Интересные случаи из собственной практики



Форум судебных медиков России > Судебная медицина и судебно-медицинская экспертиза > Судебно-медицинская генетика
Зубр
Доброго времени суток уважаемые форумчане!
По предложению коллеги Elena blond, открываю данный раздел, где предлагается выкладывать интересные, особо сложные, необычные и т.д. молекулярно-генетические экспертизы, выполненные Вами лично, или коллегами из Вашей лаборатории. Сам и начну изложение.
Фабула: изнасилована женщина, в мазках и тампонах обнаружено малое количество сперматозоидов без примеси крови. У следствия есть трое подозреваемых. Экспертиза поступает на генетику.
По результатам: двое подозреваемых исключены, а третий - не исключается. Ставили 15 STR - систем на секвенаторе + пол. В целом, рядовая экспертиза, но есть интересная деталь. У подозреваемого типируется только участок амелогенина, находящийся на Y -хромосоме, а тот, что на Х -хромосоме - нет.
Посмотрите картинку:

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Версия такая: нарушено место прикрепления праймера/ов амелогенина на Х-хромосоме. Но это только версия, проверить сложно - надо секвенировать весь участок.
Всего наилучшего.


Elena blond
Цитата
У подозреваемого типируется только участок амелогенина, находящийся на Y -хромосоме, а тот, что на Х -хромосоме -нет.
Версия такая: нарушено место прикрепления праймера/ов амелогенина на Х-хромосоме. Но это только версия, проверить сложно - надо секвенировать весь участок.
Всем привет.
Этот случай интересный, но здесь хотя бы в том, что это мужчина сомневаться не приходилось.
У меня была экспертиза (отцовство).
Как обычно, прелюдия перед экспертизой - ругань на всю лабораторию между участниками исследования (в нашей лаборатории главное требование для экспертиз по суду - присутствие всех троих в одно и тоже время)
Начала исследование. Образец папы выходил в Identifiler как женский, поскольку был лишь один "X",
"Y" не было в помине. Глаза округлились, мысли всякие нехорошие полезли.
Перевыделила ДНК и переставила в секвинаторе. Результат тот же.
Благо он не исключался как отец (стало как-то спокойнее).
Потом догадалась поставить Y-filer, благо ребенок был мужского пола, и поэтому исследование проводилось не зря.
Тоже пришлось объяснять данный факт хромосомной мутацией.

PS: Позже мы выяснили, что такие аномалии часто встречаются у мужчин-выходцев из Востока.
Представляете, а если такая мутация встретится в экспертизе...?!


someone
Цитата(Зубр @ 9.01.2009 - 20:03)
Посмотрите картинку
жесть


Genetik
Цитата(Elena blond @ 10.01.2009 - 08:42)
У меня была экспертиза (отцовство). Образец папы выходил в Identifiler как женский, поскольку был лишь один "X",
"Y" не было в помине. Глаза округлились, мысли всякие нехорошие полезли.
Перевыделила ДНК и переставила в секвинаторе. Результат тот же. Благо он не исключался как отец (стало как-то спокойнее). Потом догадалась поставить Y-filer, благо ребенок был мужского пола, и поэтому исследование проводилось не зря. Тоже пришлось объяснять данный факт хромосомной мутацией.
Уважаемая Elena blond! В нашей практике тоже были аналогичные случаи. Скорее всего у этого мужчины имеется делеция в месте посадки одного из амелогениновых праймеров. Я бы порекомендовал поработать с олигами на другие участки локуса Amelogenin, благо есть из чего выбрать.
Если не сложно, не могли бы Вы выложить картинку (фореграмму) результатов Identifiler этого папаши?
Удачи.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла


Elena blond
Цитата
Уважаемая Elena blond! В нашей практике тоже были аналогичные случаи. Скорее всего у этого мужчины имеется делеция в месте посадки одного из амелогениновых праймеров. Я бы порекомендовал поработать с олигами на другие участки локуса Amelogenin, благо есть из чего выбрать.
Если не сложно, не могли бы Вы выложить картинку (фореграмму) результатов Identifiler этого папаши?
Приветствую всех форумчан, а в особенности Genetik!
Конечно я найду данный профиль в компьютере и готова буду его выложить. Я так понимаю, что вас интересует фрагмент фореграммы с Amel и локусами с красным флуоресцентным красителем (PET).
В выходные попробую разобраться, как это делается технически.

PS: Спасибо за одобрительные слова, высказанные в наш адрес в дебатах по самолёту.

