Вечер добрый!
Проблема в том, что все программы по установлению структуры или предсказанию метаболитов работают на полуэмпирике. Если Вы итак представляете, что может происходить гидроксилирование, например, то она Вам ничего нового и не скажет. Есть ряд исключений. Кроме того, эти программы комплектуются базами метаболитов, по сути - та же библиотека.
P.S. Может я такой "везучий", но не видел ни одного нормального MS-фрагментера или интерпретера. Иногда задумываюсь о том, что надо просто разыскать таблицы старые для массов
Но такие программы действительно нужны, если Вы готовы взяться за это, вести и обновлять свой продукт - может продавите его на рынок. Только не забывайте о цене... Да, труд адский, не копейки стоит, но вряд ли его купят дороже, чем у зубров типа Термо или Брукер. А вот эти ребята, кстати, очень могут заинтересоваться и купить Ваш проект, если он покажется им достаточно интересным.