О чём может сказать ДНК профиль?

Уважаемые эксперты!
Обращаюсь к Вам с несколько необычной просьбой. На месте преступления, совершённого около 5 лет назад, из окурка сигареты с фильтром был выделен ДНК-профиль ( сразу же после преступления). Достоверно установлено, что окурок скорее всего оставлен убийцей, т.к. жертва по религиозным соображениям, никогда не прикасалась ни к спиртным напиткам ни к табаку. Другие следы преступления не индентифицированы. До сих пор преступление не раскрыто.
До сих пор идут споры относительно того, кем мог быть преступник, но ничего кроме того, что это мужчина, однозначно не прояснилось.
Здесь, на форуме я встречал некоторые реплики о том, что по характерным аллелям в определённых локусах можно с большой долей вероятности сказать о расовой или национальной принадлежности лица, чей профиль исследуется ( речь шла о аллелях, характерных для северо-американского континента, о турецких и пр.). В популярной литературе встречались заметки и о других идентификационных признаках объекта, чей ДНК профиль исследовался.
Очень вас прошу, гляньте на этот ДНК-профиль и, по возможности, опишите что можно сказать о мужчине, оставившем окурок на месте преступления.
Ваши выводы могут помочь в поиске преступника, придав нужное направление следствию.
Извините, пишу в отчаяньи оттого, что никто не хочет думать.

На 8 локусах это гадание по кофейной гуще. Хотя бы Айдентифайлер был весь, можно определить континент где-то с вероятностью 80-90%, и то если владелец профиля не метис. Митохондриалку и У сделали бы.

К сожалению, на то время не было технической возможности выделить ДНК профиль по 16 и более локусам. Через 2 года после преступления, дабы сузить круг поиска, из остатков эпителия на сигаретном фильтре выделили группу крови (Rh 1+), после чего (скорее всего) в распоряжении экспертов не осталось никакого материала. Если бы сейчас, то можно бы сделать всё по-другому.
Поймите, речь идёт не о том, чтобы получить прямые доказательства, а о направлении розыска преступника среди характерного этноса. Даже если будет указано хотя бы примерное направление ( менее 80-90%), и то я буду весьма благодарен.

К сожалению, это бесполезные призывы о помощи. С окурка сигареты выделяется (как правило) очень приличное количество ДНК. Если бы после первичного исследования эта ДНК была сохранена, то можно было бы вернуться к исследованию на более современном уровне. Но, вероятно, она была потрачена или не сохранена после анализа. Вернуться к вещдоку, чтобы сделать резус фактор - вообще глупо. Было окончательно утрачено то, что давало возможность установить развёрнутый генотип. Тем не менее, и сейчас ещё может что-то остаться: покажите остатки окурка грамотным генетикам.
Успехов.

По-моему резус не просто глупо, а какое-то вредительство!

Как ни странно, но у меня такое же ощущение. После преступления прошло 2 года, когда кому-то пришла идея выделить из остатков биоматериала на сигаретном фильтре группу крови. Провели дополнительную экспертизу( результаты я указал выше). Начали сужать круг розыска ( по группе крови)..... Только вот, если всё это оказалось плодом вредительства, тогда потерянными для следствия стали несколько лет ( круг сужали, да не вокруг преступника). Сегодня разговаривал со следователем. Оказалось, что ещё есть остатки того самого сигаретного фильтра!!! Но скорее всего надеяться уже не на что, так как биоматериала там минимум. Есть ли какие-то рекомендации по постановке задачи экспертам, учитывая катастрофический расход (на 2 предыдущие экспертизы) биоматериала и то, что прошёл большой срок с того дня, когда биологический след был оставлен преступником?
Т.е. - КАК ПРАВИЛЬНО СФОРМУЛИРОВАТЬ ПОСТАНОВОЧНЫЕ ВОПРОСЫ ПЕРЕД ЭКСПЕРТИЗОЙ?

Ув. Yurgen, если у Вас есть подозреваемый, то совпадение и по 8 локусам может затянуть ему на шее петлю, при грамотном обвинении. А вот если его нет, то тут вопрос, а что Вам надо получить? Начальству что нужно: преступник или его раса, национальность? Или "хоть что-то"?