Всего хорошего.


Elena blond
Цитата
В нашей практике тоже были аналогичные случаи. Скорее всего у этого мужчины имеется делеция в месте посадки одного из амелогениновых праймеров. Я бы порекомендовал поработать с олигами на другие участки локуса Amelogenin, благо есть из чего выбрать.
Если не сложно, не могли бы Вы выложить картинку (фореграмму) результатов Identifiler этого папаши?
Уважаемый Genetik,
по Вашей просьбе я отыскала эту экспертизу.
Попытаюсь вставить картинку, надеюсь она получилась неплохого качества.
Прошу прощения за то, что ввела народ немного в заблуждение, поскольку ребенок в той экспертизе был женского пола, а не мужского как писала ранее.
Однако, я всё же ставила Y-filer и определяла количество ДНК Y-хромосомы на Real-Time, чтобы реабилитировать мужчину в данной экспертизе.
Количества ДНК были такими:
Quantifiler Human - 10,79 нг/мкл
Quantifiler Y - 7,99 нг/мкл
Картинку по Identifiler прилагаю.
Всего наилучшего.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла


Зубр
Доброго времени суток, уважаемые коллеги!
Вот эта статья как раз в тему. Правда досконально исследуется только случай отсутствия аллели на Х-хромосоме. Но, обратите внимание, случаи таких мутаций не так уж редки.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Всем привет.


Genetik
Цитата(Elena blond @ 16.01.2009 - 20:24)
Попытаюсь вставить картинку, надеюсь она получилась неплохого качества.
Уважаемая Elena blond! Спасибо за картинку. А Вы случайно не интересовались национальностью этого "папы"?

С уважением.


Genetik
Цитата(Зубр @ 16.01.2009 - 21:52)
Доброго времени суток, уважаемые коллеги!
Вот эта статья как раз в тему. Правда досконально исследуется только случай отсутствия аллели на Х-хромосоме. Но, обратите внимание, случаи таких мутаций не так уж редки.
Уважаемый 'Зубр'! Статья интересная, однако предложенные авторами праймеры на амелогениновый участок не очень удобны (по крайней мере для нашей лаборатории): не всегда удается получить амплификат длинной 212 (218) bp из объектов с малым содержанием активной ДНК-матрицы (в отличие от стандартных праймеров). В особенности это касается старых вещдоков, горелых биообъектов и другой прочей прелести. А что касается массовых идентификаций, то вероятность напороться на такую мутацию крайне редка (если мы конечно не будем идентифицировать каких-нибудь индийцев или жителей Шри Ланки). А с учетом того, что народ при идентификации массовых жертв пользуются не только генетическими методами определения пола, так вообще, вероятность ошибки исчезающе мала.

С уважением.


Elena blond
Цитата(Genetik @ 17.01.2009 - 22:48)
Уважаемая Elena blond! Спасибо за картинку. А Вы случайно не интересовались национальностью этого "папы"?
Уважаемый Genetik!
Возможности такой у нас не было, поскольку отцовство было по суду. Это значит, что мы видим участников экспертизы один раз, когда производим забор материала на исследование. По окончании экспертизы "Заключение эксперта" высылается почтой.
Но, судя по ФИО и месту рождения - должен быть славянской национальности.
Сам папа приехал на экспертизу с области севернее нашей.
Посему, остается только предполагать...
Всего хорошего.


Elena blond
Уважаемые форумчане!
Была ли у вас ситуация подобная нашей?
Или может быть у вас имеется логическое объяснение данному факту?

На исследование представлено два марлевых тампона-смыва с порога автомобиля.
На них явная кровь хорошей насыщенности.
Эксперт-биолог установил в них кровь человека.
Выделяли ДНК два раза: первый - фенольным методом (набором АТГ-Москва), второй раз - колонками и набором QIAamp DNA mini Kit (фирмы Qiagen).
Количество ДНК ничтожно малое, и даже после концентрирования в секвенаторе ничего не идет.
Стали перепроверять кровь на вид. И вот каков расклад:
- по результатам теста на гемоглобин человека - TEST HemDirect - результат отрицательный, при этом тест сработал хорошо: контрольная полоска хорошая, тестовая - даже намёков нет.
- по результатам реакции Чистовича - чистый человек с двумя сериями сывороток. Со всеми имеющимися животинками (сыворотками) ставили - реакция отрицательная.
Что делать с этой экспертизой неясно.

Заранее благодарна за ответы.
Всего наилучшего.


