[GeneQuery]

Доброго времени, уважаемые эксперты!
Вопрос такой.
Возможно ли сделать анализ только двух-трех локусов одного образца?
Если да, то сколько по времени это займет.
И будет ли разница в стоимости в сравнении, как если делать по целому набору на сиквенаторе?

[Зубр]

Уважаемый 'GeneQuery'!

Доброго времени, уважаемые эксперты!
Вопрос такой.
Возможно ли сделать анализ только двух-трех локусов одного образца?..

Конечно можно. Есть, правда, лаборатории, которые принципиально не держат электрофорезных аппаратов для разгонки фрагментов ДНК в полиакриламидном геле.

...Если да, то сколько по времени это займет...

Ну, считайте. Выделить ДНК - около 1 часа. Концентрацию можно не проверять, если источник ДНК традиционный, а у исполнителя - есть опыт работы. Амплификация ДНК - ставится сразу по нескольким системам, если необходимо, - 2.30 - 3 часа. Электрофорез в ПАА геле - около 3 часов (подготовка геля во время амплификации, чтобы время не пропадало зря ). Визуализация "разогнанных" продуктов амплификации с применением азотнокислого серебра - около часа. Учёт результатов генотипирования - 10 минут. Отдых, релаксация - индивидуально.

...И будет ли разница в стоимости в сравнении, как если делать по целому набору на сиквенаторе?

Будет, конечно. 2-3 монолокуса дешевле поставить, чем Identifiler.
Всем привет.

[someone]

GeneQuery, а что если Вам приобрести центрифужку, терцик и форезную камеру? ИМХО, пора А потом, кто знает, может и старый капиллярник купите.

[GeneQuery]

Зубр, спасибо за ясный ответ.
someone, надо будет, куплю обязательно , а пока так.

[rostandrei]

Здравствуйте Уважаемые коллеги!
Справедливости ради следует сказать, что 2-3 монолокуса конечно и быстрей и дешевле, но статитстическая значимость такого исследования, мягко говоря, не очень...

Сообщение отредактировал rostandrei - 25.12.2011 - 12:28

[GeneQuery]

Справедливости ради следует сказать, что 2-3 монолокуса конечно и быстрей и дешевле, но статитстическая значимость такого исследования, мягко говоря, не очень...

Это понятно, мне надо будет просто перепроверить ряд локусов и видимо, придется делать за рубежом, так как все что происходит здесь похоже на какой-то всесоюзный заговор:

Один анализ делался в частном порядке и не анонимно - жена знала куда сдаются образцы, на выходе получаю результат, возникают вполне определенные вопросы, прокомментировать которые эксперт категорически отказался (при том, что за день да этого мы с ним очень душевно и дружелюбно общались), показать первичные данные на машине ПОЛНЫЙ КАТЕГОРИЧНЫЙ ОТКАЗ - единственный его аргумент: "Вам надо в это поверить", компромисс был достигнут такой, что он дает мне копии образцов для проверки взамен на на мое заявление, что не имею к нему претензий. Я согласился, но он выдал мне испорченные образцы (большая часть была вырезана), сославшись на то, что материал ушел в работу, во что поверить не могу так как:
- у нас брали кровь в достаточном объеме непосредственно в пробирки и на бумажки
- насколько понял в дальнейшем, для анализа достаточно пары квадратных миллиметров бумаги с кровью, а вырезаны были практически все пятна по контуру
- еще накануне я просил эксперта выдать мне копии образцов и он ни разу не упомянул, что они ушли в работу , - просто не хотел отдавать и все
- на мой вопрос зачем вырезали, ответил, что он меня предупреждал, что если возникают трудности при исследовании, то он обращается к копиям образцов (и это при том, что они брали кровь непосредственно в пробирки и материала у них должно быть навалом), так вот ни о каких трудностях когда он выдавал мне результаты он не сообщал, а напротив сказал, что все получилось просто исключительно хорошо и замечательно

