Интерпретация графика электрофореграммы локуса



Форум судебных медиков России > Судебная медицина и судебно-медицинская экспертиза > Консультационный центр
GeneQuery
Доброго времени, уважаемые эксперты!
По наставлению администратора создал новую тему.
Исходные данные:
1. график фореграммы с леддером локуса VWA (мать, ребенок, предполагаемый отец)
(привел ниже, на нем красным это дописано мной, все другие надписи, не относящиеся к вопросу, стерты)
2. на фореграмме именно для данного локуса не указаны детектированные аллели, при этом в итоговой части заключения они прописаны (уточню, на грфике аллели по данному локусу не указаны именно в оригинале, я сам ничего не стирал)

Вопрос: судя по этому графику, какие должны быть аллели у данного локуса по всем трем исследуемым генотипам?

Сам график:
Судебная медицина
---------------------------------------------------------------------------
Хотелось бы действительно четко и по существу (по-моему, пики вполне выраженные и определенные, разрешение изображения тоже с большим запасом). Если кому-то будет неудобно проецировать графики на леддер, чтобы смотреть значения аллелей, могу сделать сам, только укажите какие пики, если кто-то не знает как это можно сделать, навскидку самый простой способ: открываем изображение Paint-ом, выбираем рисование линий, мышью рисуем линию, при этом удерживаем Shift, чтобы рисовались перепенд./параллельные линии в зависимости куда ведем мышь всторону или двигаем по высоте (возможно итак все знают или есть более простые способы, но мало ли...)

Еще замечу, с экспертом, который проводил исследование удалось прийти к компромиссному соглашению по данному вопросу, поэтому ответ, мне вроде бы как уже не очень важен, - все равно понимаю, что в данной ситуации мне нужно провести еще исследование, но для себя хотел бы прояснить ситуацию по этому локусу, возможно, найдутся веские аргументы, против моего скептического отношения в этой связи. При этом для большей объективности, хотелось бы услышать мнение нескольких экспертов.
Спасибо.


Maks_nsk
Здравствуйте!
Насколько я понимаю, нужные пики - это те, которые раздваиваются. Если так, то они вообще в линейку не попадают. Точнее, правый (меньший) попадает, а левый (больший) - нет. Но основным пиком является больший (левый), а он не попадает. Т.е. либо он убежал вперед (более вероятно), либо опаздывает. Вперед может убежать из-за недостаточной вязкости геля, например. Но в таком случае и с линейкой должна возникать та же проблема (если принять, что линейка и образцы были разогнаны в одном эксперименте).
Объективная причина раздваивания пиков - наличие мутации (например, делеция одного нуклеотида внутри амплифицируемого участка). Но в данном случае этот вариант исключается, поскольку эффект присутствует во всех случаях.
Одно можно сказать точно: отцовские аллели по этому локусу не совпадают с аллелями ребенка.

Да, что касается генотипов. Если верить рисунку (оговорюсь, что эксперт ему верить не должен!), то в случае "убегания" фрагментов вперед генотипы следующие: мать - 17,18, ребенок - 18,18, отец - 15,15. В случае отставания - вычитайте единицу (мать - 16,17 и т.д.).
Повторюсь, что вывод был сделан по рисунку, а ДОЛЖЕН быть сделан по файлу данных!


Зубр
Уважаемый 'GeneQuery'!
Цитата(GeneQuery @ 8.12.2011 - 02:16)

...Если кому-то будет неудобно проецировать графики на леддер, чтобы смотреть значения аллелей, могу сделать сам, только укажите какие пики, если кто-то не знает как это можно сделать, навскидку самый простой способ: открываем изображение Paint-ом, выбираем рисование линий, мышью рисуем линию, при этом удерживаем Shift, чтобы рисовались перепенд./параллельные линии в зависимости куда ведем мышь всторону или двигаем по высоте (возможно итак все знают или есть более простые способы, но мало ли...)

В компьютерную программу заложены алгоритмы расчёта пиков и основы их интерпретации. Не надо устраивать детского сада с проецированием вертикалей и горизонталей. Следует обращать внимание на бины (я об этом уже писал, но, видимо, Вы читаете то, что хотите увидеть). В одном проекте, с обязательным наличием аллельного лэддера, маркера молекулярных весов и положительного контроля - бины на всех графиках будут одинаковы, абсолютно соответствовать друг другу. Так должно быть. Поэтому, надо просто соотнести (сосчитать в конце концов) бины и расставить аллели. Программа делает это сама. Почему в Вашем случае эксперт представил малоинтерпретируемый материал - не могу объяснить. Что можно сказать о приведённой картинке. Амплификация "плохая" - настоящие пики, по-видимому, не левые (большие), а правые (маленькие подпичья). Капиллярный электрофорез также проведён некачественно.
Обсуждать это в деталях не имеет смысла без знания деталей экспертизы.
Всех благ.