Зубр
Цитата(Elena blond @ 25.01.2009 - 09:09)
...Что делать с этой экспертизой неясно...
Уважаемая коллега 'Elena blond'!
Если вопрос касается только того, как выпустить генетическую экспертизу, то это тот неприятный для эксперта случай, когда он вынужден писать отрицательный результат генотипирования. При том, что сделано всё возможное, чтобы добиться положительного результата (судя по Вашему сообщению - Вы сделали максимум возможного). Назвать причину описанного Вами явления, полагаю, не сможет никто: это требует непосредственного изучения и немалого числа дополнительных данных. Возможно в этом я ошибаюсь и у кого-то есть такие или подобные случаи, которые удалось осмыслить.
Другой вопрос: зачем Вы проверяли биологические данные? Любой результат такой перепроверки кроме головной боли Вам ничего не даст.
Вообще-то, с тампонов-смывов ДНК всегда выделяется неважнецки. Вы говорите, что ДНК мало (кстати, допустимый порог требуемый для генотипирования превышен или нет?), плюс следы крови могли находиться на солнце или в местах авто, где бензин, масло и другие компоненты присутствуют. Среди всего этого добра много ингибиторов ПЦР.
Что мы делаем в подобных случаях?
1. Выделение ДНК из очень малого фрагмента тампона (примерно 2на 2 мм) и из большого (около 3на 3см), зависит от слойности и насыщенности.
2. Предварительное нагревание фрагмента в воде (pre-soaking) при 56градусах один час. Дальше вытаскиваем фрагмент и - в переваривающий буфер.
3. Увеличиваем количество фенольно-хлороформных экспозиций до 6.
4. Переосаждаем не этанолом, а изопропанолом.
5. Титруем ДНК вводя её в амплификацию.
6. Добавляем больше бычьего сывороточного альбумина в амплификацию.
7. Проводим монолокусные реакции (они чуствительнее) или ставим тест на сегмент гена амелогенин - всё в "ручном" режиме.
8. Можно продолжать ещё долго...
Успехов.


Elena blond
Цитата
Другой вопрос: зачем Вы проверяли биологические данные? Любой результат такой перепроверки кроме головной боли Вам ничего не даст.
Потому, что первая мысль, которая возникла после получения результатов, может это кровь животного.

Цитата
Вы говорите, что ДНК мало (кстати, допустимый порог требуемый для генотипирования превышен или нет?)
-при выделении фенольным набором - количества ДНК было достаточным для генотипирования, но в секвенаторе - пусто по всем локусам.
-при выделении колонками Qiagen - количество ДНК не достаточное для генотипирования.
Иногда, при концентрации ДНК ниже допустимого порога указанного в протоколе, в секвенаторе выходит замечательный профиль. Но там количество ДНК настолько низкое, что даже пробовать амплифицировать смысла не имеет.

Ни в первом, ни во-втором случае ингибиции не было, о чем свидетельствует прекрасная наработка ДНК внутреннего контроля (IPC) в данных образцах в Real-Time.
Большинство методов борьбы, которые перечислили Вы, если я не ошибаюсь, направлены на устранение влияния ингибиторов на ПЦР.
Но нам, это вряд ли поможет.
Тем не менее, за развернутый ответ спасибо.

Цитата
Вообще-то, с тампонов-смывов ДНК всегда выделяется неважнецки.
Я бы так не стала говорить, иногда на вид смыв ужасный, а ДНК выделяется прекрасно и количество больше, чем достаточно, по крайней мере, для секвенатора.
Всего наилучшего.


Зубр


rostandrei
Цитата(Зубр @ 10.01.2009 - 02:03)
...У подозреваемого типируется только участок амелогенина, находящийся на Y -хромосоме, а тот, что на Х - хромосоме - нет. Посмотрите картинку:
Версия такая: нарушено место прикрепления праймера/ов амелогенина на Х-хромосоме. Но это только версия, проверить сложно - надо секвенировать весь участок.
Вот нечто подобное. В данном случае типирована ДНК выделенная из кости НТ. Предполагалась что это пропавшая без вести, оказалось что пропавший. Выделять ДНК приходилось дважды. Как оказалось она деградирована. Для анализа использовал реактивы PowerPlex 16 System, так как по моему мнению промеговские наборы менее чувствительны к ингибиторам. Однако и с ними ничего не выходило, только смесь (по 4 пика) в локусах D3S1358 и D5S818. Тут кстати подоспел новый набор от А/В MiniFiler (специально оптимизирован для деградированной ДНК) с ним то и получилась вот такая картинка.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла


Зубр
Уважаемый коллега 'rostandrei'!
Я бы не рискнул говорить по данной картинке, что Х-хромосома (амелогениновый участок) отсутствует. В приведённом мною случае - был чётко работающий (по остальным системам) образец, а в Вашем случае - сложный объект. Было бы очень интересно по приведённому Вами случаю узнать подробности. Где нашли останки, в каких условиях и как долго они там находились? Какую кость брали для генанализа, как обрабатывали, м.б., какие-то подробности выделения и очистки ДНК?

