[Yurgen]

Даже если STR локусов под сотню, ошибка предсказания все равно существенная. Особенно сильная она на метисах. При кластеризации образцов в "расовые" группы программы вроде STRUCTURE присваивают аллелям их "расу". Так вот, эти "присваивания" таковы что полные сибы могут различаться по "примесям" на 10 и более процентов. Теоретические исследования говорят - чтобы это подавить надо добавить еще сотни и тысячи локусов, просто нет таких коммерческих наборов чтобы их типировать, тем более нет исследований где бы рассчитывалась значимость этих тысяч. Именно поэтому и перешли с STR на микрочиповые платформы: они используются для многих целей сразу, прежде всего медицинских, в геномике, это дешевле чем бесконечно расширять набор STR.

Единственное, чем можно обнадежить - в частных случаях, типировав 16 локусов, да еще опционально однородительские, можно посчитать отношение правдоподобия для принадлежности к этносу, учитывая массу априорных предположений. Скажем, обнаружив аллели свойственные русским с той же вероятностью как в западной европе, предполагаем что очков в пользу русскости во столько раз больше во сколько раз в России живет больше восточных славян чем западноевропейцев. Получится умножение на внушительные величины. Вот за счет этого и получается некоторая доказательность в конкретном случае.

Уважаемый someone! Мои попытки найти в сети программу STRUCTURE закончились неудачей ( буду благодарен если подскажите, где скачать). Было бы , конечно, познавательно посмотреть как "аллелям присваивается раса", но и без этого мне уже понятно, что это не более чем популизм. Если вести речь о значениях аллелей характерных для определённого этноса и значениях аболютно нехарактерных для этого этноса, такой подход, может быть и приемлем. Но как быть со значениями, лежащими посередине?
Более того, проведённые нами сравнения более 40 профилей ДНК показали, что у отдельных славянских индивидов изредка, но всё же встречаются значения аллелей ( как раз те самые средние значения), едва ли характерные для восточнославянского этноса. Интерпретировать это как свидетельство "неславянскости" было бы просто некорректно (встречающиеся аллельные "выбрыки" или "выбросы" могут быть следствием давнего кровосмешения, о котором даже не ведают его нынешние носители профиля ДНК).
И, безусловно, делать какие-либо выводы по 8 локусам, кроме достаточно общего определения этногруппы, непродуктивно. Подождём результаты новой экспертизы.

[someone]

Ув. Yurgen, программа STRUCTURE для Вашего количества локусов вменяемых результатов не даст, да и для 16 тоже. Но с 16 нормально справляется PopAffiliator Луизы Перейры, который выдает результаты для 5 "рас". STRUCTURE устроена иначе, это скорее удочка чем рыбка: она сама выводит структуру "генетических континентов", точнее больших предковых групп, по сырому массиву данных, причем число кластеров можно задавать самостоятельно. Работает она под юниксом, есть однако и замены для виндоуз. Но использовать все это семейство программ на небольших наборах судебных локусов не получится, так как вменяемая кластеризация не проходит и случайным образом создается ложная "структура". Под 16 локусов заточены калькуляторы вроде Перейровского, в который уже зашиты "расовые" вероятности для каждого аллеля каждого локуса, сами эти величины получены долгими исследованиями.


Кстати нашел и молдаван, данные из отсутствующей статьи в архиве:

http://cracs.fc.up.pt/popaffiliator/str_db.html

ищите Moldova

[Yurgen]

Ув. Yurgen, программа STRUCTURE для Вашего количества локусов вменяемых результатов не даст, да и для 16 тоже. Но с 16 нормально справляется PopAffiliator Луизы Перейры, который выдает результаты для 5 "рас". STRUCTURE устроена иначе, это скорее удочка чем рыбка: она сама выводит структуру "генетических континентов", точнее больших предковых групп, по сырому массиву данных, причем число кластеров можно задавать самостоятельно. Работает она под юниксом, есть однако и замены для виндоуз. Но использовать все это семейство программ на небольших наборах судебных локусов не получится, так как вменяемая кластеризация не проходит и случайным образом создается ложная "структура". Под 16 локусов заточены калькуляторы вроде Перейровского, в который уже зашиты "расовые" вероятности для каждого аллеля каждого локуса, сами эти величины получены долгими исследованиями.
Кстати нашел и молдаван, данные из отсутствующей статьи в архиве:

