Товарищи эксперты, объясните пожалуйста откуда (почему) возникают предпики (статеры) в капиллярном эклектрофорезе (точнее при амплификации).Всем добра!
Здравствуйте, уважаемые коллеги!
ExpGen, судя по никнейму Вы эксперт, поэтому поймете объяснение.
Статер («предпик») – это «ложный» пик, меньше истинного на один повтор (бывает больше на один повтор, бывает и не на один, но это крайне редкие случаи). Точного обоснования их появления нет, но есть гипотезы, одна из которых: полимераза, синтезируя комплементарную нить, не отрываясь от матрицы может присоединить около 60 нуклеотидов, затем она отсоединяется и присоединяется вновь (та же или другая молекула), получается, что какое-то мгновение матрица и синтезирующаяся нить находятся без фермента и они немного плавятся («дышат»), а затем «ошибочно» схлопываются при этом пропуская один повтор, затем этот «побочный» продукт накапливается, вероятность возникновения этой ошибки «специфична» для каждого локуса, т.к. зависит от нуклеотидного состава и от количества тандемных повторов. Смотрите рисунок во вкладке.
Ди- и тринуклеотидные повторы дают очень высокие статеры, поэтому в идентификации в основном стараются использовать тетра.