Всего наилучшего.


rostandrei
Здравствуйте уважаемые участники форума и уважаемый коллега Зубр.
Про кость. По обстоятельствам дела череп обнаружен в теплотрассе в апреле 2007 г. Нашли уже голый череп, из чего можно предположить, что голова потерпевшего находилась там довольно долго. Пропавшая без вести молодая женщина. Измерения краниометрических параметров не проводил, но на вид череп больше напоминал мужской и по размеру был крупноват для женщины (хотя всякое бывает). Для исследования использовал затылочную кость. Выделение ДНК из кости только фенольным методом. Первый раз выделение проводил параллельно из двух разных объектов (костей по разным делам). Одна кость получилась хорошо, вторая (эта самая) – почти нет. Второй раз выделял только из этой кости, но параллельно в двух пробах, на каждую брал по 4 г костного помола.
Думаю что отсутствие пика Х специфичных фрагментов в данном случае обусловлено частичной гнилостной деградацией ДНК. В локусе D7S820 характерная для смеси картина. С интерпретацией пиков затрудняюсь. То что 11 аллель есть сомнений не вызывает, а вот как быть с 8, 9, 10 не знаю. Локус D18S51 тоже с «сюрпризом» - 18. Аналогичная картина с четырьмя пиками наблюдалась и в упомянутых ранее локусах D3S1358 и D5S818.
Дело в том, что при последнем выделении препарат подвергался сильному концентрированию. Вначале при помощи Centricon 100, потом Microcon 100. При таком концентрировании приходится работать с особой осторожностью, но избежать контаминации не всегда удается. Наличие лишних пиков тому свидетельство.
Чтобы избавиться от наверняка присутствующих ингибиторов, которые могли сконцентрироваться вместе с ДНК, проводил так называемую доочистку, с помощью набора реагентов «DNA IQ System». Особенность набора в том, что входящие в его состав шарики адсорбируют на себя ДНК (нечеловеческую тоже), а все остальное остается в растворе.
Качественную и количественную оценку ДНК в «Реалтайм» не проводил. Методически это конечно же неверно, но есть кое какие объяснения, о них потом.
С уважением, rostandrei.


Зубр
Уважаемый коллега 'rostandrei'!
Спасибо за информативный рассказ. Несколько соображений выскажу.
Цитата(rostandrei @ 20.02.2009 - 21:06)
По обстоятельствам дела череп обнаружен в теплотрассе в апреле 2007 г. Нашли уже голый череп, из чего можно предположить, что голова потерпевшего находилась там довольно долго.
Из нашего опыта - особенно сложный костный материал - это погружённые в воду тела, либо находившиеся длительное время в контакте с водой. На теплотрассе постоянное сочетание пара с колебанием температуры. Был аналогичный случай - "пробили" с трудом.

Цитата
... Для исследования использовал затылочную кость. Выделение ДНК из кости только фенольным методом.
По литературным данным, кости черепа наименее пригодны для получения препаратов ДНК, при этом, предпочтение следует отдавать нижней челюсти.

Цитата
Дело в том, что при последнем выделении препарат подвергался сильному концентрированию. Вначале при помощи Centricon 100, потом Microcon 100. При таком концентрировании приходится работать с особой осторожностью, но избежать контаминации не всегда удается. Наличие лишних пиков тому свидетельство.
Возможно, это консерватизм, но я предпочитаю концентрировать ДНК дедовским способом: переосаждение изопропанолом. Кости (не образцы) приходится переосаждать почти всегда.

Всего наилучшего.


