараты (а-ля образцы) от умерших лиц. Естественно, что выделенная ДНК оч.оч.оч. сильно деградированная. Выявляется несколько локусов. Ах, да, набор для амплификации при этом YFiler Plus. Большинство лиц отметаются от следа, т.к. не совпали по имеющимся локусам. Но есть те, которые совпадают по трем несчастным типированным локусам со следом.
Учитывая, что гаплотип как таковой, в принципе, не является частным идентификационным признаком, понятно, что данное совпадение вообще нельзя рассматривать с точки зрения идентификации...
Но вот как правильно отопнуться от этого?
Может, был у кого-то подобный опыт? Что писали? на что ссылались?

[Зубр]

Коллеги, доброго времени суток!
Ситуация такая: набором YFiler был установлен след-гаплотип, содержащий десяток типированных локусов.

Что за след? Почему так мало локусов? Какова причина применения именно YFiler Plus?

Для сравнения принесли гистологические препараты (а-ля образцы) от умерших лиц. Естественно, что выделенная ДНК оч.оч.оч. сильно деградированная. Выявляется несколько локусов. Ах, да, набор для амплификации при этом YFiler Plus. Большинство лиц отметаются от следа, т.к. не совпали по имеющимся локусам. Но есть те, которые совпадают по трем несчастным типированным локусам со следом.

Это совпадение - ни о чём. Достаточно частая ситуация, когда совпадают 10-14 локусов из 17, но достаточно 3-х несовпадений для исключения.

Учитывая, что гаплотип как таковой, в принципе, не является частным идентификационным признаком, понятно, что данное совпадение вообще нельзя рассматривать с точки зрения идентификации...
Но вот как правильно отопнуться от этого?
Может, был у кого-то подобный опыт? Что писали? на что ссылались?

Тут надо не отталкиваться, а добиваться более полного генотипирования предоставленных образцов. Что это за гистопрепараты - блоки или стёкла? Каким способом выделяли ДНК?
Удачи!

[genetics]

Что за след? Почему так мало локусов? Какова причина применения именно YFiler Plus?

След давнишний. Кроме него у следствия ничего нет. Он был получен с помощью Yfiler обычного. Сейчас типирование плюсом по причине отсутствия обычного Yfiler.

Это совпадение - ни о чём. Достаточно частая ситуация, когда совпадают 10-14 локусов из 17, но достаточно 3-х несовпадений для исключения.

Что значит достаточно 3х несовпадений? а если одно несовпадение?
Про совпадение "ни о чем" я полностью согласна, об том и речь.

Тут надо не отталкиваться, а добиваться более полного генотипирования предоставленных образцов. Что это за гистопрепараты - блоки или стёкла? Каким способом выделяли ДНК?
Удачи!

По Y достаточно же сложно добиться более полного типирования (при условии работы одним набором).
Был бы еще набор для типирования ДНК Y-хромосомы, аналогичный минифайлеру по результатам работы с деградированной ДНК (ну, Вы поняли, о чем я). Но реалии таковы, что работаем тем, что есть в наличии.
Гистопрепараты - блоки парафиновые. Проблем с выделением не возникло. Выделялось четко по методике PrepFiler BTA, предварительно депарафинизация была (ксилолом), отмывка от ксилола, просушка, измельчение, лизирование ночь, инкубация при 90 градусах 20 мин (для удаления сшивок), далее - выделение/очистка на автомате. Концентрации по коротким фрагментам потрясающие, по длинным - удручающие. Но все ж объяснимо. Где-то типируется до семи локусов, где-то - всего три.

[Razum72]

Доброго времени суток, коллеги!
genetics, у Вас "стандартная" ситуация, описывайте результаты как они есть - что вижу то и пишу, т.е. картину деградации ДНК, а выводах пишите, что материал не пригоден. Что-то типо:
Результат: При тестировании препаратов ДНК, выделенных из объектов таких-то, наблюдается низкий уровень матричной активности ДНК, выражающийся низким детекционным порогом флюоресцирующего сигнала и отсутствием продуктов амплификации по 14 из 17 исследованных молекулярно-генетических систем. Полученные результаты могут свидетельствовать о высокой степени деградации генетического материала в данных объектах.
Вывод: Для препаратов ДНК, полученных из бла-бла, установить генетический профиль ПДАФ не представилось возможным, в следствии (или скорее всего из-за) деградации (разрушения) генетического материала в объектах исследования, который оказался непригодным для проведения анализа используемыми молекулярно-генетическими методами индивидуализации человека.

По поводу исключения по 1 несовпадению - это очень опасно, необходимо взвешенно, учитывая все нюансы исследования анализировать такие результаты, иногда даже делать неоднозначный вывод, ссылаясь на неполноту полученных данных для формирования категоричного вывода, необходимость применения дополнительных методов исследования, недостаточность материально-технической базы лаборатории для решения поставленного вопроса.

По поводу выделения ДНК из парафиновых блоков, прилагаю фото стендового доклада Лененградского бюро, где описан позитивный опыт при выделении ДНК из тканей фиксированных формалином, принципиальной разницей от классики является длительная икубация в буфере с Глицином.

Успехов Вам!

[genetics]

Спасибо за участие! С Вами согласна.