На мой взгляд проблема решаема. Если Вы не против, пущусь в небольшие размышления:
Как правильно заметил уважаемый коллега chemist-sib, в таких случаях надо опираться на профили.
Значимость или же напротив, ничтожность отличий играют только в одном случае - если делается количественная оценка, когда идет привязка к абсолютным величинам. Вот в элементном анализе - да, надо. Берем погрешность методики (включает в себя погрешность метода, пробоподготовки (самая большая погрешность), систематическую и т.д.) и с её учетом даем результаты по каждому элементу. Доверительные интервалы перекрылись везде? Хорошо, значит один пункт есть в графе "схожих".
Далее, профили хроматографические. Мне очень понравилась идея про жирнокислотный состав. Я бы сделал так: выделил несколько основных жирных кислот и пару тех, которых достаточно мало. И попробовал бы оперировать отношениями площадей пиков. Никакой колички, просто отношения площадей. Тут хорошо подходит ПИД. Немного поигравшись можно выявить отношения, которые более-менее характеристичны. Тот же фокус проделать и с целевыми компонентами. Это, отчасти, идентично банальному наложению хроматограмм разных объектов и сравнению, но все-таки все равно позволит дать более точные результаты, все-таки циферки
Далее, если говорить о различиях... Вот тут, конечно, начинается "веселье". В чем оно заключается? Да хотя бы в том, что если действующие вещества способны переходить из одного в другое, в зависимости от условий хранения, то один и тот же образец даст разные данные по органическим составляющим (за исключением, вероятно, как раз-таки жирных кислот). Элементный состав тоже может отличаться, если кто-то хранил на бумаге, а кто-то - на металлическом листе. Очень много "но", конечно. Поэтому опять-таки, смотреть надо не по железу в элементном составе, ибо, перекрестное загрязнение пробы (или как говорят буржуи - cross contamination) приведет к значительному искажению, а по элементам, которые в обычной жизни вряд ли могут взяться из ниоткуда.
Вообще было бы здорово провести эксперимент - один и тот же образец положить на солнце, другой в темное, сухое место, потом разделить эти два образца пополам (получится уже 4) и попробовать 1 часть, которая хранилась в тени и 1 часть, которая на солнце, немного поковырять ножом, а потом проанализировать все 4 части и посмотреть отличия в элементном составе между теми, которые ковыряли, и теми, которые не трогали, а по органике - между образцом из темноты и образцом из-под солнца.
Немного сумбурно, но, надеюсь, ход мысли уловить можно