Пардон, тут можно говорить долго. Какой бюджет? Для какой хроматографии - жидкостная или газовая? Если так - то можно сказать:
ВЭЖХ-МС/МС высокого разрешения - ultimate 3000 + орбитальная ловушка (более 40 млн руб). Чуть проще - Ultimate-3000 + TSQ quantum Access Max.
ГХ-МС - Trace 1310 + DFS, а в нагрузку еще Quantum XLS.
Часто встречаются комбинации типа:
Кристалл 5000.2+Thermo ISQ. Если хотите - можете взять термовский Трейс или же фокус ГХ.
Система Маэстро.
Можете еще Шимадзу посмотреть. Или Брукер. Брукер Вам обойдется дешевле, чем Термо.
В общем, сформулируйте ТЗ конкретнее, тогда можно будет сказать что-то полезное. Но в любом случае - помните о расходных материалах!