Genetik
Уважаемый rostandrei! На вашей фореграмме показан типичный случай контаминации образца, содержащего изначально малое кол-во активной ДНК-матрицы. Прошу обратить Ваше внимание на локус CSF1PO: здесь возможен случай ложной гомозиготы. Были ли доступны в Вашем случае зубы? Если да, то я бы попробовал с парочкой из них повозиться. Гарантия на частоту повыше, да и надежность получить истинный генотип тоже.
С комсомольским приветом.


rostandrei
Цитата(Genetik @ 5.03.2009 - 05:10)
Уважаемый rostandrei! На вашей фореграмме показан типичный случай контаминации образца, содержащего изначально малое кол-во активной ДНК-матрицы. Прошу обратить Ваше внимание на локус CSF1PO: здесь возможен случай ложной гомозиготы. Были ли доступны в Вашем случае зубы? Если да, то я бы попробовал с парочкой из них повозиться. Гарантия на частоту повыше, да и надежность получить истинный генотип тоже.
С комсомольским приветом.

Уважаемый Genetik, к сожалению все зубы ни нижняя челюсть отсутствовали. По славам следователя череп представлен в том виде в котором был найден. Может когда-нибудь найдётся и склет без черепа. Предотвратить контаминацию при изначально малой концентрации ДНК очень проблематично, видимо при сильном концентрировании она практически из воздуха происходит. Перед работой надо помещение УФ-том с часик "прожарить".
С пионерским приветом.


Gordiz
Уважаемые коллеги!

Вероятно описанный ниже образец может быть отнесен ва разряд интересных случаев.

При анализе выборки неродственных индивидов попался образец с тремя аллелями в локусе D21S11.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Видно, что образец не смешаный. Для D21S11 описано множество три-аллельных генотипов. Вроде бы ничего особенного. Смущало только, что соседний SE33 гомозиготен, что случается довольно редко при гетерозиготности локуса >95%. Кроме того третий аллель D21 какой-то странный: ранее не описанный промежуточный аллель, подозрительно похожий по интенсивности на гомозиготу SE33.

При постановке D21S11 и SE33 в моноплексах выяснилось, что третий аллель D21S11 - на самом деле первый аллель SE33. Точнее минус первый, потому что если пересчитать его подвижность на число повторов, то получится -1.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Анализ образца с другим набором праймеров подтвердил генотип SE33.

Полезно было узнать, что бывает и такое.


Зубр
Уважаемые коллеги!
Прошу высказать Ваше мнение, может быть сталкивались с аналогичными ситуациями, по следующему случаю. В лесополосе обнаружены скелетированные останки мужчины. У следствия возникла версия о принадлежности останков некоему Б. Чтобы эту гипотезу доказать назначается генетическая экспертиза. Из родственников у "Б". только родной брат "К". Делаем Y-filer и получаем 16 совпадений и по 17-ой системе отличие. Что тут думать: мутация. Но решили проверить по митохондриальной ДНК, раз братья единоутробные, т.е. от одной матери. Получаем 4 чётких (области секвенированы дважды) отличия между "Б" и "К". В МтДНК сомнений нет, но основной вопрос по Y- маркерам. Могут ли неродственники дать совпадение по 16 системам?
Всем привет.


someone
Цитата(Зубр @ 20.02.2010 - 20:08)
Могут ли неродственники дать совпадение по 16 системам?


16/17 это значит общему предку может быть до 700 лет (типа того), так что в теории вполне могут не быть близкими родственниками, запросто могут иметь разные фамилии и о своем родстве ничего не знать. Но в реальной практике 16/17 действительно бывает не часто, и Ваше удивление и первоначальное подозрение что это мутация 100% законны, ув. Зубр!

Сюрприз в том что реальная дата общего предка обычно моложе чем в теории которая накручивает ее для уменьшения CI. Практически родству таких мужчин до пары-тройки сот лет, особенно если дело было в одной области/районе и тем более если это глухое сельское место где популяция маленькая и все что похоже то и родственно smile.gif Увы, я пока не встречал работ где бы анализировалась большая выборка с разбором всех случаев совпадения 16/17, с целью выяснить могут ли они оказаться родственниками. Все что есть - это либо анализ мутирования в семьях с заведомо верной генеалогией, либо, еще реже - фамильные студии.

