Добрый день, уважаемые коллеги! Не хотел вступать в полемику относительно данного вопроса, так как каждый сам как эксперт решает, что ему в каждой конкретной ситуации лучше применить, но все-таки:
Цитата
Если ДНК сильно деградирована Вам придется внести больше ДНК для того, чтобы получить приемлемы уровень сигнала в "длинных" локусах.
- это необходимо делать при использовании любых наборов;
Цитата
К сожалению это не совсем так. Уровень фонового сигнала выше в разы, если сравнивать с импортными аналогами
- в разы это во сколько? в 2 раза, ну да может быть, разве это очень мешает? уровень фонового сигнала примерно как у Id+;
Цитата
артефакты, зона праймеров, "наползающая" на короткие локусы...
- редко бывает, как правило в К- в зеленной краске, на истинные пики не похожи, в 99,9% анализу не мешает, артефакты свойственны и для дорогих наборов, у них в инструкции есть целый раздел на эту тему;
Цитата
"Лишние" пики регулярно наблюдаю и в сравнительных образцах, причем высота сигнала сравнима с истинными аллелями. Анализировать в этих условиях LCN и смеси с соотношением компонентов больше, чем пять к одному это прямой путь к некорректным выводам.
- год назад проскакивала подобная проблема в локусе vWA, но как внезапно пришла, так внезапно и ушла и больше не появлялась, и высота пика не была сопоставима с истинными. Больше чем 5 к 1 это в любом случае не простой анализ, для таких объектов всегда рекомендуется использовать несколько наборов, различные разведения и количество циклов. Иногда даже в смешанных объектах с большой разницей в соотношении компонентов Кордис+ срабатывает лучше и дополняет картину профиля полученного с помощью других наборов.
Цитата
и кстати иногда FGA" Отличное подтверждение вариабельность качества разных лотов. И еще D18, кстати. С длиной фрагмента корреляции нет никакой
- на практике не ощущаю проблем с этими локусами. Общая картина дисбаланса профиля выраженнее чем в дорогих наборах, но опять таки мне лично это мешает только при анализе сложных смесей, но такие объекты требуют специального подхода, описанного выше;
Цитата
единственное достоинстко набора - цена, но и оно нивелируется необходимостью "адаптации и преодоления определенных сложностей" и поспоянными перестановками ПЦР/фореза. На современом этапе проихводство экспертиз это именно ПРОИЗВОДСТВО, и исполизуемая химия должна этому соответствовать. Два реза обирать и разбирать автомобиль на конвеере вряд ли кому-то придет в голову
- ну прохождение адаптации и преодоление сложностей это желание или не желание личное, но мы добились системы и "поспоянными перестановками ПЦР/фореза" не страдаем. Конвеерное производство экспертиз возможно в случае хорошего количества и качества исследуемого биологического материала, вот как раз Кордис+ для этих целей идеальный вариант, а в "особо сложных" случаях (если эксперт конечно посчитает необходимым применить весь арсенал своих знаний и возможностей) необходим индивидуальный подход к каждому объекту, мы ведь врачи, никто не хочет, чтобы хирург его лечил в больнице по принципу "конвеерное производство хирургических операций";
Цитата
Тоже создается ощущение, что на "коленке". Хорошая задумка в плане импортозамещения, но реализация мягко говоря... И понятно, что производители кордиса не виноваты в том, что система вся наша такая гнилая, что никто ни в чем не заинтересован (ну, там, на "Олимпе")
- эти наборы вряд ли являются продуктом импортозамещения, т.к. начали выпускаться задолго до появления программы импортозамещения;
Цитата
Но, ребят, то, чем вы/мы занимаетесь/занимаемся... от этого судьбы вообще-то зависят... И как-то страшновато... Достоинство в стоимости... сомнительно, учитывая, сколько приходится делать перестановок
- вот именно, судьбы зависят. И вот представьте себе ситуацию, я уж не знаю как в Ваших лабораториях с финансированием, Вам на год (на 3 тыс объектов) выделяют 2-3млн и как хочешь так и работай, что Вы выберите - работать на гелях (также на русских реактивах!), либо на анализаторе Кордисом+, чувствительность которого на порядок выше???
Итог моего рассуждения: спорить теоретическими фактами по поводу качества и применимости в смэ того или иного набора для производства молекулярно-генетических экспертиз - можно бесконечно долго, лучше уж тогда переходить на доказательства (прикреплять фореграммы). В противовес общепринятой фразы - "производство на коленке" (о качестве которого не Вы не я не можем точно знать) - с использованием набора Кордис+ в нашей лаборатории исследовано около 2-3тыс объектов, нам удалось создать систему при которой получаются стабильно-ожидаемые интерпритируемые (без ущерба качества) результаты. В "необычных" и "сложных" случаях всегда дублируем Кордис+ другими наборами (Gf, Yf, Mf), какого-то выраженного противоречия в данных получаемых различными наборами не обнаружили. К тому же мы далеко не единственные кто работает с этим набором, значит еще есть положительные примеры. Я никого не в коем случае не призываю отказаться от иностранных наборов и полностью перейти на российские, есть возможность использовать общепринятые наборы - пожалуйста, но не нужно так откровенно нападать и высказываться категорично отрицательно о российских аналогах. Ребята (компания Гордиз) молодцы, делают большое дело несмотря на множество трудностей, "Москва не сразу строилась", и качество наборов производимых сегодня существенно выше качества их же наборов производимых несколько лет назад. Продолжу аналогию с производством автомобилей - каждая машина производится под определенные цели, и никто наверно не будет спорить, что Тойота Хайлюкс лучше по проходимости нежели Лада Приора, но если Вам необходимо автомобиль на каждый день, для рутинных передвижений, и при этом бюджет Вашей семьи не очень-то и велик, идеальным вариантом (цена за 1км передвижения) может оказаться и Лада Приора, не смотря на то, что большинство друзей обсмеют этот выбор и найдут сотни недостатков в этом автомобиле. Как говорил не мало известный ЗУБР (Тимофеев-Ресовский): "Главное в жизни и науке отличить существенное от несущественного".
Не лишайте, столь негативными отзывами, десятки лабораторий с низким бюджетированием, возможности попробовать поработать на анализаторе с применением наборов Кордис+, возможно, и Вам когда-нибудь придется.