Новый анализ делался в другой фирме при мне. Но во-первых, на распечатках фореграмм 1-й лаборатории в названии имени файла фигурировало имя этой второй фирмы, в которой делался второй анализ. Кроме того, в той же фирме узнал, что лаборатория у них только в одном городе (в этой связи, если предположить, что и первая реально отдала анализ как раз в эту вторую, это объясняло бы почему первый эксперт не мог показать мне первичные данные на машине - в этой ситуации у него их просто физически не было). Не смотря на это, я решился поехать в эту вторую лабораторию, надеясь на то, что так как анализ будет делаться при мне, то в любом случае это шанс добиться правды или во всяком случае хотя бы попробовать узнать действительно ли первый анализ делался тоже у них.
На выходе по второму анализу:
1) узнать делался ли первый анализ у них у меня не получилось:
- или это не так
- если это и так, то скрыть это не составляет большого труда - достаточно было просто удалить/спрятать файлы первичных данных этого анализа, то есть шансов изначально было мало что-то прояснить наверняка
2) когда делали форез ставили его три раза:
- первый раз не прошло, т.к. была сбита настройка задержки чтения данных на сиквенаторе для идентифайлера
- после второго раза не продетектировался один образец (насколько понял, не привязался к леддеру, но может неправильно понял), и у двух образцов получилась низкая концентрация ДНК, добавили "размер", увеличили концентрацию ДНК, поставили еще раз
Пока один сотрудник готовил третий заход, пытались достать информацию из того, что получилось.
И какую-то часть достали и даже при слабой концентрации она совпала с предыдущими результатом из первой лаборатории ()
- но в итоге даже после третьего захода все равно у одного из образцов (ребенка) получилась маленькая концентрация ДНК

На выходе: было детектирвано 10 локусов, из которых два не совпало шесть локусов по ребенку были действительно нечитаемые - просто пила какая-то. И тут интересная вещь:
- по 8 локусам эксперт проставил пики, глядя на этот график по слабой концентрации ДНК - я тоже понял принцип как определяются пики - ничего сложного на мой взгляд. там было так идет "пила" с частыми зубьями, а потом разрежение и один зуб немного выше и шире остальных - это и интерпретировалось как пик. ТАК ВОТ самое интересное, что 8 локусов аллели,по которым детектировались по этому слабому сигналу совпали с результатами пред. лаборатории. Далее попалось два несовпадения (ПИКИ ТОЧНО ТАКОГО ЖЕ характера как те, что детектировались и совпали, на вид точно такие же, но ребенок не совпадает с отцом, но тут эксперты сказали, что концентрация низкая и нельзя работать с такими данными, остальные шесть локусов там и правда вообще ничего не было видно по ребенку, сказали, что на сегодня сделали, что могли (время было позднее, хотя за 100тысяч за день.......), пообещали потом переделать на другом наборе, но я уже не мог присутствовать, в итоге когда переделали, все снова стало замечательно, но я-то своими глазами видел несовпадения... И вообще пообщавшись с форумчанами, понял, возможна картина вплоть до того, что изготавливается смесь амплификатов и делаются "нужные" образцы, но возможно, это очень заморочено и проще подменить эти самые образцы. Что касается случая, когда делали при мне, то у меня брали тоже контрольно образец прямо в лаборатории и теоретически был лишь один момент, когда и его могли подменить, это если предположить, что у них была связь с женой, подготовиться в этом плане у них время было (предыдущий эксперт, кстати общался с другой стороной, что для меня тоже странно - в конце-концов заказывал и оплачивал экспертизу я, вопросы возникли у меня, которые были проигнорированы, зато общался с противоположной стороной). Вообще по первой экспертизе в конце-концов, оказана услуга, за опять же немалые деньги, эксперт со мной больше часа травил по душам за жизнь, а вполне конкретные вопросы не то что ответить отказался - даже слушать не стал: я вам все выдал, вот и смотрите, вы должны в это поверить... Это нормально? В общем пока вопрос остается открытым. 100т.р. считаю очень сгоряча выборошенными на ветер, т.к. очевидного четкого ответа так не получил.
И странно то, что из множества лабораторий (в том числе во многие звонил и непосредственно никто не соглашался поработать в присутствии), а согласилась только одна фирма, имя которой фигурирует в названии файлов первичных данных первой лаборатории....
И кто бы что ни говорил, но пока есть такие факты, верить в "чистоту" эксперимента не могу.

Сообщение отредактировал GeneQuery - 25.12.2011 - 14:00

[Зубр]

Уважаемый 'GeneQuery'!

И странно то, что из множества лабораторий (в том числе во многие звонил и непосредственно никто не соглашался поработать в присутствии), а согласилась только одна фирма, имя которой фигурирует в названии файлов первичных данных первой лаборатории....
И кто бы что ни говорил, но пока есть такие факты, верить в "чистоту" эксперимента не могу.

Скажу так, не повезло Вам. Сумму Вы предложили достойную, но надо же было условия продумать и деньги не отдавать до тех пор, пока Ваши условия не будут до конца выполнены. А не повезло потому, что нарвались Вы на непрофессионалов, судя по Вашим же рассказам, напоминающим исповедь. И, с другой стороны, совершенно объяснимо поведение тех, по крайней мере государственных учреждений, куда Вы обращались с безответным предложением. В госучреждениях всё регламентировано: прейскурантные цены, присутствие посторонних лиц в лаборатории (параллельно идёт работа с десятками уголовных и гражданских дел) и др. Однако, советую Вам не отчаиваться, добиваться убедительного ответа.
Удачи.