http://cracs.fc.up.pt/popaffiliator/str_db.html

ищите Moldova

Спасибо огромное, уважаемый someone, за ссылки и рекомендации. Теперь будет интересно посмотреть насколько наши самостоятельные (а по сути - аматорские) выводы коррелируются с этими данными. Обязательно поделюсь результатом.

[Yurgen]

.... насколько наши самостоятельные (а по сути - аматорские) выводы коррелируются с этими данными. Обязательно поделюсь результатом.

И таки коррелируются с результатами онлайновой программы Луизы Перейры!!! Более того в отношении одного из лиц, чей ДНК профиль по 16 локусам был в наличии, уже давно имелись сомнения о его истинной этнической принадлежности ( круг его ближайших неродственных связей сплошь состоял из лиц неславянской национальности, хотя сам он позиционировал себя как славянин и фамилия у него была что ни на есть славянская. По отцу-матери тоже ничего нельзя было сказать об их, так сказать "неславянкости"). Теперь всё стало на свои места и причина его дружбы с этими лицами тоже. Интересный получился вывод...Благодарю Вас, уважаемый someone!!!
Однако указанная программа по 8 локусам не работает, а по сему будем ожидать результатов третьей эспертизы.

Сообщение отредактировал Yurgen - 18.01.2012 - 23:51

[Odessit]

Добрый день, уважаемые форумчане! Привет Вам шлет солнечная Одесса!
База данных криминалистических профилей существует в Киеве ГНИЭКЦ, популяционно-статистические данные для основных популяционных выборок Одессы, Киева, Донецка, Днепропетровска есть в нашей лаборатории. Если Вы обладаете официальной властью попробуйте обратиться к специалистам, думаю они не откажут.

[Yurgen]

Добрый день, уважаемые форумчане! Привет Вам шлет солнечная Одесса!
База данных криминалистических профилей существует в Киеве ГНИЭКЦ, популяционно-статистические данные для основных популяционных выборок Одессы, Киева, Донецка, Днепропетровска есть в нашей лаборатории. Если Вы обладаете официальной властью попробуйте обратиться к специалистам, думаю они не откажут.

Официальной властью.... это сильно сказано, уважаемый Odessit.
Но тем не менее, за подсказку благодарен. По Одессе, Киеву, Донецку есть выборки по региональному принципу, которые, в общем-то, этническую картину для нас вряд ли что-то прояснят. Проведённые Б.И.Яворским исследования (а именно он их проводил по указанным областям) не более чем " средняя температура пациентов в больнице". Российские и польские исследования по этническим популяциям намного информативнее. По крайней мере, их хоть как-то можно использовать по интересующему нас вопросу.

Сообщение отредактировал Yurgen - 23.01.2012 - 22:39

[Odessit]

День добрый, очень обидно читать про "среднюю температуру пациентов в больнице", как минимум.
Что касается "этнических" характеристик, заходите лет эдак через 10 лет, может и найдем Вам чистый этнос.

[someone]

На самом деле для судебных/криминалистических целей важны и сельские выборки и городские. Первые - для целей вроде тех которые ставит Yurgen. Вторые - например, для расчета случайного совпадения в городской популяции.

заходите лет эдак через 10 лет, может и найдем Вам чистый этнос

Зачем 10 лет? Через 10 лет может уже поздно будет У нас в лаборатории около 1000 украинцев, все сельские, из глуши, этнические дальше некуда. Правда они не по айдентифайлеру сделаны, несколько иная программа.

