Интерпретация фореграмм



Форум судебных медиков России > Судебная медицина и судебно-медицинская экспертиза > Консультационный центр
GeneQuery
Доброго времени суток, уважаемые эксперты!

Хотел бы уточнить один момент.
В результатах экспертизы представлены некие графики, насколько понимаю, фореграмма (или буду условно так ее называть).
Привожу пример изображения для локуса D13S317.
Судебная медицина
Насколько знаю, у него могут быть аллели с 8 по 14.
Вопрос: можно ли неспециалисту (просто человеку получившему заключение эксперта) (хотя бы примерно) по данному изображению фореграммы определить какие аллели в данном локусе?
Если можно, то хотелось бы понять как.
Если нельзя, то хотелось бы услышать почему (и зачем тогда вообще нужен этот график, если вдруг в нем нет никакой закономерности в плане взять линейку и посмотреть что да как smile.gif ).
Я понимаю, что в заключении все аллели написаны конкретными цифрами черным по белому, но хотелось бы узнать именно информационную ценность этих графиков не может же быть, что они просто для красоты...

Еще вопросик вдогонку: как конкретно на фореграмме отличить шумовой всплеск от нормального?

Заранее спасибо.



someone
Лучше попросите эксперта размеченный файл, тк без точной шкалы можно только на глаз. Метка 210 бп указывает на то что набор скорее всего Identifier (у других продукт для этого локуса короче). Значит второй пик скорее всего аллель 9, то есть повтор TATC 9 раз. Первый пик не могу угадать, надеюсь Зубр узнает. Самый короткий возможный аллель - не 8.

Цитата
Я понимаю, что в заключении все аллели написаны конкретными цифрами черным по белому, но хотелось бы узнать именно информационную ценность этих графиков не может же быть, что они просто для красоты


Это просто иллюстрация. Она действительно нужна для контроля, хотя оборудование и софт доставляют всю информацию автоматически.

ЗЫ: Что называется, зауважал Вас за такие долгие и настойчивые сомнения в доказательности СМЭ smile.gif


GeneQuery
Цитата
Лучше попросите эксперта размеченный файл, тк без точной шкалы можно только на глаз. Метка 210 бп указывает на то что набор скорее всего Identifier (у других продукт для этого локуса короче). Значит второй пик скорее всего аллель 9, то есть повтор TATC 9 раз.

Ок. Согласен, уточняю.
Сделал картинку с бОльшим разрешением и со более полной шкалой.
При этом по ходу дела вопрос немного усложнился (возможно).

Выкладываю два анализа одного и того же гена (две разные экспертизы, но проводились на одном наборе (CODIS)) и вот мне интересно, что можно сказать по этим графикам какие аллели должны быть в первом и во втором случае?
Изображения обработал так:
1. вырезал выборочно только один ген из обоих экспертиз (2-е картинки соответственно, так сказать, исходные)

Судебная медицина
Судебная медицина

2. на обеих графиках более детально разметил шкалу по точкам:
Судебная медицина
Судебная медицина

Собственно вопрос остается открытым какие аллели в этом локусе должны получиться в первом и во втором случае?
(могут ли они получиться разными в данном примере?)


Пробовал сам смотреть здесь , но когда вообще увидел эту таблицу сразу возникли вопросы:
1. Эти параметры по аллелям актуальны для D13S317 на любой панели или могут быть отличия и например для того же Identifier будет другая таблица? (как сам понимаю, должны быть одинаковы независимо от панели, но может и ошибаюсь, кто знает...)
2. самое интересное я пока не понял по поводу того, что например, приводится аллель 14 для него длина Set1 - 193, Set3-229 (это что диапазон длин, в который должен попасть пик или это как раз относится к разным панелям? (там в самом верху табличка типа Set1 - Promega, Set3 - Identifiler или нет? Если таблица для разных панелей, то хотелось бы увидеть и для CODIS-а

Но конечно, больше интересует вопрос по аллелям приведенного локуса.
И какова методика их определения.

Цитата
Это просто иллюстрация. Она действительно нужна для контроля, хотя оборудование и софт доставляют всю информацию автоматически.

Эти слова режут без ножа. Вы же вначале сказали, что нужен файл с разметкой - для меня это означает, что эти графики все же делает программа и рисует в масштабе именно по точкам, полученным с оборудования (ну ведь всяко же она не свободными художествами занимается правильно и даже схематично рисовать эти графики, я как программист слабо могу себе представить смысл написания программы, которая рисует от балды подобные графики там типа плюс/минус лишь бы было красиво и на что-то похоже, тем более, область серьезная и здесь программы я думаю, должны проходить жесткую сертификацию в том числе и на корректность рисования эти фореграмм)
Цитата
ЗЫ: Что называется, зауважал Вас за такие долгие и настойчивые сомнения в доказательности СМЭ

