[genetics]

Господа, помогите, пожалуйста, разобраться.

1. Все эксперты-генетики, наверняка, сталкивались хоть раз с явлением преимущественной амплификации. Не понятен вот какой момент: невыявление Y-фрагмента (амелогениновый ген) при типировании смешанного следа, в который по аллелям аутосомных локусов укладывается барышня-потерпевшая (она естественно в мажорном компоненте) и обвиняемый (при этом типированием STR-локусов ДНК Y-хромосомы выявлен гаплотип, соответствующий гаплотипу обвиняемого) может быть объяснено эффектом преимущественной амплификации "женского" (в данном случае) компонента смеси? С аутосомными аллелями понятно - да, имеет место. А вот с амелогенином что...

2. По терминологии подсобите еще. То, что в мануале к наборам для амплификации (ну, скажем, в том же мануале к "NGMSelect") обзывается "stochastic fluctuations" на русский язык правильнее называть стохастическим эффектом или все же стохастическими колебаниями? Ибо если стохастический эффект (который у меня ассоциируется исключительно с радиобиологией), то почему тогда не "stochastic effect" пишут в инструкции...

Заранее спасибо за ответ

[доктор морфолог]

Стохастическа флуктуация-вероятностные стохастиче ские хаотические явления.

[Sandro]

а вы каким набором ставили амплификацию?

[доктор морфолог]

а вы каким набором ставили амплификацию?

Ув.Sandro! Я гистолог, ответил на последний Ваш вопрос в терминологии в переводе. Надеюсь ув.генетики коллеги Ваши ответят на Ваши профессиональные вопросы. С ув.

Сообщение отредактировал доктор морфолог - 23.09.2015 - 17:04

[genosys]

1. Преимущественная амплификация практически не является проблемой в современных протоколах. То, что Вы с амелогенином наблюдаете, скорее может объясняться деградацией мужской ДНК, нежели разницей между м. и ж. последовательностями локуса.
2. Да что совой об пень, что пнем о сову, суть-то одна, как ни назови. Явления (и соотв. термины) относятся к редким событиям, к амплификации сильно разбавленной ДНК и к соударению частицы и мишени. "Стохастические колебания" - просто дословный перевод английского термина.

Сообщение отредактировал genosys - 23.09.2015 - 17:30

[genetics]

а вы каким набором ставили амплификацию?

NGMSelect

[genetics]

1. Преимущественная амплификация практически не является проблемой в современных протоколах. То, что Вы с амелогенином наблюдаете, скорее может объясняться деградацией мужской ДНК, нежели разницей между м. и ж. последовательностями локуса.

Тогда, например, возьмем ситуацию - тампон с содержимым влагалища, где куча влагалищного эпителия и немного (по сравнению с количеством эпителия) сперматозоидов (ну, утрированно). Если мы не проводим диф.лизис (понятно, что по методике проводим, это здесь в качестве ситуации), напрямую выделяем ДНК, Real-Time нам "пишет" соотношение мужской ДНК к женской, положим, 1:100, то при типировании локусов ведь будет как раз-таки преимущественная амплификация "женского" компонента. И ни в жизнь там Y не подпишется и не один аллель "мужского" компонента не выявится. При этом "мужской" компонент есть (допустим, концентрация позволяет поставить Yfiler и выявить гаплотип). Тут-то тогда как? Преимущественная амплификация (ибо деградация исключается)? Я запуталась... Дайте что-нибудь почитать. Не могу найти.... Просто как в формулировке тогда быть...

[genosys]

Дайте что-нибудь почитать. Не могу найти.... Просто как в формулировке тогда быть...

Википедию почитайте!
В STRах повторы, множественные копии (5-50); амелогенин -- единичный ген. При частичной деградации, STR амплицируется, а AMG уже нет. Да даже не обязательно при деградации, содержание мужской ДНК может просто слишком низким, чтобы выцепить AMG.
В любом случае, речь идет не о премущественной ампилфикации, а о дисбалансе м. и ж. ДНК в смеси.

Сообщение отредактировал genosys - 23.09.2015 - 22:33

[Sandro]

NGMSelect

если есть возможность - попробуйте прогнать на global filer[u] - у нас была такая ситуация.
можно увидеть наличие признаков Yхромосомы.

[genetics]

Википедию почитайте!
В STRах повторы, множественные копии (5-50); амелогенин -- единичный ген. При частичной деградации, STR амплицируется, а AMG уже нет. Да даже не обязательно при деградации, содержание мужской ДНК может просто слишком низким, чтобы выцепить AMG.
В любом случае, речь идет не о премущественной ампилфикации, а о дисбалансе м. и ж. ДНК в смеси.

Спасибо!

если есть возможность - попробуйте прогнать на global filer[u] - у нас была такая ситуация.
можно увидеть наличие признаков Yхромосомы.

Глобал - это, конечно, вещщь. Ставим, действительно, только в самых спорных случаях ибо драгоценен для нашей лаборатории.
Ситуация была решена еще до первого поста, просто хотелось понять до конца процесс и почему так получается.

[Sandro]

Спасибо!
Глобал - это, конечно, вещщь. Ставим, действительно, только в самых спорных случаях ибо драгоценен для нашей лаборатории.
Ситуация была решена еще до первого поста, просто хотелось понять до конца процесс и почему так получается.

скорее всего чувствительность набора низкая - у global намного выше.
например у меня была экспертиза - на орудии убийства было очень много крови и эпителия от потерпевшей.
однако в локусах амелогенина global были очень низкие пики.
после постановки на Yfiler - получили чистый профиль, совпавший с подозреваемым