[Odessit]

Здравствуйте, уважамые форумчане! Думаю речь не идет о сельской/городской выборке украинцев, а о этнических популяциях, на Украине, только в Одессе и Одесской области согласно переписи населения за 1989 год!!! проживают около 15 этнических групп (украинцы, русские, белорусы, молдаване, армяне, татары,евреи, гагаузы, цыгане, албанцы, болгары, немцы, поляки и т.д.), + уже есть вьетнамцы, китайцы, арабы и т.д. Соответственно работать с таким количеством популяций нет ни сил ни возможностей. Для своей работы мы имеем базу данных смешанных популяционных групп нескольких областей. Если ком интересно пишите!

[Yurgen]

Здравствуйте, уважамые форумчане! Думаю речь не идет о сельской/городской выборке украинцев, а о этнических популяциях, на Украине, только в Одессе и Одесской области согласно переписи населения за 1989 год!!! проживают около 15 этнических групп (украинцы, русские, белорусы, молдаване, армяне, татары,евреи, гагаузы, цыгане, албанцы, болгары, немцы, поляки и т.д.), + уже есть вьетнамцы, китайцы, арабы и т.д. Соответственно работать с таким количеством популяций нет ни сил ни возможностей. Для своей работы мы имеем базу данных смешанных популяционных групп нескольких областей. Если ком интересно пишите!

Уважаемый Odessit. Ради Бога, не обижайтесь на моё высказывание о "средней температуре по больнице". Дело в том, что выборка по смешанной популяции отдельного региона хоть и интересна, но всё же непригодна для случая, когда необходимо сузить оперативно-розыскные мероприятия определённым этносом. В этом плане верно заметил уважаемый someone - выборки по сельским районам ( где худо-бедно, но всё же многими поколениями традиционно соблюдается этническая чистота) и выборки по городскому населению( где в последнее столетие ассимиляция - обычное явление) далеко не одинаково репрезентативны ( с точки зрения выделения аллелей, характерных для определённой этнической популяции). Да и использование их в практической работе имеет разные цели. Россияне в своих исследованиях ( по этническому критерию) не спроста остановились на отдалённых регионах Бурятии, Хакассии, Зауралья. В этом плане были бы интересны исследования по этническим поппуляциям, где, в силу религиозных запретов, столетиями табуированы или не приветствуются смешанные браки ( русские старообрядцы, цыгане, иудеи, калмыки, некоторые каказские и тюркские национальности и др.). Увы, таких исследований я не встречал.

Сообщение отредактировал Yurgen - 25.01.2012 - 22:53

[someone]

По старообрядцам и старожилам Сибири есть опубликованная выборка мтднк. Аутосом не встречал. Но подозреваю, что в коллекции Степанова из Томска есть. Может даже среди опубликованного его лабораторией есть, но просто не помню как он квалифицировал свою русскую выборку - как просто русскую или "старожильческую".

[Yurgen]

По старообрядцам и старожилам Сибири есть опубликованная выборка мтднк. Аутосом не встречал. Но подозреваю, что в коллекции Степанова из Томска есть. Может даже среди опубликованного его лабораторией есть, но просто не помню как он квалифицировал свою русскую выборку - как просто русскую или "старожильческую".

Спасибо, уважаемый someone. Удалось найти кое что из исследований Вадима Степанова: http://vigg.ru/database/chelovek/rusdnaid/ Очень полезная информация.

Сообщение отредактировал Yurgen - 25.01.2012 - 23:12

[Yurgen]

Уважаемые эксперты! Не прошло и года, как нашим экспертам удалось из остатков чудом сохранившегося сигаретного фильтра выделить ДНК-профиль разыскиваемого преступника ( ранее я опубликовал профиль по 9 STR- локусам, теперь имеем 16 ( в прилагаемом файле). Совпали все локусы, выделенные несколькими годами ранее, кроме локуса FGA, где отличается значение одного алеля ( выделено синим цветом).
Когда ранее я спрашивал у уважаемых экспертов этого форума о возможности определения этнической (популяционной) принадлежности разыскиваемого лица ( по профилю из 8 локусов), мне справедливо посоветовали постараться оперировать более полным профилем. Теперь такой ДНК-профиль имеется. Но вопросов, увы, не убавилось.
Первое, что бросилось в глаза, - наличие в локусах D3S1358, TH01,D13S317, D2S1338, TPOX, FGA значений алелей, не совсем характерных для восточно-славянской популяции ( они выделены красным цветом). Особенно - в локусах D13S317, D2S1338.
Подскажите, если это возможно, в каком направлении должен двигаться розыск преступника: в какой этнической популяции искать убийцу.