Спасибо конечно, но я так понял, что:
1. такие экземпляры здесь периодически появляются и скорее, больше вызывают улыбки, не знаю...
2. на самом деле, как ни банально звучит, ситуация у меня сложная, решается судьба и не знаю как мне быть - в идеале хоть сам становись генетиком и проводи эти ПЦР или хотя бы присутствовать при этом, чтобы понять технологию и воочию убедиться самому как и что на самом деле sad.gif если мыслить философски то конечно, судьба решается каждое мгновение, но именно этот вопрос все же очень важный, так как все же это будет поворот сразу во многих судьбах и очень не хочется ошибиться. А о самих причинах, из-за которых у меня сложилось недоверие к генетике я даже рассказать толком никому не могу получается, но они есть и для меня очень серьезные sad.gif


FILIN
Уважаемые генетики.
Просьба без гаданий и предположений.
Если данных для категорического ответа недостаточно - так и напишите.


someone
Недостаточно. Это вопросы к эксперту делавшему анализ.


GeneQuery
Цитата
Недостаточно. Это вопросы к эксперту делавшему анализ.

А чего именно не хватает в исходных данных?

Как сам понимаю, нужен леддер для COrDIS.
Не подскажете где найти или может кто-нибудь скинет из своих запасов? smile.gif
Многие производители дают эту информацию а по данной панели не нахожу sad.gif


someone
Цитата
Но конечно, больше интересует вопрос по аллелям приведенного локуса.
И какова методика их определения.


Софт фирмы ABI дозволяет видеть леддер с очень высоким разрешением, при правильной постановке реакций, правильной работе с оборудованием и стандартной настройке софта можно различить большинство аллелей. Если же Вы не доверяете данному производителю, и вообще фирмам выпускающим коммерческие наборы (которые очень упрощают работу но согласен со стороны Вам могут казаться вещью в себе) - тогда напомню, что локус можно секвенировать. Узнаете все там до нуклеотида. Но такой способ на практике применяют только когда подозревают очень нестандартные аллели, которые не детектятся коммерческими наборами.


someone
Цитата(GeneQuery @ 6.12.2011 - 23:40)
А чего
Как сам понимаю, нужен леддер для COrDIS.


Простите, не заметил Вашего предыдущего поста.

CODIS это не коммерческий набор smile.gif Это совокупность локусов и база частот по ним. Набор в Вашем случае думаю тот же Айдентифайлер.


GeneQuery
Цитата
Простите, CODIS это не коммерческий набор Это набор локусов и база частот по ним. Набор в Вашем случае думаю тот же Айдентифайлер.

В описательной части ответа четко написано, что "использовался протокол, леддер и размерные стандарты набора фирмы Gordis" sad.gif Или эта фирма может просто продавать этот набор или она и производит этот идентифайлер blink.gif ? Но тогда все равно бы написали тогда какой именно набор наверно, но в отчете про идентифайлер нет ни слова.


GeneQuery
Нет точно не идентифайлер:
если определять аллели по его размерам
то все совсем плохо, чего думаю, точно не может быть sad.gif


someone
может фирмы Gordiz? Тогда на форуме есть кому ответить, ждите.


GeneQuery
Цитата
Может фирмы Gordiz.

Да. Именно так. Спасибо подожду sad.gif


GeneQuery
Сегодня посмотрел отчет еще.....
И обнаружил, на мой взгляд, просто ужасную вещь, которая мне лично говорит о том, что как минимум отчет строился не автоматически, а как минимум, корректировался руками!!
Привожу картинку по VWA (все, что красным подписано мной):
Судебная медицина

То есть в отчете по графикам вообще не указаны аллели, хотя по-моему пики вполне определенные!
БОЛЬШЕ ТОГО, в табличной части отчета значения аллелейо для VWA указаны!!!
(Мать 17-18 Ребенок 15-18 Отец 15-15)
ЕЩЕ БОЛЬШЕ ТОГО, значения, которые указаны в табличной части я, спроецировал вниз красными линиями с леддера, и насколько я вижу, эти значения вообще не попадают на пики!! (по всем остальным локусам на всех листах отчета и на том листе где указан этот VWA: детектированные аллели указаны и пики четко соотвествуют значениям леддера)...

Ребята, ну как так?!!! Как Вы считаете, человек, видя, такое несоответствие, которое однозначно говорит о том, что или отчет пишется непонятно как, без привязки к первичным данным, или о том, что например, сначала написали табличную часть, а потом нарисовали графики по ней, но в одном месте забыли нарисовать на графике значения аллелей или например о том, что
НО я например, видя это НИКОГДА НЕ ПОВЕРЮ В ТО, ЧТО ВСЕ ДЕЛАЛОСЬ АВТОМАТИЧЕСКИ ПРОГРАММОЙ, в то же время, знаю, что отчет софтом делается автоматически (у меня есть демо-версия программы) то есть создается рыба очета, далее забиваются данные по экспертизе ФИО участников, локусы аллели и т.п. и по нажатию кнопки выдается отчет с расчетом вероятности и официальной частью (возможно, если еще более автоматизирующие софтины). НО ДАЖЕ если допустить, что отчет пишется руками (что очень маловероятно) все равно же идет откровенное цифрам приведенным в табличной части и графикам...