Да, в Москве есть оборудование и софт, с помощью которого худо-бедно, с треском, но можно отличить русского от немца, если на бычке осталась ДНК. Но это не судебное решение. Эти методы не сертифицированы для использования в СМЭ вообще нигде.

Поэтому определитесь чего ждет начальство. Если нужен преступник, чтобы засудить без проблем, то прислушайтесь к совету ув. Зубра, найдите грамотного эксперта, который выделит ДНК либо ответственно заявит, что образец ненадлежащего качества. Сделает как положено как минимум 15-16 локусов. Если нужна характеристика что за человек, откуда, можно добавить митохондриальную + У-хромосому. На национальность не надейтесь (там другое оборудование используется, очень большой набор однонуклеотидных локусов), а раса по этим трем исследованиям обычно выявляется без проблем если только человек не метис. Но Вы уверены что это кому-то надо?

1. Исследование с целью определения генотипа образца по набору 16 локусов. Эксперт поймет, что от него нужно, не беспокойтесь.

Если есть необходимость (см. предыдущий пост):

2. Определить полиморфизм областей ГВС1 и ГВС2 митохондриальной ДНК

3. Определить полиморфизм микросателлитных локусов Y-хромосомы с помощью набора Y-Filer

Собственно, это и все задачи. Надеюсь, на бычке осталась ДНК. Обсудим потом что получилось и что можно сказать по этим данным.

Успехов Вам!

Ув. Yurgen, Вы поступили абсолютно правильно и логично, да статья Малярчука в этом деле полезна. Есть одно НО: если свой вывод делает член вашей команды, он за него и отвечает. Я, как сторонний человек, не могу брать на себя ответственности решать по 8 локусам кто у вас там, пусть даже его русскость во много раз вероятнее, по имеющимся данным. Поймите меня правильно Это не вредность. Я видел десятки ложных "угадываний" такого рода. Для 16ти локусов точность выше уже в несколько раз, есть и готовые решения, например Луиза Перейра поддерживает онлайновый софт для этого дела. Привлечение мтднк и У-хромосомы как правило улучшает оценку, иногда радикально. В редких случаях даже дает этническую зацепку.




Вообще частота аллеля 13 у румын ниже чем у русских. Про молдаван не знаю.

Уважаемый someone! Для нас это тоже пока остаётся загадкой. Частота аллеля локуса D13S317 (13,13) /по убыванию от "русскости"/ находится всего лишь на 4 месте. Т.е. нельзя однозначно сказать о принадлежности лица к иной этнической группе. В то же время у каждого из 3-х известных нам украино-молдавских метиссов значение одного из аллелей оказалось равным 13. Более-менее приблизительно можно бы было сделать вывод, если бы имелись хоть какие-то исследования по романскому этносу. Таковых, увы, обнаружить не удалось.
Будем надеяться, что из остатков имеющегося биоматериала удасться, согласно Ваших рекомендаций по постановке задачи экспертам, "вытянуть максимально возможную информацию.

По румынам есть не менее 3 статей, по молдаванам одна, и ее как раз нет под рукой у меня. Но по-любому для точных выводов откуда у Ваших троих выхвачен аллель требуется сравнивать с образцами родителей. Я совершенно не исключаю что и с украинской стороны. Хотя, если Вы допускаете наличие в родословной у владельца сабжевого искомого профиля, молдавской линии, только как версию, ничего не имею против.

Уважаемый Yurgen!
Делать выводы об этническом происхождении по локусу D13S317 еще рискованнее, чем определять по одному локусу отцовство. Вы стремитесь сделать качественный вывод на основе очень незначительных количественных различий. Даже если частоты аллеля 13 в локусе D13S317 различаются в популяциях достоверно на несколько процентов (а это еще большой вопрос), вес вашей гипотезы – всего несколько процентов. Значит, скорее всего, Вы направляете себя по ложному пути. В любой выборке из нескольких сот человек попадется гомозигота D13S317 13/13, и еще масса других редких для данной популяции генотипов. Хотя, Ваши усилия извлечь информацию из минимума данных меня впечатлили.