[Зубр]

Уважаемый, 'Yurgen'!

... Теперь такой ДНК-профиль имеется. Но вопросов, увы, не убавилось.
Первое, что бросилось в глаза, - наличие в локусах D3S1358, TH01,D13S317, D2S1338, TPOX, FGA значений алелей, не совсем характерных для восточно-славянской популяции ( они выделены красным цветом). Особенно - в локусах D13S317, D2S1338.
Подскажите, если это возможно, в каком направлении должен двигаться розыск преступника: в какой этнической популяции искать убийцу.

Во-первых, отрадно, что хотя и через почти год, но более полный (и точный) профиль ДНК с окурка получен. Во-вторых, если Вы полагаете, что этого профиля достаточно для поимки преступника, по типу: только забрось удочку - и рыба сама приплывёт и заглотит наживку, то тут Вас ждёт разочарование. Однако, в любом случае, получена очень важная информация. Можно (и нужно) забросить этот генотип в максимально возможное количество криминалистических баз данных. Возможно повезёт наткнуться на человека или следы с тем же профилем. Можно попытаться приблизиться к пониманию расовой принадлежности, начав хотя бы с небезызвестного Вам PopAffiliator. Но это очень приблизительно и далеко не с той вероятностью, с которой можно что-то определённо утверждать, а значит и вести следствие в правильном направлении.
 PopAffiliator_2.doc ( 150.5 килобайт ) Кол-во скачиваний:  485

Кое-что дало бы изучение маркеров Y - хромосомы.
Всех благ.

[Yurgen]

Уважаемый,'Зубр'!

...если Вы полагаете, что этого профиля достаточно для поимки преступника, по типу: только забрось удочку - и рыба сама приплывёт и заглотит наживку, то тут Вас ждёт разочарование.

Конечно же, мы не находимся в плену иллюзий. Прекрасно отдаём себе отчёт, что преступник - городской житель, а городские выборки ДНК-профилей, в части, касающейся определения этнической популяции, по определению, не могут быть репрезентативны. Розыск ведём и по другим косвенным критериям.

Можно попытаться приблизиться к пониманию расовой принадлежности, начав хотя бы с небезызвестного Вам PopAffiliator. Но это очень приблизительно и далеко не с той вероятностью, с которой можно что-то определённо утверждать, а значит и вести следствие в правильном направлении.

Первое, что я сделал - "забросил" этот профиль на PopAffiliator Луизы Перейры. Однако как интерпретировать полученные результаты до сих пор не знаю.
Population Group/Probability
Eurasia 54.4%
Sub-Saharan Africa 44.1%
Asia 1.4%

В частности, что означает Sub-Saharan Africa -44.1%?
Зная о том, что Луиза Перейра, придерживается теории народорасселения из Африканского континента, существует вполне обоснованное понимание того, что PopAffiliator мог быть"заточен" именно под эту гипотезу. Хотя, в своих выводах я могу ошибаться.

Однако, в любом случае, получена очень важная информация. Можно (и нужно) забросить этот генотип в максимально возможное количество криминалистических баз данных. Возможно повезёт наткнуться на человека или следы с тем же профилем.

Это мы обязательно сделаем, хотя подобного опыта ещё не имеем. Представитель Интерпола, с которым мы связывались пару лет тому назад, сказал, что такая воозможность у них есть, но в то время у нас был только неполный ДНК-профиль. Поэтому, с его стороны было высказано сомнение в том, что наш запрос может быть рассмотрен положительно. Теперь ситуация изменилась. Будем пробовать снова.

В любом случае, уважаемый "Зубр", я премного благодарен Вам за дельные практичесие советы, данные сейчас и ранее. А если Вы, или другие уважаемые эксперты, подскажут как можно интерпретировать указанные результаты PopAffiliator, буду благодарен втройне.
С уважением, Yurgen