Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )
Получение ДНК из костей, методы выделения ДНК из костной ткани |
Affe04 |
30.06.2012 - 23:03
Сообщение
#31 |
Новичок Группа: Участники Регистрация: 29.11.2011 Пользователь №: 30 169 |
В данном случае ДНК может сохраниться только в зубах. Хотя, надо попробовать на ощупь кости. Если легко крошатся, то и зубы не помогут. Удачи.
|
Пастух |
2.07.2012 - 02:07
Сообщение
#32 |
Мастер II Группа: Юристы Регистрация: 24.05.2010 Из: Благовещенск Амурской области Пользователь №: 21 677 |
|
profgenik9a |
2.07.2012 - 16:45
Сообщение
#33 |
Претендент Группа: Участники Регистрация: 25.01.2012 Пользователь №: 31 085 |
|
бив |
23.07.2012 - 07:04
Сообщение
#34 |
Вновь прибывший Группа: Участники Регистрация: 25.02.2012 Пользователь №: 31 647 |
Добрый день.
Вопрос к уважаемому Зубру Уважаемый 'ramail'! Перекисью не обрабатываем. Дистиллированная вода и этиловый спирт. Как уже писал - декальцификацию проводим всегда, с любыми костями. Почему Вы отказались от обработки перекисью? в чем смысл обработки этиловым спиртом? Я полагал что обработка перекисью преследует две цели: во-первых (и главная) избавиться от возможной поверхностной контаминацией чужеродной ДНК, во-вторых уничтожение микроорганизмов со всем энзиматическим багажом (на мой взгляд задача второстепенная если не надуманная). Но в чем смысл и задача обработки этиловым спиртом не представляю, просветите пожалуйста, вероятно я чего-то не понимаю. Вопрос непраздный, мне приходится работать с фрагментами костей свода черепа. Черепа коллекционные а значит когда-то вываренные, матриксной ткани мало и меня здорово смущает воздействие на ДНК объекта в губчатой ткани находящейся между двумя тонкими слоями матриксной кости. Предотвращая заранее вопросы скажу что выделяю с помощью ВТА-лизиса о последующей отмывки на магнитных частицах. |
Зубр |
23.07.2012 - 11:30
Сообщение
#35 |
Магистр форума Группа: Модераторы Регистрация: 9.04.2007 Пользователь №: 4 766 |
Уважаемый 'бив' !
Добрый день. Вопрос к уважаемому Зубру Почему Вы отказались от обработки перекисью?.. Просто, исторически, никогда её не использовали. Цитата ... в чем смысл обработки этиловым спиртом? Я полагал что обработка перекисью преследует две цели: во-первых (и главная) избавиться от возможной поверхностной контаминацией чужеродной ДНК, во-вторых уничтожение микроорганизмов со всем энзиматическим багажом (на мой взгляд задача второстепенная если не надуманная). Но в чем смысл и задача обработки этиловым спиртом не представляю, просветите пожалуйста, вероятно я чего-то не понимаю... Кроме мягких, омывающих, процедур используются достаточно грубые физические воздействия, когда скальпелем или наждачной "бумагой" снимается верхний слой костной ткани. Такой метод вероятно не подойдёт для рыхлых исторических образцов - там придётся как-то нежно погружать в серию растворов. Во всех остальных случаях нас устраивает конечный результат положительного генотипирования, поэтому мы не меняем сложившуюся (в том числе из зарубежных публикаций) методику. Да, спирт. Спирт ведёт к обезжириванию костных фрагментов, что крайне существенно для дальнейшей успешной декальцификации. Мы убираем только часть жиров, но зачастую на поверхности кости их слишком много, чтобы этим пренебрегать. Цитата ...