Западные работы по мутированию микросателлит в семьях с глубокой генеалогией известны, можно при желании нарыть средний возраст одной мутации при условии что древо известно. По России на У-файлере есть любопытная иллюстрация есть на сайте Генофонд, проект Родственники или Однофамильцы:

http://genofond.ru/default3.aspx?s=0&p=549

Однофамильцы с близкими гаплотипами там закрашены одним цветом, расстояние более чем 16/17 следует игнорировать (там уже начинаются случайности), 17/17 имхо это в основном случаи когда участники вводили в заблуждение проект присылая киты заведомых родственников (что запрещено правилами), а вот 16/17 заслуживает внимания. В большинстве групп однофамильцев такие пары есть (тогда как у пар с разными фамилиями 16/17 исключительная штука), так что в пределах жизни одной фамилии (простой, не аристократической) 1 отличие на 17 набегает запросто и не раз. Что интуитивно совершенно очевидно smile.gif


Gordiz
Цитата(Зубр @ 20.02.2010 - 20:08)

Могут ли неродственники дать совпадение по 16 системам?


Уважаемый Зубр!

В прикрепленном файле результаты типирования Y-STR 656 неродственных мужчин из США. По локусам Yfiler 12 гаплотипов встретились в выборке 2 раза и 2 гаплотипа встретились 3 раза. Это полные совпадения. С одним мисматчем "случайных" совпадений будет гораздо больше.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

С другой стороны, если суммировать частоту мутаций локусов Yfiler получится вероятность хотя бы одной мутации - 5% на поколение. То есть в каждой 10-й паре сибсов будет хотя бы одна мутация.

Про мтДНК временами публикуют разные чудеса. Поэтому вероятность подвоха с этой стороны тоже не равна нулю.

Можно использовать дополнительные средства:

1. На уровне сибсов и полусибсов достаточно достоверно можно провести сравнение с помощью аутосомных маркеров, если взять в анализ много локусов (>25).

2. Можно воспользоваться маркерами X хромосомы. Из четырех групп сцепления X хромосомы с высокой вероятностью у братьев будет хотя бы один общий гаплотип. При использовании 3-х STR локусов на каждую группу сцепления, популяционная частота любого гаплотипа будет существенно ниже 1%.

Для обоих подходов доступны мультиплексные флуоресцентные наборы. Если интересно - могу ответить в личной почте.









someone
Цитата(Gordiz @ 21.02.2010 - 19:10)
Y-STR 656 неродственных мужчин из США


Согласитесь, некоторые могут иметь общего предка в последние 200-300 лет. В любой большой выборке должны быть совпадения, особенно вблизи частых гаплотипов. Но оценить % случайности без увеличения количества локусов невозможно в принципе, никакие опросы пробандов (родственники вы типа или нет) не помогут.


Цитата
С другой стороны, если суммировать частоту мутаций локусов Yfiler получится вероятность хотя бы одной мутации - 5% на поколение. То есть в каждой 10-й паре сибсов будет хотя бы одна мутация.


На практике это бывает несколько реже, впрочем все равно укладывается в границы 1 мутация на 500-700 лет (= 20-28 поколений).


Думаю, идея насчет аутосом единственно правильная. Х-хромосома не помощница коли у них матери разные. 4 различия на мито даже у дальних кузенов я не встречал, больше одного уже казуистика и может быть только на С-трактах.

ЗЫ: Кстати, а отец этого мужика "К" - местный?





someone

Из сапплемента к статье Ревера 2008 по русским

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...792/table/Tab1/


Gordiz
Цитата(someone @ 22.02.2010 - 06:47)
Но оценить % случайности без увеличения количества локусов невозможно в принципе, никакие опросы пробандов (родственники вы типа или нет) не помогут....


Именно поэтому приводится ссылка на эту публикацию. По 37 Y-STR практически все эти Y хромосомы оказались разными, так что с формированием выборки у них все впорядке. Безусловно, близкие гаплотипы в недавнем историческом прошлом имели общего предка, поэтому слово "случайный" взято в кавычки, но с точки зрения экспертизы это врядли имеет значение.

Спасибо за ссылку на статью Ровера, для нас она, конечно, актуальней.

Цитата(someone @ 22.02.2010 - 06:47)

Думаю, идея насчет аутосом единственно правильная. Х-хромосома не помощница коли у них матери разные.


Если матери разные, отсутствие общих гаплотипов по X усилит на порядок гипотезу о том, что это не братья (родные братья должны получить хотя бы один общий гаплотип из 4-х групп сцепления с вероятностью 93,5%). Это тоже результат.

Могут ли родные братья иметь несколько мисматчей по мтДНК? Иногда наверное могут. Вот например, описанный случай гетероплазмии по двум эволюционно далеким гаплотипам. Результат получен в двух независимых лабораториях (включая лабораторию Вальтера Парсона), и ему нужно верить.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

В свете этих данных другие сообщения об отцовском наследовании мтДНК уже не кажутся такими фантастическими.
Безусловно описанное явление встречается редко. Но насколько редко? Не известно. В большинстве лабораторий такой результат скорее всего игнорировали бы, предполагая контаминацию.