Даже если STR локусов под сотню, ошибка предсказания все равно существенная. Особенно сильная она на метисах. При кластеризации образцов в "расовые" группы программы вроде STRUCTURE присваивают аллелям их "расу". Так вот, эти "присваивания" таковы что полные сибы могут различаться по "примесям" на 10 и более процентов. Теоретические исследования говорят - чтобы это подавить надо добавить еще сотни и тысячи локусов, просто нет таких коммерческих наборов чтобы их типировать, тем более нет исследований где бы рассчитывалась значимость этих тысяч. Именно поэтому и перешли с STR на микрочиповые платформы: они используются для многих целей сразу, прежде всего медицинских, в геномике, это дешевле чем бесконечно расширять набор STR.

Единственное, чем можно обнадежить - в частных случаях, типировав 16 локусов, да еще опционально однородительские, можно посчитать отношение правдоподобия для принадлежности к этносу, учитывая массу априорных предположений. Скажем, обнаружив аллели свойственные русским с той же вероятностью как в западной европе, предполагаем что очков в пользу русскости во столько раз больше во сколько раз в России живет больше восточных славян чем западноевропейцев. Получится умножение на внушительные величины. Вот за счет этого и получается некоторая доказательность в конкретном случае.

Вы, видимо, абсолютно правы, уважаемый Gordiz. Добавив в нашу таблицу ДНК профили ещё 10 известных нам лиц, у двух из них мы также обнаружили в локусе D13S317 значение 13. Причём, у этих лиц не обнаружилось каких либо романских корней ( по крайней мере в известных нам двух поколениях). Получается, что это значение (13), как ранее заметил уважаемый someone, и как заметили Вы, не может однозначно дать ответ об этнической принадлежности преступника . В то же время по значениям аллелей в других локусах, мы не обнаружили существенных расхождений с восточно-славянской этногруппой ( европейские русские, поляки, украинцы, сербы, словаки и даже боснийцы). Кроме того подтвердили, что искомое нами лицо не относится к коренным азиатским народам России ( там совершенно иная картина по доминирующим значениям аллелей), а тем более к африканской, китайской , полинезийской или индейской этногруппе. От этого, конечно, оптимизма не прибавилось
Остаётся надежда на то, что экспертам удасться выделить ДНК профиль, согласно рекомендаций уважаемого someone. Тогда можно будет хоть о чём-то говорить.

Уважаемый someone! Мои попытки найти в сети программу STRUCTURE закончились неудачей ( буду благодарен если подскажите, где скачать). Было бы , конечно, познавательно посмотреть как "аллелям присваивается раса", но и без этого мне уже понятно, что это не более чем популизм. Если вести речь о значениях аллелей характерных для определённого этноса и значениях аболютно нехарактерных для этого этноса, такой подход, может быть и приемлем. Но как быть со значениями, лежащими посередине?
Более того, проведённые нами сравнения более 40 профилей ДНК показали, что у отдельных славянских индивидов изредка, но всё же встречаются значения аллелей ( как раз те самые средние значения), едва ли характерные для восточнославянского этноса. Интерпретировать это как свидетельство "неславянскости" было бы просто некорректно (встречающиеся аллельные "выбрыки" или "выбросы" могут быть следствием давнего кровосмешения, о котором даже не ведают его нынешние носители профиля ДНК).
И, безусловно, делать какие-либо выводы по 8 локусам, кроме достаточно общего определения этногруппы, непродуктивно. Подождём результаты новой экспертизы.

Ув. Yurgen, программа STRUCTURE для Вашего количества локусов вменяемых результатов не даст, да и для 16 тоже. Но с 16 нормально справляется PopAffiliator Луизы Перейры, который выдает результаты для 5 "рас". STRUCTURE устроена иначе, это скорее удочка чем рыбка: она сама выводит структуру "генетических континентов", точнее больших предковых групп, по сырому массиву данных, причем число кластеров можно задавать самостоятельно. Работает она под юниксом, есть однако и замены для виндоуз. Но использовать все это семейство программ на небольших наборах судебных локусов не получится, так как вменяемая кластеризация не проходит и случайным образом создается ложная "структура". Под 16 локусов заточены калькуляторы вроде Перейровского, в который уже зашиты "расовые" вероятности для каждого аллеля каждого локуса, сами эти величины получены долгими исследованиями.


Кстати нашел и молдаван, данные из отсутствующей статьи в архиве:

http://cracs.fc.up.pt/popaffiliator/str_db.html

ищите Moldova

Спасибо огромное, уважаемый someone, за ссылки и рекомендации. Теперь будет интересно посмотреть насколько наши самостоятельные (а по сути - аматорские) выводы коррелируются с этими данными. Обязательно поделюсь результатом.