Вопрос непраздный, мне приходится работать с фрагментами костей свода черепа. Черепа коллекционные а значит когда-то вываренные, матриксной ткани мало и меня здорово смущает воздействие на ДНК объекта в губчатой ткани находящейся между двумя тонкими слоями матриксной кости... И что может случиться с ДНКой? Она не вымоется спиртом, так как находится внутри клеток, которые не то чтобы оторвать от основы - добраться до них не так просто. Убираем Са, растворяем коллагеновые каркасы и клеточные оболочки и вот ДНК в растворе. Дальше, только умение почистить её, растворённую в этой смеси Цитата ...Предотвращая заранее вопросы скажу что выделяю с помощью ВТА-лизиса о последующей отмывки на магнитных частицах. Кости черепа (исключая нижнюю челюсть) самые непростые для выделения ДНК, темболее, когда череп варился. В этой связи вспоминается бессмертное произведение. В дворницкой стоял запах гниющего навоза, распространяемый новыми валенками Тихона. Старые валенки стояли в углу и воздуха тоже не озонировали. Это к вопросу о вываривании костей. К Вам вопрос: какой срок хранения черепов перед ДНК анализом, каков процент успешного генотипирования, и, может быть, есть наработанный опыт, из каких костей черепа успешнее выделять ДНК? Всех благ. |
бив |
23.07.2012 - 16:28
Сообщение
#36 |
Вновь прибывший Группа: Участники Регистрация: 25.02.2012 Пользователь №: 31 647 |
Добрый вечер
спасибо уважаемому Зубру за оперативный ответ. Насчет наработок говорить еще рано, сделано два черепа, сроки хранения посмотрю завтра. Костный материал был взят из свода черепа, вначале пытался использовать выпилы из нижней челюсти но два раза из первой кости получил смесь профилей, прежде чем отказываться от исследования взял еще материал из свода и получил хорошие данные. Второй череп сразу брал из свода черепа. В Обоих случаях имелись образцы по одному из ближайших родственников, профиль получен полный и совпадение с образцами по аллелям как по учебнику. Сегодня взят в работу еще один череп, местные криминалисты пугают 105 черепами накопленными за последний десяток лет. Надеюсь материалов для анализа хватит - тогда и можно будет всерьез обсуждать что это - случайная удача или что-то стоящее. Насчет обезжиривания кости этанолом - как я сам не додумался об этом! Два раза уже сталкивался с ситуацией когда после перемалывания на мельнице Retsch получалась не костная мука а какое-то "песочное тесто" (один объект была бедренная кость, другой нижняя челюсть). Правду сказать: для материала из бедренной кости все закончилось благополучно. С уважением и наилучшими пожеланиями |
бив |
24.07.2012 - 20:33
Сообщение
#37 |
Вновь прибывший Группа: Участники Регистрация: 25.02.2012 Пользователь №: 31 647 |
Добрый вечер
отвечаю на вопрос уважаемого Зубра, один череп 2006г., второй 2009. сейчас в работе 2011 с наилучшими пожеланиями и удачи |
Sultana |
24.10.2012 - 09:40
Сообщение
#38 |
Новичок Группа: Участники Регистрация: 11.10.2012 Пользователь №: 34 300 |
Уважаемый Зубр! помогает ли этиловый спирт, если из костей жир буквально сочится?
Однажды сушила такую кость около 10 дней, постоянно меняя фильтровальную бумагу, в которую кость была завернута. ДНК была выделена только после полного высушивания кости, т.е., когда стало возможным перемолоть кость в порошок. До этого момента ничего не получалось. Этиловый спирт растворяет только поверхностный жир на костях? |
smex |
26.10.2012 - 07:09
Сообщение
#39 |
Участник форума Группа: Участники Регистрация: 24.07.2012 Пользователь №: 33 605 |
Господа и дамы СМЭ, проблема выделения ДНК из трудных
объектов, включая кости, зубы, смесь крови с землей и др., была решена 2 года назад фирмой Boreal Genomics. |
Зубр |
28.10.2012 - 22:44
Сообщение
#40 |
Магистр форума Группа: Модераторы Регистрация: 9.04.2007 Пользователь №: 4 766 |
Уважаемый 'smex'!
