[prostochock]

Здравствуйте!
При определении родства братьев и сестер возможны случаи, когда общих аллелей в исследованных локусах может и не быть. Имеется ли смысл проводить типирование по Y хромосоме (в случае братьев) для установления родства по мужской линии? Если да, то каким образом проводить стат. обработку? Если типирование по Y хромосоме дает факт, что они принадлежат к различным линиям, то имеет ли смысл использовать для дальнейшего исследования наборы по X хромосоме (опять же таки беру в расчет только братьев)? Ничего не спрашиваю про митохондриальную ДНК, т.к с этой техникой на практике не знаком.

[genosys]

При определении родства братьев и сестер возможны случаи, когда общих аллелей в исследованных локусах может и не быть.

Может не быть в двух случаях: либо они не родные, либо маркеров мало проанализировано. Для сиблингов есть специальные наборы, там ок. 40 маркеров используется, берите их и будет Вам щастье.

[prostochock]

В отдельных локусах может и не быть у братьев/сестер общей аллели (кстати мужской или женский род для меня до сих пор загадка), т.к. Прямого наследования между ними нет.

[prostochock]

Вот сейчас случай, что по 28 аутосомным локусам получились братья. Однако, в наборе Globalfiler, на наше счастье имеется дополнительный локус с Y хромосомы, по которому они разошлись. Тут то мы и решили проверить их по мужской линии. Они разошлись. Теперь ломаю голову, толи у них мать одна, толи вообще не родственники. Как считать вообще разобраться теперь не могу, т.к все алгоритмы, известные мне построены на гипотезе априорной гипотетической родительской пары.

[genosys]

В отдельных локусах может и не быть у братьев/сестер общей аллели (кстати мужской или женский род для меня до сих пор загадка), т.к. Прямого наследования между ними нет.

В отдельных может и не быть. Или может быть случайно у неродных. Прямого наследования действительно нет. И непрямого тоже. Вообще никакого нет по-определению, т.к. они на одном уровне иерархии в семейном древе.
Это всё замечательные утверждения, но если хотите получит результат - просто берите бОльше маркеров. Задача не весть какой сложности, все велосипеды уже изобретены - пользуйтесь!

[prostochock]

Так вот по 28 локусам оказалось достаточно (категоричный вывод), чтобы сделать ложноположительный вывод...по 40-60 локусам вероятность будет еще больше, следовательно вероятность ложноположительного решения выше.

[genosys]

Вот сейчас случай, что по 28 аутосомным локусам получились братья. Однако, в наборе Globalfiler, на наше счастье имеется дополнительный локус с Y хромосомы, по которому они разошлись. Тут то мы и решили проверить их по мужской линии. Они разошлись. Теперь ломаю голову, толи у них мать одна, толи вообще не родственники. Как считать вообще разобраться теперь не могу, т.к все алгоритмы, известные мне построены на гипотезе априорной гипотетической родительской пары.

Ну сразу бы и начинали с конкретики. Пока вам считать ничего и не надо, надо разобраться с родством по матери. Отцы очевидно разные, если Вы достаточно Y-STR'ов проанализировали и не из быстро мутирующих. Собс-но, совет тот же - больше маркеров! Желательно X-STR, вроде есть готовые наборы на 20 локусов.

Так вот по 28 локусам оказалось достаточно (категоричный вывод), чтобы сделать ложноположительный вывод...по 40-60 локусам вероятность будет еще больше, следовательно вероятность ложноположительного решения выше.

В этом случае никаких категоричных выводов быть не может, они всегда вероятностные. И с сиблингами степень определенности обычно меньше, чем с детьми-родителями.

[prostochock]

Ну сразу бы и начинали с конкретики. Пока вам считать ничего и не надо, надо разобраться с родством по матери. Отцы очевидно разные, если Вы достаточно Y-STR'ов проанализировали и не из быстро мутирующих. Собс-но, совет тот же - больше маркеров! Желательно X-STR, вроде есть готовые наборы на 20 локусов.
В этом случае никаких категоричных выводов быть не может, они всегда вероятностные. И с сиблингами степень определенности обычно меньше, чем с детьми-родителями.

Категорично, да, это я не корректно выразился, приношу извинения.
Поставили набор на 16 Y-локусов. Как считать полученные данные совершенно не представляю, т.к. Весь принцип общета строится на факте неспеленого наследования. Тут как Вы понимаете этот исключается. Первый раз столкнулся с подобной ситуацией и как правильно поступить совершенно не представляю

[genosys]

Поставили набор на 16 Y-локусов.

PowerPlex Y? Должно быть достаточно, чтобы сделать вывод о разных отцах, черт с ним со сцепленным наследованием Собс-но, в случае Y-STRов несколько локусов нужно, чтобы случайные мутации исключить. Но если интересно, то вот здесь можно о расчетах почитать: http://www.nfstc.org/pdi/Subject09/pdi_s09_m01_02_d.htm

Первый раз столкнулся с подобной ситуацией и как правильно поступить совершенно не представляю

А надо просто правильные вопросы ставить По сиблингам не делается вероятностный расчет, как в случае отцовства, вместо этого определяется отношение правдоподобия (likelyhood ratio, LR) для конкретного вопроса, напр. "являются ли тестируемые родными братьями?" или "являются ли они братьями только по одному родителю (какому конкретно?)". Для каждого вопроса рассчитывается вероятность за ответ "да" и ответ "нет", исходя из вероятности совпадения аллелей в случае определенной формы родства и частоты аллелей в популяции (плюс иногда еще частоты мутирования), и вычисляется LR. Никаких строгих критериев для принятия LR как убедительного доказательства в общем-то нет, но это забота уже не Ваша, а судьи.


