[Ludens]

Отдельный пакет за отдельный расчет?

И что особо замечательно - это так своевременно!

Вы совершенно правы: своевременным было бы появление библиотек до начала продаж новых соединений. Причем я не издеваюсь, ведь важность агентурной работы в среде супостата трудно переоценить.
Кстати, вы не обращали внимание на то, что работами по идентификации (и всем, что с этим связано) занимаются именно энтузиасты, а не госструктуры? Когда-то для меня эта ситуация оказалась нешуточным откровением.
И следствие. Как правило, помянутые энтузиасты менее всего желают иметь дело документооборотом, контактами с Очень Важными Людьми и Большими Круглыми Печатями. В лучшем случае, они выкладывают результаты. Или продают... впрочем, это не очень хорошо. Но увы.

[Ludens]

вопрос конечно "не в тему" но всё же. Почему данный коллектив авторов все время норовит выставить какие-то экзотические условия хроматографирования типа подъем температуры 99 гр\мин.ни у кого такого больше не встречал.

Это просто. Когда-то (в седую старину) сей градиент оказался наиболее подходящим. А впоследствии (работая в условиях RTL) менять его стало бы весьма затруднительным. Далее в этом же градиенте измерялись и индексы - из соображений стандартизации.
В самом деле: ведь вы не сидите с секундомером над кнопками? Грузите метод и забудьте о сложности.

и второе: ну зачем привязыватьс к этой RTL, ну есть же индексы, в конце концов линейно-логарифмические индексы, зачем обязательно надо чтобы у всей страны дифениламин выходил на 9 минуте (или где там), не проще и надежнее откалибровать всю шкалу времени по н-алканам. в той же MPW индексы удерживания приведены насколько я помню. не плохое было бы подспорье.

Это тоже просто.
1. RTL удобна исключительно по соображениям простоты осуществления и особенностей человеческого восприятия. Хроматограмма регистрируется во времени, а не в шкале единиц индексов. И запомнить (примерно!) время удерживания куда проще, чем визуально сопоставить это время с индексом - даже если софт будет считать индекс в процессе регистрации хроматограммы. Тем более, что последнее возможно только после оформления калибровочного файла.
Реперное вещество может быть любым из тех, которые уже имеются в библиотеке RTL. А дифениламин доступен и химически стабилен.
Требовать же от персонала лабораторий, который - в подавляющем большинстве - не желает (или не способен) разбираться в тонкостях хроматографии заниматься поиском алканов, составлением пригодных смесей, периодическими вколами и обработками результатов полагаю неосуществимым. Кстати, корректировать алкановую калибровку желательно хотя бы дважды в месяц. Поскольку абсолютные времена удерживания заметно дрейфуют - снижаются.
И все это хорошо поняли в Agilent. И написали скрипт для автоматического определения входного давления. Вмешательство оператора минимально и не требует квалификации.
2. Индексы необходимы при структурном анализе, поскольку имеют физический смысл. Плюс обширнейшие наработки за время существования ГХ. Кстати, я пользуюсь исключительно ими.

Вывод: дело вкуса...

да, ладно, в общем дело ясное, что дело темное....

Надеюсь, мне удалось зажечь хотя бы маленькую свечку.

[Ludens]

в то время как индексы удерживания дают воспроизводимость на международном уровне!
в общем похоже причин мне все равно не понять...

Воспроизводимость (как термин аналитической методики) определяется состоянием оборудования, особенностями методики и характером аналитов. А сравнивать воспроизводимость для разных величин некорректно.
Если вы имели в виду "воспроизводимость" в смысле "общепринятый характер", то это тоже не совсем верно. Индексы зависят от вида реальной фазы (технологии изготовления для "аналогичных" фаз) и температуры элюирования. Индекс не стандартизирован; с некоторой натяжкой стандартом можно было бы считать измерения на условно-неполярных фазах (100% диметилполисилоксан, вроде HP-1 и.т.п.) при плавных градиентах. Только такие колонки, пишут, хуже 5% фенилдиметил (HP-5)...

[Ludens]

Так, да не совсем... Если вы загружаете хроматограмму из другой лаборатории без файла калибровки индексов (*.cal) - вы не сможете пользоваться ни индексами, ни временами. Таким образом ГХМС превращается в МС онли. Мы лишаем себя дополнительного и очень важного измерения для идентификации.

Это решаемо. Ищем гарантированно знакомые соединения в режиме Simple (зависит от пробоподготовки) и составляем из их удерживания cal-файл. Повторяем в режиме Use RI. Естественно, получится приблизительно (чем ближе температуры элюирования - тем лучше), но для опознания вполне приемлемо.