Зубр
Уважаемый 'someone'!
Цитата(someone @ 22.02.2010 - 06:47)

...ЗЫ: Кстати, а отец этого мужика "К" - местный?

"Б" приехал на сезонные работы. Такова уж специфика экспертной работы, что добыть подробные сведения о родственных связях можно только опосредованно - через следствие. Отсюда: информация зачастую не полная. В нашем рассматриваемом случае - братья "К" и "Б" (и, вероятно, их отец) из центральной части России (точно сейчас не могу сказать, но если надо посмотрю).
Уважаемый 'Gordiz'!
Цитата
...Про мтДНК временами публикуют разные чудеса. Поэтому вероятность подвоха с этой стороны тоже не равна нулю...

Расшифруйте, пожалуйста, что за подвохи. Если нужно для обсуждения, готов привести таблицу сиквенсов.
Всем удачи.


Gordiz
Цитата(Зубр @ 22.02.2010 - 14:05)
Уважаемый 'Gordiz'!
Расшифруйте, пожалуйста, что за подвохи. Если нужно для обсуждения, готов привести таблицу сиквенсов.

Уважаемый Зубр!

Собственно я имел виду те данные, на которые сослался в предыдущем моем сообщении. Ведь если данные Y-STR мтДНК противоречат друг другу,имеет смысл рассмотреть возможную погрешность обоих методов.

Судя по статье, которую цитировал someone в базе данных yhrd.org довольно много данных по европейской части России, сделанных на Yfiler, и многие гаплотипы неуникальны. Интересно, принадлежат ли 16 общих локусов предполагаемых братьев какому-нибудь частому для России гаплотипу?


someone
Согласен с ув. Gordiz - для задачи дальнее родство не актуально. Особенно в свете дополнения ув. Зубра о том что семья не местная. Моя первоначальная логика была такая: в сельской местности вероятность близкородственной связи похожих гаплотипов выше общепопуляционной. Типа, найден похожий гаплотип - надо искать зацепку среди местных. Может среди родственников совпадающего мужчины. Конечно, сначала нужно определить частоту линии в общей популяции, хотя бы по тому же Реверу (он загнал эти данные в YHRD так что можно по быстрому).


Я думаю что разбор полета с мтднк может избавить от необходимости работать с Х хромосомой. Допустим доказали что матери разные - наверняка для следствия это будет железный аргумент, можно считать что проблема решена. Семья не местная, значит мы в ситуации "даны двое жителей России, вообще говоря из разных регионов, один русский, матери разные, отцы 16/17, оценить вероятность близкого родства по какой угодно линии". Допустим по YHRD мы оценили вероятность случайного совпадения в 3%. Вся другая информация, кроме У, только ухудшит эту оценку, ну допустим до 10% а то и больше.

Какие-либо возражения?

Цитата
Если матери разные, отсутствие общих гаплотипов по X усилит на порядок гипотезу о том, что это не братья


допустим митолинии полученные от обоих индивидов известны в популяции, экспертиза аккуратная что не придраться, тогда зачем возиться с X?


Зубр
Доброго времени суток уважаемые коллеги!
Цитата
...Могут ли родные братья иметь несколько мисматчей по мтДНК? Иногда наверное могут. Вот например, описанный случай гетероплазмии по двум эволюционно далеким гаплотипам...

Не знаю, не знаю. В нашем случае несколько различий, но стабильно воспроизводимых различий. И это не гетероплазмия ни в случае одного субъекта, ни в случае костных останков другого. А ведь мы далеки от того, чтобы анализировать индивидуальные клетки, в нашем случае это сотни клеток на пробу и тысячи митохондрий.
Если говорить о практическом аспекте экспертизы, то главная её задача - уверенно доказать принадлежность останков "Б" или исключить. Важно только это. Получается (артефакты пока не будем брать в расчёт) что при условии принятия тезы: у "Б" и "К" одна мать, наши данные свидетельствуют, что неопознанный труп - не принадлежит "Б". Формально.
Прикрепляю статью в развитие темы.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Всем успехов.


Gordiz
Цитата(someone @ 22.02.2010 - 15:42)
допустим митолинии полученные от обоих индивидов известны в популяции, экспертиза аккуратная что не придраться, тогда зачем возиться с X?