То есть ладно бы ошибка, там опечатка какая-то, но здесь же явно видно, что табличная часть отчета (итоговая, куда выводятся локусы с аллелями) заполнялась без привязки к графикам или наоборот некачественно нарисовали графики по табличке.... Как теперь этому верить? ((( То есть верить в то, что отчет действительно объективный и в нем ничего не подправлялось...

Да еще в совокупности с тем, что расшифровку мне отдали не сразу, а сначала просто выдали заключение просто с уже итоговой цифрой вероятности без какой бы то ни было расшифровки вообще (то есть даже таблички с локусами/аллелями не было), сказав при этом, что это стандартный ответ, но пообещали немного погодя выдать расшифровку и выдали (но при чем по дате ее печати первичные данные были распечатаны еще три дня назад ПРИ ЭТОМ, графики расположены на трех страницах, НО печатались ИМЕННО ПО ОДНОЙ страничке (на каждом листе подпись "page 1 of 1") и время печати каждой странички с интервалом в 2-3 минуты!!!: ВОПРОС зачем печатать по одной странице готовый и цельный отчет, который дала программа!!!??? Снова напрашивается вывод, вплоть до того, что отчет рисовался отдельно по одной страничке, возможно в режиме некоего моделирования (если позволяет софт, а судя по информации здесь на форуме, он это позволяет)) И что мне теперь делать!?... (((((((((((((


Зубр


GeneQuery
Здравствуйте, уважаемый Зубр, отвечаю по порядку.
Цитата
Если вершина пика попадает в бин, то программа (сама) ставит номер аллели и (по желанию оператора) пишет другую полезную информацию про пик. Номера аллелей эксперты должны сохранять на графиках, хотя бы для того, чтобы меньше возникало вопросов у неспециалистов.

Могу отсканировать в более высоком разрешении, чтобы было видно в какой бин что попадает ), но и так по-моему видно, что по леддеру у меня никак не 15 в VWA, у ребенка тоже никаким боком не видно моих 15-ти, так же как впрочем и мамины 17 задеты очень сомнительно.
Что касается номеров аллелей на графиках, то на всех локусах эти номера аллелей есть, а вот на VWA, который вообще никак не совпадает по графику номеров аллелей нет (я их не стирал), зато в табличной части отчета цифры указаны такие, что да типа все отлично, НО графику по VWA они и близко не соответствуют.


GeneQuery
И еще что значит вот это Sample Name у меня в отчете? (все же учили английский язык худо бедно)
В приведенном Вами примере, фигурирует тоже самое Sample Name.
Опять же складывается ощущение, что берется некий шаблонный Sample File примера, прилагаемого к программе, корректируется как надо и печатается и так вот именно, что постранично делается отчет sad.gif Согласен, можно списать на то, что просто было лень да незачем писать название исследования, а по умолчанию программа пишет Sample Name... Насчет того, что программа не в сотоянии напечатать отчет сразу, а приходится делать это по одной странице, не знаю не видел конечно, но аргумент, что для этого программа должна обладать человеческим мозгом, меня не убедил sad.gif Для этого всего лишь надо ее так написать и я слабо представляю себе технологию, чтобы:
1. сиквенатор обработал набор из допустим 12 локусов
2. далее программа анализирует что там получилось допустим по 4 локуса для полной тройки
3. и потом выдает отчет на трех страницах (по 4 локуса на каждой)
Вопрос зачем при программе несложно определить сколько страниц получится в отчете при заданных исходных данных, зачем ей писать Page 1 of 1 на каждой странице, если она знает, что страницы будет 3?

НО здесь ладно - Бог с ней с программой - VWA-то лучше от этого не станет...


Зубр
Уважаемый 'GeneQuery'!
Цитата(GeneQuery @ 7.12.2011 - 17:11)
Здравствуйте, уважаемый Зубр, отвечаю по порядку.

Мы не в вопросы-ответы играем. Это раздел форума, где специалисты максимально сжато отвечают на Ваши вопросы. Хотите обсуждать - создавайте тему в соответствующем, другом разделе ФСМ.

Цитата

...Могу отсканировать в более высоком разрешении, чтобы было видно в какой бин что попадает ), но и так по-моему видно, что по леддеру у меня никак не 15 в VWA, у ребенка тоже никаким боком не видно моих 15-ти, так же как впрочем и мамины 17 задеты очень сомнительно.
Что касается номеров аллелей на графиках, то на всех локусах эти номера аллелей есть, а вот на VWA, который вообще никак не совпадает по графику номеров аллелей нет (я их не стирал), зато в табличной части отчета цифры указаны такие, что да типа все отлично, НО графику по VWA они и близко не соответствуют.

Отсканируйте. И не забудьте разместить в другой теме.
Удачи.


Русская версия Invision Power Board © 2001-2019 Invision Power Services, Inc.

© 2002-2015 Форум судебных медиков
При копировании материалов сайта размещение активной ссылки на источник обязательно!