[Anna85]

Добрый день!
Обращаюсь за советом.
Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин.
С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме.
Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях?
Заранее благодарю за помощь.

[доктор морфолог]

Добрый день!
Обращаюсь за советом.
Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин.
С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме.
Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях?
Заранее благодарю за помощь.

Гистологи обычно делают долгую промывку под проточной водой для проводки от избавления формалина. Нужно мнение опытнейших в генетике уважаемых Зубрa и genosys, подождем.

Сообщение отредактировал доктор морфолог - 15.01.2016 - 11:37

[Зубр]

Добрый день!
Обращаюсь за советом.
Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин.
С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме.
Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях?
Заранее благодарю за помощь.

Доброго времени суток!
Работ по выделению ДНК из тканей, погружённых в формалин, множество. В основном, это музейные архивы, но есть и "чистые" опыты. Общие принципы не отличаются от выделения ДНК из тканей заключённых в парафиновые блоки, так как формалиновая экспозиция есть и при подготовке последних. Прикреплю несколько статей, возможно помогут методически.
Успехов.  2125.pdf ( 232.06 килобайт ) Кол-во скачиваний:  957
 ABR_2012_3_7_3174_3177.pdf ( 291.3 килобайт ) Кол-во скачиваний:  764
 form_str.pdf ( 51.85 килобайт ) Кол-во скачиваний:  891
 FSI_2011.pdf ( 227.59 килобайт ) Кол-во скачиваний:  566

[Razum72]

Добрый день!
Обращаюсь за советом.
Речь идет не о фиксате в парафиновых блоках, а именно о тканях, помещенных в формалин.
С таким материалом приходится работать нечасто. Поэтому и опыт небольшой. Для выделения ДНК используем Препфайлер с магнитными частицами. Набор для генотипирования - Identifiler. Результат или нулевой, или полтора жалких пика на фореграмме.
Существует ли какой-нибудь хитрый способ очистки б/м от формалина? Или хотя бы снижения его концентрации в тканях?
Заранее благодарю за помощь.

Добрый день, уважаемые коллеги!
Anna85, проблема типирования ДНК выделенной из фиксированных в формалине тканей, состоит не в ингибиции ПЦР формалином, а в прямом действии формальдегида на ДНК:
1) Присоединяется к НК с формированием гидроксиметильных групп;
2) Медленная электрофильная атака N-метилола на азотное основание образует метиленовый мостик между двумя аминогруппами;
3) Через гидролиз N-гликозидных мостиков приводит к появлению апуриновых и апиримидиновых участков;
4) Медленно гидролизует дифосфатные мостики приводя к образованию коротких цепей полидезоксирибозы с интактными пиримидинами.

Т.о. вы не можете проанализировать ДНК, т.к. она деградирована. В каких-то случаях помогут наборы - mini, NGMSe, Global. Прикрепляю презентацию, в ней ищите ответы, будут вопросы - пишите.