Уважаемый Someone,
Согласен, если противоречие результатов Y-STR и мтДНК не смущает, то возиться вообще больше не стоит. Формально принадлежность останков брату исключается по мтДНК.
Однако Зубр предложил участникам форума высказать свое мнение, и я высказал: противоречие в результатах все-таки есть, поскольку вероятность одного мисматча по Yfiler у братьев существенно выше, чем вероятность случайного совпадения у неродственников даже по самым частым гаплотипам. Почему бы в этом случае не подстраховаться и не получить независимо данные по другим системам маркеров (аутосомы и X-хромосома)?


Gordiz
Цитата(Зубр @ 23.02.2010 - 01:16)
Доброго времени суток уважаемые коллеги!

Не знаю, не знаю. В нашем случае несколько различий, но стабильно воспроизводимых различий. И это не гетероплазмия ни в случае одного субъекта, ни в случае костных останков другого. А ведь мы далеки от того, чтобы анализировать индивидуальные клетки, в нашем случае это сотни клеток на пробу и тысячи митохондрий.

Уважаемый Зубр,
Спасибо за статью, однако в ней описан пример самой обычной гетероплазмии. В лаборатории же Парсона получили более удивительный результат. На протяжении двух поколений у трех человек в тотальной ДНК выделенной из крови (не из отдельных клеток!) одновременно присутствуют два гаплотипа мтДНК, принадлежащие двум разным гаплогруппам: V и U4. Эти молекулы мтДНК имели общего предка десятки тысяч лет назад, но каким-то образом оказались в одном организме, что косвенно указывает на возможность отцовского наследования мтДНК. Как правило, при гетероплазмии в течение нескольких поколений происходит фиксация в потомстве одного из вариантов, поэтому не будет ничего удивительного, если у описанной женщины второго поколения родятся два сына с абсолютно разными мтДНК со множеством различий.
Всего за последние годы опубликовано более 20 случаев, свидетельствующих о возможности отцовского наследования мтДНК, однако как правило эти случаи объясняли контаминацией, артефактами, либо ошибкой в манипуляцичх данными. Теперь же самому Парсону, писавшему в редакции журналов письма с просьбой относиться скептически к таким публикациям, отказали в возможности доложить устно свои результаты на конференции ISFG. Профессиональное сообщество не любит, когда ломаются догмы.

Цитата(Зубр @ 23.02.2010 - 01:16)

наши данные свидетельствуют, что неопознанный труп - не принадлежит "Б". Формально.

Почти наверняка так и есть. Но может быть и в Вашем случае что-то интересное? (учитывая результаты по Y-STR)


someone
Цитата(Gordiz @ 23.02.2010 - 21:30)
не будет ничего удивительного, если у описанной женщины второго поколения родятся два сына с абсолютно разными мтДНК со множеством различий.


Уважаемый Gordiz, не хотелось бы в абсолютно конкретном топике разворачивать столь глубокую (и конечно интересную) дискуссию. Да, теперь известно, что такие вещи как отцовское наследование мт иногда случаются, причем остаются незамеченными прежде всего по причине редкости семейных исследований, а никаким иным способом их заметить нельзя. Отцовское наследование - это не рекомбинация, оно совершенно перпендикулярно по отношению к филогении, не такая уж это и ересь по большому счету. Если ученое сообщество наконец признает такие вещи открыто то ничего страшного не случится, небо на землю не упадет. Но по отношению к практике СМЭ это кошмар. Совершенно нереально каждое типирование мито подкреплять парой-тройкой родственников по этой линии. Да, могут быть поводы как в описанном случае у Парсона. Но там 1) на трейсе была явная гетероплазмия и 2) профиль был контаминацией двух других известных профилей.

Итак, в сухом остатке вопрос. Что вероятнее. Найти кости с У-ом таким что по соседству есть мужчина с (почти) таким же профилем, и у этого мужчины недавно пропал брат. Или найти "отцовское наследование" мтднк? Я все еще думаю что вероятнее первое.


Зубр
Доброго времени суток уважаемые коллеги!
Привожу результаты сравнительного анализа гипервариабельных районов мт ДНК по рассматриваемому случаю.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Всем привет.


someone
Мои поздравления, ув. Зубр! Оба сиквенса известны в русской популяции, первый принадлежит редчайшей линии U8a, второй - попсовой U5a, оба без "лишних" мутаций, идеальные представители своих ветвей. Не подкопаться.


Русская версия Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.

© 2002-2015 Форум судебных медиков
При копировании материалов сайта размещение активной ссылки на источник обязательно!