И таки коррелируются с результатами онлайновой программы Луизы Перейры!!! Более того в отношении одного из лиц, чей ДНК профиль по 16 локусам был в наличии, уже давно имелись сомнения о его истинной этнической принадлежности ( круг его ближайших неродственных связей сплошь состоял из лиц неславянской национальности, хотя сам он позиционировал себя как славянин и фамилия у него была что ни на есть славянская. По отцу-матери тоже ничего нельзя было сказать об их, так сказать "неславянкости"). Теперь всё стало на свои места и причина его дружбы с этими лицами тоже. Интересный получился вывод...Благодарю Вас, уважаемый someone!!!
Однако указанная программа по 8 локусам не работает, а по сему будем ожидать результатов третьей эспертизы.

Добрый день, уважаемые форумчане! Привет Вам шлет солнечная Одесса!
База данных криминалистических профилей существует в Киеве ГНИЭКЦ, популяционно-статистические данные для основных популяционных выборок Одессы, Киева, Донецка, Днепропетровска есть в нашей лаборатории. Если Вы обладаете официальной властью попробуйте обратиться к специалистам, думаю они не откажут.

Официальной властью.... это сильно сказано, уважаемый Odessit.
Но тем не менее, за подсказку благодарен. По Одессе, Киеву, Донецку есть выборки по региональному принципу, которые, в общем-то, этническую картину для нас вряд ли что-то прояснят. Проведённые Б.И.Яворским исследования (а именно он их проводил по указанным областям) не более чем " средняя температура пациентов в больнице". Российские и польские исследования по этническим популяциям намного информативнее. По крайней мере, их хоть как-то можно использовать по интересующему нас вопросу.

День добрый, очень обидно читать про "среднюю температуру пациентов в больнице", как минимум.
Что касается "этнических" характеристик, заходите лет эдак через 10 лет, может и найдем Вам чистый этнос.

На самом деле для судебных/криминалистических целей важны и сельские выборки и городские. Первые - для целей вроде тех которые ставит Yurgen. Вторые - например, для расчета случайного совпадения в городской популяции.




Зачем 10 лет? Через 10 лет может уже поздно будет У нас в лаборатории около 1000 украинцев, все сельские, из глуши, этнические дальше некуда. Правда они не по айдентифайлеру сделаны, несколько иная программа.

Здравствуйте, уважамые форумчане! Думаю речь не идет о сельской/городской выборке украинцев, а о этнических популяциях, на Украине, только в Одессе и Одесской области согласно переписи населения за 1989 год!!! проживают около 15 этнических групп (украинцы, русские, белорусы, молдаване, армяне, татары,евреи, гагаузы, цыгане, албанцы, болгары, немцы, поляки и т.д.), + уже есть вьетнамцы, китайцы, арабы и т.д. Соответственно работать с таким количеством популяций нет ни сил ни возможностей. Для своей работы мы имеем базу данных смешанных популяционных групп нескольких областей. Если ком интересно пишите!

Уважаемый Odessit. Ради Бога, не обижайтесь на моё высказывание о "средней температуре по больнице". Дело в том, что выборка по смешанной популяции отдельного региона хоть и интересна, но всё же непригодна для случая, когда необходимо сузить оперативно-розыскные мероприятия определённым этносом. В этом плане верно заметил уважаемый someone - выборки по сельским районам ( где худо-бедно, но всё же многими поколениями традиционно соблюдается этническая чистота) и выборки по городскому населению( где в последнее столетие ассимиляция - обычное явление) далеко не одинаково репрезентативны ( с точки зрения выделения аллелей, характерных для определённой этнической популяции). Да и использование их в практической работе имеет разные цели. Россияне в своих исследованиях ( по этническому критерию) не спроста остановились на отдалённых регионах Бурятии, Хакассии, Зауралья. В этом плане были бы интересны исследования по этническим поппуляциям, где, в силу религиозных запретов, столетиями табуированы или не приветствуются смешанные браки ( русские старообрядцы, цыгане, иудеи, калмыки, некоторые каказские и тюркские национальности и др.). Увы, таких исследований я не встречал.