[alexlp]

В лучшем случае, они выкладывают результаты. Или продают... впрочем, это не очень хорошо. Но увы.

Уважаемый Коллега!

Проект pub_cann, послуживший основой sudmed, переформатировался в cann_metab? Возвращение не планируется?

[Ludens]

Добрый день,

С одной стороны - прекрасно понимаю желание использовать подход с RTL. Безусловно, это удобно... Для тех, у кого стоит Аджилент. А если стоят уже Аджилент, Термо, Шимадзу? Другим коллегам уже становится грустно... Поправьте меня, ведь RTL - это Аджилентовская примочка, так? Т.е. единства в этом вопросе уже не может не быть, согласны? Я понимаю, что у большинства стоят Аджиленты как раз, ибо они закупались массово... Сейчас же массово начали закупать и Термо, и Шимадзу... Поэтому привязка к возможностям какого-то единственного софта для всех рано или поздно может завести в тупик... Исключение - использование софта для идентификации, тут уж у каждого свои "плюшки", будь то Mass Frontier от Термо или другие варианты от Аджилента, Сайкса, Брукера... Поэтому, конечно, желательно, чтобы была возможность внутри одной лаборатории сравнивать результаты, полученные с разных приборов, а также сравнивать результаты разных лабораторий. АМДИС, слава Богу, позволяет открывать практически все файлы с разных ГХ-МС, что, к сожалению, невозможно в LC-MS/MS.

Так может все-таки вносить индексы удерживания тоже? Ведь коррекция может быть довольно простой, тем более, что ранее уважаемый коллега KSS17 подсказал одну очень хорошую вещь - сделать смыв с капсулаторки и вуаля, ряд н-алканов есть. Это лучше, чем свечку растворять, поскольку получится чище и не надо голову ловать, где изо-алкан, а где - н-алкан.

Прошу воспринимать не как критику, а как просто рассуждение вслух...

Примочка - не Agilent. Это всего лишь следствие работы в режиме постоянного давления, появившееся, наверное, сразу после изготовления первого хроматографа. А практическое значение получила только после того, как научились делать воспроизводимые капиллярные колонки.
И в таковом качестве пригодно для любого хроматографа, включая Кристалл. Разница лишь в том, что у Agilent давление подбирается автоматически, а у остальных придется вручную: получаем 5 пар значений давление-удерживание, аппроксимируем биномом и считаем требуемое давление. И обрабатываем в AMDIS: вместо индексов - время удерживания (в сек), а в cal-файле 2 пары значений: время в мин - время в сек (для линейного пересчета).

[Ludens]

Абсолютно согласен, эти параметры должны дополнять друг друга. Если есть возможность пользоваться и тем, и другим - надо пользоваться. Только внесу одну корректировку - с давлениями бывает проблема из-за разных колонок, но здесь указано, какие колонки.
Просто кто-то любит 30 м, кто-то 50 м, а кому-то 15 м нравится... И тогда полностью перенести не получается, увы, потому что та же 15 м колонка даст 67 кПа при потоке через колонку около 1,2 мл/мин. И ладно бы, если бы все упиралось в потерю чувствительности из-за ухудшения вакуума (для ряда задач, типа скрининга нативных компонентов, где массы лошадиные, это не имеет решающего значения), но ведь есть ограничение и приборные... Мало кто поддерживает потоки более 2 мл/мин...

С другой стороны - нефиг выпендриваться и брать колонки 7-15 м. Хотя и тут не все однозначно... Короткие колонки с тонкой пленкой имеют свои преимущества. Хотя наиболее универсальной, конечно, будет именно 30 м...

Строго говоря, RTL ориентировано исключительно на конкретную колонку. В пределах одной фазы данное требование можно обходить, вводя корректирующие параметры. Но это неизбежно снижает воспроизводимость.

[Deminolog]

Доброй ночи.
Только что увидел новые сообщения, поэтому разрешите вступить в дискуссию
RTL, как опция ПО - все-таки примочка Аджилента, у конкурентов в лице тех же Шимадзу и Термо не наблюдал её. Ну да суть не в том, правда?
Да, всегда можно пересчитать потоки на другую колонку, но делать это смысла не вижу. Ибо если я взял колонку с другой толщиной пленки НЖФ и другой длинной - мне проще прогнать алканы пару раз и не особо сильно грузить других операторов, просто оптимизировав условия сбалансировав линейную скорость и общий поток. Благо, у любого специалиста, делавшего это хотя бы пару раз в жизни, много времени на это не уйдет.

В любом случае у меня есть референсный компонент, который, строго говоря, всегда было бы хорошо вводить в пробу, чтобы отслеживать стабильность системы (эдакий ISTD, но это практически нереально). Если нет - каждые 10 вколов обязательно стоит какой-нибудь стандартный образец для отслеживания изменений чувствительности и стабильности системы. Этим пренебрегать не стоит никому. Согласны?

