Уважаемые коллеги, Недавно задался вопросом: имея под рукой широко известные наборы для амплификации Identifiler, PowerPlex и т.д. можно ли усовершенствовать программу амплификации или изменить сочетание компонентов, чтобы получить более чувствительную систему (например снизить планку для Identifiler с 0.05 нг до 0.01 нг.) Недавно моему вниманию преставилась методика с двойной амплификацией (т.е. амплифицировал, вытащил, добавил еще праймеров и полимеразы, и снова на амплификацию). Автор утверждает, что чувствительность повысилась до 0.01 нг. Это конечно вариант. Однако, двойной расход материалов. Можно ли без дополнительных расходов. К примеру добавить новый цикл. Никто не пробовал?
Зубр
16.02.2010 - 00:08
Уважаемый 'ramail'!
Цитата(ramail @ 15.02.2010 - 23:50)
...Можно ли без дополнительных расходов. К примеру добавить новый цикл.
Внимательно почитайте инструкцию к набору Identifiler. Увеличение количества циклов - это один из рекомендуемых (правда с осторожностью) путей достижения большей чувствительности, большего выхода, если хотите. Всем привет.
ramail
16.02.2010 - 20:50
А Вы пробовали увеличивать количество циклов? Я не заметил разницы. Под добавлением новых циклов я подразумеваю прециклы. Есть ли у вас такой опыт?
Зубр
16.02.2010 - 23:34
Цитата(ramail @ 16.02.2010 - 20:50)
А Вы пробовали увеличивать количество циклов? Я не заметил разницы. Под добавлением новых циклов я подразумеваю прециклы. Есть ли у вас такой опыт?
Уважаемый 'ramail'! Увеличение циклов приводит к наработке амплификатов, но следует быть крайне осторожным с применением этого шага. Низкая исходно концентрация ДНК может сыграть злую шутку при попытке достичь генотипирования таким путём. Тут и "выпадение" аллелей и другие ошибки. Есть масса работ по валидации (validation) набора. Посмотрите довольно подробную статью. Нажмите для просмотра прикрепленного файла Успехов.