GeneQuery
Цитата
Почему в Вашем случае эксперт представил малоинтерпретируемый материал - не могу объяснить.

Если бы дело было только в этом...
1. он наотрез отказался его прокомментировать или показать на машине в нормальном разрешении
2. согласился выдать мне копии образцов крови, которые я просил его сделать, но только в обмен на заявление, что я не буду иметь претензий по этой экспертизе, но на следующий же день образцы крови им были практически уничтожены, но это пока неточно - покажет новая экспертиза, может что-то и удастся из них получить.

Пока спасибо, всем откликнувшимся.


someone
Цитата
если принять, что линейка и образцы были разогнаны в одном эксперименте


Именно что если. Поэтому я бы согласился с Зубром: есть ошибки, такой файл на руки просто нельзя отдавать. Если эксперт был уверен в своем результате, то он не сделал ничего чтобы этот результат был очевиден другим.

Но вот искать тут умысел или ошибку в результате явно преждевременно.


GeneQuery
Цитата(someone @ 8.12.2011 - 22:45)
Именно что если. Поэтому я бы согласился с Зубром: есть ошибки, такой файл на руки просто нельзя отдавать. Если эксперт был уверен в своем результате, то он не сделал ничего чтобы этот результат был очевиден другим.

Но вот искать тут умысел или ошибку в результате явно преждевременно.

Просто дальнейшее его поведение только все усугубило.
Экспертиза проводилась в несудебном порядке, я заплатил за нее ощутимые деньги, но прокомментировать мне это как заказчику услуги в конце-концов и показать реальные графики на машине он категорически отказался, мотивировав тем, что у него сейчас нет доступа к машине (ну там да дело было уже вечером), на предложение встретиться завтра и показать все на машине тоже поступил категоричный отказ. Копии образцов удалось взять с большим треском в замен на мое заявление, что претензий не имею, НО при выдаче я увидел, что копии образцов практически уничтожены, хотя тоже (вроде бы как) под благовидным предлогом.


GeneQuery
Цитата
Цитата
если принять, что линейка и образцы были разогнаны в одном эксперименте

Именно что если.

Да нет не так. Я не специалист, но мне итак понятно, что даже если линейка была разогнана в другом эксперименте, образцы-то все равно не совпадают. (в части еллель отца и ребенка).
Поэтому для меня вывод Maks_nsk
Цитата
Одно можно сказать точно: отцовские аллели по этому локусу не совпадают с аллелями ребенка.

Тоже очевиден. Оговорки о том, что график это ерунда, - главное файл, по которому он строился, для меня пока очень сомнительны, т.к. опять же, как программист, четко представляю, что файл - это некие данные (формат не знаю, не видел), а полученная по нему картинка, это то, что программа построила по этим данным, то есть просто то же самое отображение данных в файле, но в удобном наглядном виде, сверхъестественного в написании такой программы я не вижу (не берем нюансы типа векторной графики - просто сам алгоритм построения графиков), поэтому предполагать, что программа дала сбой и криво нарисовала график по данным в файле... Да и вообще понятие программа дала сбой (хотя здесь этого никто не говорил, но клонят похоже, к этому), так вот наперед скажу на софт можно свалить человеку, который в этом абсолютно ничего не понимает, в данном случае для меня с огромной вероятностью очевидно, что софт ни при чем.


Зубр
Уважаемый 'GeneQuery'!
Цитата(GeneQuery @ 9.12.2011 - 01:23)
... поэтому предполагать, что программа дала сбой и криво нарисовала график по данным в файле... Да и вообще понятие программа дала сбой (хотя здесь этого никто не говорил, но клонят похоже, к этому), так вот наперед скажу на софт можно свалить человеку, который в этом абсолютно ничего не понимает, в данном случае для меня с огромной вероятностью очевидно, что софт ни при чем.

В этом Вы совершенно правы. Софт если и сбоит, то совсем по другому. В данном случае - серия технических недочётов исследователя.


Русская версия Invision Power Board © 2001-2019 Invision Power Services, Inc.

© 2002-2015 Форум судебных медиков
При копировании материалов сайта размещение активной ссылки на источник обязательно!