В Вашем конкретном случае, скорее всего тестируемые являются братьями по матери, но не по отцу. Общего отца Вы практически исключили, а насчет общей матери можно либо продолжать копать, используя либо X-STRы, либо все-же мтДНК, ну либо просто рассчитать LR для проанализированных 28 локусов. В принципе, я посмотрел данные, для полу-сиблингов увеличение кол-ва локусов с 20 до 40 не дают такого сильного повышения LR как для полных сиблингов, т.е. может и нет большого смысла кол-во локусов (аутосомных) увеличивать.

Сообщение отредактировал genosys - 17.07.2014 - 13:27

[prostochock]

PowerPlex Y? Должно быть достаточно, чтобы сделать вывод о разных отцах, черт с ним со сцепленным наследованием Собс-но, в случае Y-STRов несколько локусов нужно, чтобы случайные мутации исключить. Но если интересно, то вот здесь можно о расчетах почитать: http://www.nfstc.org/pdi/Subject09/pdi_s09_m01_02_d.htm
А надо просто правильные вопросы ставить По сиблингам не делается вероятностный расчет, как в случае отцовства, вместо этого определяется отношение правдоподобия (likelyhood ratio, LR) для конкретного вопроса, напр. "являются ли тестируемые родными братьями?" или "являются ли они братьями только по одному родителю (какому конкретно?)". Для каждого вопроса рассчитывается вероятность за ответ "да" и ответ "нет", исходя из вероятности совпадения аллелей в случае определенной формы родства и частоты аллелей в популяции (плюс иногда еще частоты мутирования), и вычисляется LR. Никаких строгих критериев для принятия LR как убедительного доказательства в общем-то нет, но это забота уже не Ваша, а судьи.
В Вашем конкретном случае, скорее всего тестируемые являются братьями по матери, но не по отцу. Общего отца Вы практически исключили, а насчет общей матери можно либо продолжать копать, используя либо X-STRы, либо все-же мтДНК, ну либо просто рассчитать LR для проанализированных 28 локусов. В принципе, я посмотрел данные, для полу-сиблингов увеличение кол-ва локусов с 20 до 40 не дают такого сильного повышения LR как для полных сиблингов, т.е. может и нет большого смысла кол-во локусов увеличивать.

Огромное спасибо. Если возникнут вопросы по ходу дальнейшего исследования, можно будет к Вам обратиться за советом?

[genosys]

Огромное спасибо. Если возникнут вопросы по ходу дальнейшего исследования, можно будет к Вам обратиться за советом?

Да всегда пожалуйста, для чего иначе этот форум? Только учтите, что я с конкретными российскими требованиями слабо знаком, благо тут российские эксперты есть. Уверен, что помогут и меня поправят, если вдруг наврал

[someone]

Если по однородительскому локусу (У или мтднк) профили совпадают, то считают по частоте этого профиля в базе, задавая порог (обычно 95%) и получая границы по формуле Уилсона (отдельно для случая когда в базе имеются совпадения и когда их нет). Потом вероятность ошибки (=верхний порог частоты) умножите на ошибку по аутосомному тесту (немного увеличенную т.к. вопрос будет теперь про общего отца и только) - и будет вам счастье )) А можно как предлагает genosys посчитать LR, предполагая что было 2 эксперимента и надо выяснить апостериорное LR после обоих.

Если не совпадут по У (более 1 расхождения на У-файлере) тогда по хорошему счету нужно делать митохондриалку и рассчитывать вероятность ошибки по ней. Если она окажется малой (профиль редкий) тогда вкупе с результатом на 28 локусах вы считай выполнили на 100% работу и обосновали что они полусибы.

Сообщение отредактировал someone - 18.07.2014 - 18:31

[someone]

PS. Вот здесь найдете формулу для верхней границы частоты, подставив c=1.96. Она же работает и когда вы не нашли профиля в базе, то есть p=0. Во всех дальнейших расчетах следует иметь в виду именно верхнюю границу, тогда получите как наибольшую вероятность ошибки так и самое осторожное LR, комар носу не подточит.

вот здесь можно о расчетах почитать: http://www.nfstc.org/pdi/Subject09/pdi_s09_m01_02_d.htm

а, даже проще чем моя ссылка, без лишних букв, лайк

[genosys]

А можно как предлагает genosys посчитать LR, предполагая что было 2 эксперимента и надо выяснить апостериорное LR после обоих.

Просто поясню, не то, чтобы я лично это предлагал. Просто у буржуев LR более распространенный подход для подобных случаев. Да и вообще для многих других. Мне самому не всегда понятно почему, но вот так сложилось, статистики почему-то предпочитают LR, а не вероятности.

[someone]

так у буржуев есть даже книжки по байесовскому правосудию