[Genetik]

Уважаемый 'cadaver'. Сказать о гемофилии, что её молекулярно-генетический механизм известен, значит быть в этой проблеме глубоко не разбирающимся. Не хочу никого обидеть, но проблем на пути познания молгенетики этого заболевания предостаточно. Даже тестирование заболеваний свёртываемости крови со свежим материалом проходит непросто. Но я то говорил не вообще о механизмах, а о том, какой тип гемофилии был у цесаревича. В те времена его нельзя было протестировать, иначе зачем был бы пригрет при дворе Распутин .
В остальном - абсолютно не понятно зачем доказывать архисложным способом то, что может быть сделано путём успешно зарекомендовавших себя методов судебно-генетической идентификации.
Полностью согласен с коллегой 'someone'.
Всего наилучшего.

Уважаемые Зубр, несмотря на то, что я абсолютно солидарен с тезисом: «В те времена (имеется в виду, когда жил царевич) его (механизм гемофилии) нельзя было протестировать», позвольте с Вами не согласиться насчет Вашего ответа Cadaverу. Ведь он в какой-то степени прав: форма гемофилии, которой болел царевич Алексей, известна – это гемофилия формы А (вообще-то об этом пишут в учебниках по генетике). И вся эта бодяга с гемофилией тянется от королевы Англии Виктории, которая успешно наградила ею своего сына (принца Леопольда). Две же дочурки ее (принцессы Алиса и Беатриса) были носительницами этого заболевания. Виктория передала болезнь (разумеется, через свое потомство) многим царственным домам Европы. В Россию эта болячка попала через внучку Виктории Алиску, которая и родила Алексея от Николашки. Учитывая, что от этой болезни страдали в основном мужики (женщины были только носительницами этой дряни), т.е. передавалась она по женской линии, то не нужно быть генетиком, чтобы сообразить, что здесь какие-то нелады с X-хромосомой. Теперь разберемся с механизмом гемофилии цесаревича. Как я уже говорил – это форма А, т.е. имеет место наследственный дефект фактора VIII, являющимся важнейшим звеном в системе свертывания крови. Другое дело, что комплекс VIII имеет афигительные размеры (около 1 млн. атомных единиц, или дальтон). Главный компонент VIIIC кодируется геном F8C, который содержит аж 26 экзонов, общей длиной чуть более 9-ти килобаз (так что по кДНК секвенируются как здрасьте). Мутации внутри этих экзонов, как правило, известны (только 10% из них представлены делециями). Однако, в гене F8C характерно отсутствие «горячих точек», т.е. семью с высоким риском имеют свою собственную мутацию.
Поэтому если мы захотим узнать механизм гемофилии царевича Алексея, необходимо получить биологические образцы от потенциальных носителей дефектной X-хромосомы, живых потомков королевы Виктории, благо знаем, в каком участке хромосомы искать причину болезни. А дальше снипировать царственные косточки по этим точкам, подобрав праймеры и соответствующие условия для деградированной ДНК. И если совпадут точки мутации, тогда доказательство налицо. Кстати, такое исследование наконец-то бы полностью развеяло сомнения вокруг царской семьи.
А по поводу «успешно зарекомендовавших себя методов судебно-генетической идентификации», то бишь исследования маркеров мтДНК, хочу напомнить, что данные маркеры не несут индивидуализирующей информации (т.е. одинаковый митотип может быть и у меня, и у моей матери, и у моей бабушки, и у родных братьев, и у теть и еще бог знает у кого), т.е. оценивать принадлежность останков по мтДНК нужно крайне осторожно. И такой анализ не может быть основополагающим для формирования однозначных выводов, а только быть дополнительным подспорьем.
Спасибо.

[Березовский]

... Так что правильно мыслите, товарисч!

Прочитал, оценил, спасибо

[Genetik]

Доброго времени суток, уважаемые коллеги!
Как специалист и как человек любознательный слежу за событиями и экспертизами по поводу найденных под Екатеринбургом царских останков. С обнаружением ещё двух объектов детективная история продолжилась. Сначала удивило заявление, что останки будут изучаться там, где они найдены - в Екатеринбурге. Потом, по получении дополнительной информации, успокоился: будут приглашены компетентные специалисты. Из последних новостей узнал список специалистов, прикрепляю файл. На счёт компетентности перечисленных товарищей и одного господина (американец) - не сомневаюсь. Но где же судебные генетики? Свои, чужие - где они?
По-хорошему, надо бы проводить молекулярно-генетическую экспертизу в супер хорошо оснащённой лаборатории и сильными специалистами. И не только потому, что вопрос касается царских останков, но и из-за давности нахождения костей в земле. Вопрос то политический, а решается, похоже, с точки зрения чьих-то амбиций. Может я ошибаюсь, чего-то не знаю?
Всем привет, кое-кому поклон.

