Вопрос о экспресс-ДНК-типировании

Здравствуйте!

Возникла проблема быстрого определения соответствия нескольких тканей одному человеку. Тканей несколько: кровь (лейкотромбоцитарный слой и плазма), парафиновые блоки и мазок Папаниколау. Постфактум сторонняя организация выяснила, что некоторые собранные нами наборы тканей, состоят из тканей разных людей. (как всегда человеческий фактор рулит). Крайне неприятная ситуация...
Так как от сбора материала до его проверки проходит большое количество времени, то хотелось бы избежать возникновения таких крайне неприятных ситуаций.
В связи с этим вопрос: можно ли в стандартной молекулярно-биологической лаборатории (выделение ДНК из всех указанных типов тканей, ПЦР, электрофорез) провести экспресс ДНК-типирование? Не нужен результат с захватывающей дух вероятностью. Необходимо просто отсечь вопиющие случаи.

Заранее благодарю за помощь.
Литературы на эту тему много и читать я умею, но наука не стоит на месте и все подходы, о которых я прочитал, требуют специализированной и дорогой материально-технической базы. Мне же нужно найти что-то достаточно простое. Очень надеюсь на помощь специалистов.

Уважаемый Octopus,

Как я понял, вы хотите наладить в своей лаборатории контроль соответствия образцов тканей в собираемой Вами коллекции. Если у Вас есть вертикальный полиакриламидный электрофорез, Вы можете заказать 3 пары праймеров для амплификации высокоинформативных STR локусов, например FGA , D18S51 и D12S391 и этого будет достаточно. Дискриминирующий потенциал в этом случае будет примерно 1 из 30 000. Наверняка это больше, чем вся Ваша коллекция. Поскольку это не экспертиза и Вам ненужно точно определять аллели, покупать “сертифицированные” наборы Вам необязательно.
Но если время Ваших сотрудников хоть чего-то стоит, лучше наладить сотрудничество с лабораторией, которая сможет типировать Ваши образцы на генетическом анализаторе. Это будет быстрее, и возможно даже дешевле (вопреки искусственно культивируемому заблуждению, генотипирование на генетическом анализаторе обходится дешевле). Контакты лаборатории я сбросил Вам в личку.

Уважаемый Gordiz!
Я не могу читать личные сообщения, т.к. на этом форуме предыдущий мой пост был первым.
Напишите мне, пожалуйста, на адрес [email protected].
С уважением, жду письма.

Уважаемый Gordiz!
Я получил доступ к личным сообщениям, но там нет письма от Вас.

Уважаемый 'Octopus'!

Если уж не жалко средств и времени на генетическое типирование всего потока наборов тканей, то не рациональнее ли многократно (как технику при полётах в космос ) усилить контроль на этапе сбора, сортировки и маркировки материалов (в том числе системы штрих-кодов)? Наладив этот существенный первый этап, Вы избежите необходимости дальнейших перепроверок.
Удачи.

Уважаемый Зубр,
Никакие штрих-коды не избавят от необходимости контроля коллекции на выходе, потому что человеку свойственно ошибаться. Проводить генотипирование – самая разумная идея. Хорошо известный пример: оказалось, что коллекции опухолевых клеточных линий, которые последние полвека распространялись для клинических испытаний и научных исследований рака, содержат до 36% перепутанных образцов. Перепутанные образцы относятся к другим органам и даже к другим биологическим видам. Интересно, что распространители этих коллекций много лет игнорировали все сообщения о несоответствии клеток заявленному источнику именно потому, что у них на этапе сбора образцов все было под контролем! В итоге – тысячи публикаций с ошибочными выводами и огромное количество некорректно проведенных клинических испытаний. Можно себе представить какая это колоссальная трата средств и времени. А какой ущерб в целом науке и человечеству! А все из-за отсутствия должного контроля на выходе. Сейчас ни один серьезный журнал не будет публиковать работы, сделанные на клеточных линиях, если авторы не продемонстрируют аутентичность клеток. Рекомендованный способ –STR-типирование. На эту тему сейчас много публикаций. В прикрепленном файле одна из них.