Насчет индексов - не знаю, работал на колонках SGE, Agilent, Thermo, Supelco... В ближайшее время хочу откатать еще Zebron для полноты картины и заказать Restek уже себе, а не в другую лабу. Причем разной длины (15 и 30 м) и разную толщину пленки. А в целом, на тех колонках, которые брал, индексы чувствовали себя прекрасно. Несколько больше была погрешность на 15 м колонках, в первую очередь это обуславливается моей небрежностью, не захотел чуток поправить градиент и потоки... В остальных случаях не наблюдал значимых отличий по индексам. Если у Вас подобный опыт был - поделитесь, пожалуйста, приму на вооружение, постараюсь не допускать ошибок.
Существенные отличия могут быть только в случае другой фазы, но это итак понятно...
Да, у каждого производителя качество и поведение колонок немного отличается, но не настолько критично, чтобы говорить об отсутствии воспроизводимости индексов удерживания. Больше всего колонки отличаются по всем известному Column Bleed. И в этом плане мне симпатичны колонки SGE, Restek и Zebron. У них уноса меньше. Термо - только серия TG еще куда ни шло, но все остальное не впечатлило вообще... Аджилент - ну про НР-1 и НР-5 все итак все знают, самые популярные колонки.

P.S. Простите за сумбур, если что - готов хоть завтра с утра, на свежую голову продолжить разговор хоть здесь, хоть через электронку))) Живое общение, конечно, всегда лучше, но тут, боюсь, географический фактор сыграет свою роль)

[Ludens]

...
Индекс хорош тем, что он - инвариант на данном типе НЖФ.
...
Относительно недавно мне в руки попал автореферат уважаемой коллеги Мельник, которая, как раз, изучала вопрос взаимосвязи индексов на разных типах НЖФ. Надо будет перечитать этот момент еще раз... Хотя, в общем случае, я вижу ряд серьезных проблем для реализации этого подхода, обусловленный, в первую очередь, природой аналита

В нем нет особых проблем, поскольку рассмотренные зависимости - исключительно корреляционные. В данной части исследования нас интересовало только то, удерживание какой части тематических соединений может быть рассчитано при смене фаз и температур. Имея солидные массивы величин удерживания, было бы грех этого не сделать.
Этот интерес обусловлен двумя факторами.
1. Практическим (частично рассмотрен в реферате, более полно - в публикациях ЖАХ). В какую сторону и - примерно - насколько изменятся индексы при смене температуры и условной полярности фазы? Так, индексы, получаемые в наших условиях, всегда больше, нежели те, которые приведены в базах TOX (MPW). А если так, то насколько корректно ориентироваться на индексы этих баз и каковы должны быть поправки.
2. Познавательным (не рассмотрен в реферате). Чем обусловлена температурные и фазовые зависимости индексов? Взгляните на иллюстрацию - на рисунке приведены классические индексы (Ковача, в изократических условиях), полученные для полиядерной ароматики. Для пирена, к примеру, при изменении температуры на 60 град. индекс меняется на 100 ед. - на целый метилен!

[hot_assay]

Буду благодарен за ссылки на полный текст указанных публикаций!

[Ludens]

В любом случае у меня есть референсный компонент, который, строго говоря, всегда было бы хорошо вводить в пробу, чтобы отслеживать стабильность системы (эдакий ISTD, но это практически нереально). Если нет - каждые 10 вколов обязательно стоит какой-нибудь стандартный образец для отслеживания изменений чувствительности и стабильности системы. Этим пренебрегать не стоит никому. Согласны?

Не совсем. В качестве контролей удерживания удобны матричные соединения - которые не надо добавлять и на которые не надо тратить время посредством отдельных вколов. Хотя бы те же фталаты. Контроль on-line.

Насчет индексов - не знаю, работал на колонках SGE, Agilent, Thermo, Supelco... В ближайшее время хочу откатать еще Zebron для полноты картины и заказать Restek уже себе, а не в другую лабу. Причем разной длины (15 и 30 м) и разную толщину пленки. А в целом, на тех колонках, которые брал, индексы чувствовали себя прекрасно. Несколько больше была погрешность на 15 м колонках, в первую очередь это обуславливается моей небрежностью, не захотел чуток поправить градиент и потоки... В остальных случаях не наблюдал значимых отличий по индексам. Если у Вас подобный опыт был - поделитесь, пожалуйста, приму на вооружение, постараюсь не допускать ошибок.
Существенные отличия могут быть только в случае другой фазы, но это итак понятно...

