Митохондриальная ДНК клеток опухоли

Всех с Новым Годом!
Уважаемые коллеги, прошу проконсультировать меня по нескольким вопросам.

Из литературных источников мне известно, что процесс канцерогенеза характеризуется накоплением необратимых изменений клеточного фенотипа, в основе которых лежат генетические измения (мутации митохондриальной ДНК пациента в раковой опухоли) сопровождающиеся клонированием эпителиальных клеток с новым геномом.

Разъясните пожалуйста:
1. Возможны ли изменения митохондриальной ДНК пациента в раковой опухоли настолько, что при генетической экспертизе невозможно доказать принадлежность опухоли к пациенту (если сравнивается митохондриальная ДНК клеток только опухоли - с криостатных и парафиновых срезов, парафиновых блоков после фиксации формалином и гистологической обработки хим. реактивами - с митохондриальной ДНК из крови пациента спустя 3 года после радикальной операции);
2. Каков процент ложноотрицательных (несоответствие ДНК опухоли ДНК пациенту) результатов генетических экспертиз, возможные причины (в том числе возможна ли причина ложноотрицательных или отрицательных результатов при сравнении только ДНК мутированных клеток опухоли со "здоровыми" клетками хозяина);
3. Насколько повреждается митохондриальная ДНК опухоли при фиксации в формалине и дальнейшей гистологической обработке (спирты, ксилолы, красители). Как влияют изменения в результате вышеописанного на результат генетических экспертиз (опять же при сравнении ДНК клеток рака (с криостатных и парафиновых срезов, парафиновых блоков) с клетками "хозяина" спустя 3 года после радикальной операции).
4. Возможны ли схожие мутации ДНК в раковых опухолях одной локализации у разных больных.

С уважением,
Ковбасюк О.С
(врач-патологоанатом)

а[email protected]

Ваш вопрос касается молодой и достаточно сложной области - оценки качества секвенирования мтднк человека, а именно случая когда известно что образец заведомо поврежден - то есть деградировал или мутировал в особых условиях. Сразу могу ответить что хорошей теоретической базы нет. Просто потому что пока только разрабатывается база под общее понятие о качестве нормальных выборок полученных от здоровых индивидов, и здесь есть несколько точек зрения. Одни авторы считают что существующие филогенетические познания достаточны для того чтобы найти ошибки - скажем серьезные ошибки в малой выборке или определенный % менее серьезных ошибок в большой выборке. То есть предполагается что существует некоторая "функция" устанавливающая верхний порог числа допустимых "странностей": как только он превышен то уже можно говорить о том что это не странность выборки а самая настоящая ошибка секвенирования/деградация цепей итд. Степень "странности" определяется как некая мера соответствия сиквенсов известной филогении, например появление нетипичных мутаций, признаков искусственной рекомбинации ин витро итп. Другие авторы, наоборот, утверждают что уровень текущих наших познаний недостаточен, что мы не знаем филогении человеческой мтднк настолько хорошо чтобы судитьо качестве произвольного сиквенса только наи основании этих (частичных) знаний. Правда, оговорюсь, таких авторов меньше чем тех кто поддерживает первую точку зрения.

Статьи на данную тему есть. В том числе с разборами сиквенсов из биоптатов. Но я вряд ли подскажу Вам одну-две даже пять таких где были бы достоверные ответы на ВСЕ Ваши вопросы. Особенно сложно с вопросом 2. Как сказать. Вот есть совершенно неузнаваемые ГВС из свежих биоптатов (не исключаю еще ошибок секвенирования вдобавок) а есть например HeLa и практически все опубликованные линии достаточно узнаваемы - по крайней мере легко можно заключить что они находятся в родстве и даже предположить откуда происходят географически предки той самой афроамериканки.

В общем если у Вас задача конкретная - пишите в личку. Может удастся что-то определенное сказать и даже обосновать.

Уважаемый 'arktik-plaza5' !
Вопросы для докторской диссертации, не меньше.
1. вероятно - возможны, особенно если опираться только и исключительно на анализ мтДНК. С другой стороны, из чисто практических соображений: 50-100 копий митохондрий на клетку, чтобы в этой микропопуляции, даже при необузданном делении клеток, воспреобладали именно мутантные, да ещё и затрагивающие D-петлю... сомнительно. Кроме того, получив данные о последовательности нуклеотидов - можно разобраться и с наличием мутационных изменений.
2. Обычно судмед вопрос именно так и ставится: принадлежат ли гистопрепараты конкретному лицу. Отсюда - как трактовать несоответствие одного материала другому? Как ошибку, реальное различие двух гаплотипов?
3. Обработка формалином и др. веществами оказывает существенное влияние на ДНК, вызывая её деградацию и приводя, в конечном итоге, к полному или частичному отсутствию результатов анаализа, генотипирования. Формалин особенно опасен . Важнее не сроки хранения блоков и стёкол, а процедуры подготовки гистопрепаратов (время контакта с тем же формалином).
4. Наверное, возможны, но надо смотреть статьи по этой теме.
Всего наилучшего.
Всех с Рождеством.

Доброго всем времени суток!
Прикрепляю статью в которой изучаются последствия развития раковых заболеваний (опухолей) на типирование микросателлитных локусов (STR). Это принципиально другие маркеры, нежели мтДНК, но определённые закономерности прослеживаются. Авторы обнаружили достаточно большой процент мутаций и, совершенно справедливо, призывают к особой бдительности при работе с опухолевыми тканями.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Всего наилучшего.