Господа и дамы СМЭ, проблема выделения ДНК из трудных объектов, включая кости, зубы, смесь крови с землей и др., была решена 2 года назад фирмой Boreal Genomics. Спасибо за информацию. Вы сами используете эту технологию? Вы её рекомендуете, значит должны хорошо знать в чём она заключается. Расскажите об этом кратко. Сама фирма пишет о принципах работы своего комплекса весьма туманно. Кстати, судебная генетика для фирмы borealgenomics - это тоненькая веточка её интересов. С наилучшими пожеланиями. Уважаемый Зубр! помогает ли этиловый спирт, если из костей жир буквально сочится? Однажды сушила такую кость около 10 дней, постоянно меняя фильтровальную бумагу, в которую кость была завернута. ДНК была выделена только после полного высушивания кости, т.е., когда стало возможным перемолоть кость в порошок. До этого момента ничего не получалось. Этиловый спирт растворяет только поверхностный жир на костях? Вам нужен фрагмент кости весом около 5 грамм. Промойте этот фрагмент проточной горячей водой, а потом на недолго (5 мин) в спирт. Жиру неоткуда будет браться. Успехов. |
smex |
31.10.2012 - 11:52
Сообщение
#41 |
Участник форума Группа: Участники Регистрация: 24.07.2012 Пользователь №: 33 605 |
Уважаемый 'smex'! Спасибо за информацию. Вы сами используете эту технологию? Вы её рекомендуете, значит должны хорошо знать в чём она заключается. Расскажите об этом кратко. Сама фирма пишет о принципах работы своего комплекса весьма туманно. Кстати, судебная генетика для фирмы borealgenomics - это тоненькая веточка её интересов. С наилучшими пожеланиями. Вам нужен фрагмент кости весом около 5 грамм. Промойте этот фрагмент проточной горячей водой, а потом на недолго (5 мин) в спирт. Жиру неоткуда будет браться. Успехов. Принцип этой технологии, вкратце, старинный (описан у Маниастиса) - электрофорез. Отрицательно заряженная ДНК бежит известно куда. Цель моего замечания была святая - чтобы господа и дамы СМЭ иногда выглядывали из своих окопов и смотрели на мир во всем многообразии и мечтали о чем-нибудь прекрасном, а не только о спиртовых примочках. Про "тоненькую веточку её интересов" - очень поэтично. Браво. |
prostochock |
3.11.2012 - 09:22
Сообщение
#42 |
Претендент Группа: Участники Регистрация: 2.11.2012 Из: Саратов Пользователь №: 34 543 |
|
любознательная генетик |
14.10.2013 - 10:06
Сообщение
#43 |
Читатель Группа: Участники Регистрация: 13.09.2012 Пользователь №: 34 022 |
Уважаемый 'smex'! Спасибо за информацию. Вы сами используете эту технологию? Вы её рекомендуете, значит должны хорошо знать в чём она заключается. Расскажите об этом кратко. Сама фирма пишет о принципах работы своего комплекса весьма туманно. Кстати, судебная генетика для фирмы borealgenomics - это тоненькая веточка её интересов. С наилучшими пожеланиями. Вам нужен фрагмент кости весом около 5 грамм. Промойте этот фрагмент проточной горячей водой, а потом на недолго (5 мин) в спирт. Жиру неоткуда будет браться. Успехов. а подходит ли этот способ для костей и зубов эксгумированого трупа 2001года и можно ли достоверно из таких обьектов установить ДНК? |
tymon |
11.03.2014 - 16:15
Сообщение
#44 |
Вновь прибывший Группа: Участники Регистрация: 11.03.2014 Пользователь №: 39 092 |
Здравствуйте! Обращаюсь к специалистам, которые смогут помочь. Возможно ли извлечь какую-то информацию из кости, которая пролежала 30 лет в земле? И где в Москве можно это сделать?
Спасибо за помощь! |
ExpGen |
10.11.2014 - 23:31
Сообщение
#45 |
Вновь прибывший Группа: Участники Регистрация: 10.11.2014 Пользователь №: 40 711 |
Уважаемый 'Хонки-Тонки'! У нас в отделении отработана методика получения ДНК из костной ткани с длительной (78 часов и более) декальцификацией. Поначалу пробовали и без декальцификации делать, но столкнулись со следующей проблемой: нестабильность конечного результата (то получается пригодная к амплификации ДНК, то не получается). Пришли к выводу, что декальцификация вносит определённый элемент стабильности в получаемый результат. "Проходим" почти все кости, которые к нам поступают. Для кости средней сохранности - нужно около 5г порошка. Трубчатые кости лучше получаются, чем кости черепа, лопатки и позвонки. Но иногда, удивительно хорошо ведут себя кости стопы и кисти. Всего наилучшего. Уважаемый Зубр, а чем проводите декальцификацию? ЭДТА? Если да, то проводите ли замену раствора ЭДТА и как часто? |
Сейчас: 28.03.2024 - 17:16 |