К сожалению, мы почти не занимались сравнением "аналогичных" фаз, для этого надо было бы иначе планировать измерения. Но какие-то данные привести могу (это тоже классические индексы, для модельных соединений)
 Columns_indices.pdf ( 28.52 килобайт ) Кол-во скачиваний:  327

Изменения малы и для практики несущественны, но заметны. Предполагаю более значительные отличия для соединений с меньшим вкладом цепочной алифатики. Кстати, стоит отметить мудрость создателей базы MPW2011: приведенные ими индексы кратны полудесятку.
А вот еще картинка. Это отношение энтальпий удерживания н-алканов разной длины на трех "аналогичных" фазах (величина, которую можно рассчитать сколько-то точно).

Оно заметно разное и, следовательно, фазы ведут себя различно. Эти отличия можно сравнить с теми же данными - но для существенно разных фаз:

А здесь те же отношения энтальпий почти одинаковы для фаз, чрезвычайно отличающихся по селективности, но имеющих (весьма вероятно) одну химическую природу - HP-5ms и DB-17ms (аналогичных 5% и 50% фенил-метилсилоксан, соответственно).
Фазы - вещь в себе.
Да, и что важно: химия обычных и "ms" фаз, как правило, различна...

[Deminolog]

Насчет разности фаз МС и обычных - да, конечно, там и сшивка же отличается, поэтому тут отличия вполне логичны.
Насчет on-line контроля - если пик - матричный, то по нему можно отследить только стабильность хроматографической системы. Если же мы говорим и о количественном анализе, то необходимо принять во внимание и интенсивность пика. В случае матричных пиков это уже почти нереально, согласны? Тут уже придется вводить ISTD, как ни крути.

Приложенные данные посмотрю и, если Вы не против, продолжим конструктивный диалог :-)

[Ludens]

Насчет on-line контроля - если пик - матричный, то по нему можно отследить только стабильность хроматографической системы. Если же мы говорим и о количественном анализе, то необходимо принять во внимание и интенсивность пика. В случае матричных пиков это уже почти нереально, согласны? Тут уже придется вводить ISTD, как ни крути.

Конечно. Просто я полагал, что мы говорим об удерживании. Однако, тогда имеет смысл только введение ISTD в каждую пробу.

[kashtan_ka]

Доброго времени суток!

На сайте ННЦ наркологии
Сайт ННЦ наркологии
выложено новое информационное письмо (в первой редакции):
Идентификация синт.каннабимиметиков, НС, ПВ и их метаболитов методом ВЭЖХ-МС

В письме приведена методика подтверждающего ХТИ на наличие наркотических и психотропных веществ в моче, ногтях и волосах методом ВЭЖХ-МС. Приведены методика пробоподготовки, описание хроматографических условий, материально-техническое обеспечение методики. В приложениях даны спектры продукт-ионов MS-QQQ каннабимиметиков, их метаболитов и
сопутствующих веществ, а также перечень веществ, записанных в библиотеку toxtyper.

Ссылка на инф.письмо выложена по просьбе автора - ст.н.с. ННЦ наркологии, д.х.н. С.А. Савчука.

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

На сайте ННЦ Наркологии обновлены информационные письма об обнаружению синтетических каннабимиметиков, наркотических, психоактивных веществ и их метаболитов в моче, сыворотке крови, волосах и ногтях до версии 1.1:

• .Информационное письмо Идентификация наркотических и психоактивных веществ в биологических жидкостях и волосах методом газовой хроматографии с масс-селективным детектированием, версия 1.1
  
• .Информационное письмо Обнаружение метаболитов синтетических каннабимиметиков в моче, волосах и сыворотке крови методом газовой хроматографии с масс-селективным детектированием, версия 1.1
  
• .Информационное письмо Обнаружение синтетических каннабимиметиков, наркотических, психоактивных веществ и их метаболитов в моче, волосах и ногтях методами жидкостной хроматографии с масс-спектрометрическим детектированием, версия 1.1

В новые версии писем включен пакет библиотек масс-спектров SUDMED_NNCN_20141108:

1. Cводная библиотека масс-спектров SUDMED_1465;
2. SUDMED_LC-MS-MS.CDB;
3. PUB_SAV50_SUDMED_464_AMDISLIB_20141027;
4. PUB_SAV_TMSR4_SUDMED_156_AMDISLIB_20141027;
5. PUB_PB_FUB_CHM_ALL_V8_SUDMED_114_AMDISLIB_20141027;

адрес постоянного размещения пакета и его подробное описание на http://www.sudmed.ru/index.php?showtopic=6924&st=400

Сообщение отредактировал alexlp - 13.11.2014 - 15:49