По старообрядцам и старожилам Сибири есть опубликованная выборка мтднк. Аутосом не встречал. Но подозреваю, что в коллекции Степанова из Томска есть. Может даже среди опубликованного его лабораторией есть, но просто не помню как он квалифицировал свою русскую выборку - как просто русскую или "старожильческую".

Спасибо, уважаемый someone. Удалось найти кое что из исследований Вадима Степанова: http://vigg.ru/database/chelovek/rusdnaid/ Очень полезная информация.

Уважаемые эксперты! Не прошло и года, как нашим экспертам удалось из остатков чудом сохранившегося сигаретного фильтра выделить ДНК-профиль разыскиваемого преступника ( ранее я опубликовал профиль по 9 STR- локусам, теперь имеем 16 ( в прилагаемом файле). Совпали все локусы, выделенные несколькими годами ранее, кроме локуса FGA, где отличается значение одного алеля ( выделено синим цветом).
Когда ранее я спрашивал у уважаемых экспертов этого форума о возможности определения этнической (популяционной) принадлежности разыскиваемого лица ( по профилю из 8 локусов), мне справедливо посоветовали постараться оперировать более полным профилем. Теперь такой ДНК-профиль имеется. Но вопросов, увы, не убавилось.
Первое, что бросилось в глаза, - наличие в локусах D3S1358, TH01,D13S317, D2S1338, TPOX, FGA значений алелей, не совсем характерных для восточно-славянской популяции ( они выделены красным цветом). Особенно - в локусах D13S317, D2S1338.
Подскажите, если это возможно, в каком направлении должен двигаться розыск преступника: в какой этнической популяции искать убийцу.

Уважаемый, 'Yurgen'!

Во-первых, отрадно, что хотя и через почти год, но более полный (и точный) профиль ДНК с окурка получен. Во-вторых, если Вы полагаете, что этого профиля достаточно для поимки преступника, по типу: только забрось удочку - и рыба сама приплывёт и заглотит наживку, то тут Вас ждёт разочарование. Однако, в любом случае, получена очень важная информация. Можно (и нужно) забросить этот генотип в максимально возможное количество криминалистических баз данных. Возможно повезёт наткнуться на человека или следы с тем же профилем. Можно попытаться приблизиться к пониманию расовой принадлежности, начав хотя бы с небезызвестного Вам PopAffiliator. Но это очень приблизительно и далеко не с той вероятностью, с которой можно что-то определённо утверждать, а значит и вести следствие в правильном направлении.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Кое-что дало бы изучение маркеров Y - хромосомы.
Всех благ.

Уважаемый,'Зубр'!

Конечно же, мы не находимся в плену иллюзий. Прекрасно отдаём себе отчёт, что преступник - городской житель, а городские выборки ДНК-профилей, в части, касающейся определения этнической популяции, по определению, не могут быть репрезентативны. Розыск ведём и по другим косвенным критериям.

Первое, что я сделал - "забросил" этот профиль на PopAffiliator Луизы Перейры. Однако как интерпретировать полученные результаты до сих пор не знаю.
Population Group/Probability
Eurasia 54.4%
Sub-Saharan Africa 44.1%
Asia 1.4%

В частности, что означает Sub-Saharan Africa -44.1%?
Зная о том, что Луиза Перейра, придерживается теории народорасселения из Африканского континента, существует вполне обоснованное понимание того, что PopAffiliator мог быть"заточен" именно под эту гипотезу. Хотя, в своих выводах я могу ошибаться.


Это мы обязательно сделаем, хотя подобного опыта ещё не имеем. Представитель Интерпола, с которым мы связывались пару лет тому назад, сказал, что такая воозможность у них есть, но в то время у нас был только неполный ДНК-профиль. Поэтому, с его стороны было высказано сомнение в том, что наш запрос может быть рассмотрен положительно. Теперь ситуация изменилась. Будем пробовать снова.

В любом случае, уважаемый "Зубр", я премного благодарен Вам за дельные практичесие советы, данные сейчас и ранее. А если Вы, или другие уважаемые эксперты, подскажут как можно интерпретировать указанные результаты PopAffiliator, буду благодарен втройне.
С уважением, Yurgen

Уважаемый 'Yurgen'!

Возможно, полезна будет статья:
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Успехов.