А вот у меня возникает другой вопрос: "А был ли мальчик?" (В том смысле, чьи это останки?).

[someone]

А вот у меня возникает другой вопрос: "А был ли мальчик?" (В том смысле, чьи это останки?).

Предположим фальсификацию. Некто в начале 90х, опережая свое время, всю тогдашнюю науку, хорошо разбирался в филогеографии мтднк человека. Заметьте, в то время, когда даже Ричардз и Торрони имели о ней очень смутное представление. Сейчас-то ясно что пара пустяков отыскать в подходящей "семейной" конфигурации кости с "царской"

16126-16294-16296

тем более работа проще раз известно что транзиции на 16169 нет. Но вот что делать с царицей:

16111-16357

У меня база в 110K ГВСов. Такой линии до сих пор нет. В Тарту тоже не знают матчей. А Иванов с Гиллом проматчили царицу там где она и должна иметь матчи - в британской королевской семье.

Меня это убеждает.

Сообщение отредактировал someone - 22.06.2008 - 21:14

[someone]

Ведь задача была - любым способом доказать принадлежность останков царской семье. И эта задача была решена, пусть это был не кодис а другие методы, единственно доступные в данных обстоятельствах. Чтобы сосчитать вероятность ошибки придется учитывать и то что 16126-16294-16296 нашлась у нескольких индивидов одновременно и то что 16111-16357 до сих пор не найдена в других семьях. В результате там будет немалый хвостик из нулей, может даже больший чем первоначально предполагали авторы, учитывая несуществующую гетероплазмию на 16169.

А если нынешние эксперты могут отсеквенировать эти молекулы полностью, все 16.5К баз, технически это возможно, я был бы только рад. А если они добавят аутосомок, гемофилию, что еще сочтут нужным - так вообще отлично, всегда приятно читать о безупречной работе, даже если для надежного доказательства требуется меньше усилий.

[Medicus]

Экспертиза предполагаемых останков царской семьи близится к завершению.

В РПЦ призывают признать цареубийство преступлением.

Экспертиза подтвердила, что на Урале найдены останки царской семьи.

На раскопки предполагаемых царских останков выделено 1,3 млн рублей.

Свидетели расстрела царской семьи рассказали не всю правду - эксперт.

История идентификации останков членов царской семьи. Справка.

Новые выводы по останкам членов царской семьи будут оглашены в июле.

[Medicus]

Генетическая экспертиза подтвердила подлинность царских останков.

[someone]

Тип участка ГВС1 митохондриальной молекулы, совпадающий с найденным в Екатеринбургских останках приписываемых царице Александре Федоровне а также у принца Филипа Эдинбургского, впервые засветился в опубликованной литературе. Не в популяционных исследованиях (где, как я уже упоминал, он не всплывал до сих пор среди опубликованных почти 80000 ГВС1) а в работе посвященной разбору образцов коммерческого проекта Genographic.

В приложении (www.nationalgeographic.com/genographic/PublicParticipation.xls) к новой статье Д.Бехара

Rapid Communication: A novel 154-bp deletion in the human mitochondrial DNA control region in healthy individuals Doron M. Behar et al, Human Mutation, Published Online: 15 Jul 2008

среди примерно 50000 сиквенсов есть парочка

16111T 16357C 16519C

с набором снипов типичных для ветви mtdna*H. Популяционная принадлежность образцов неизвестна, база проекта анонимная, но известно что порядка 90% заказов ГП приходится на Европу и США.

Теперь можно утверждать две вещи:

1) сиквенсы 1994 года - не артефакт, такая линия действительно существует и засвидетельствована дважды лабораторией с неплохим контролем качества работы

2) линия имеет ничтожно малую частоту точная оценка которой пока затруднена

Сообщение отредактировал someone - 26.08.2008 - 18:26

[Genetik]

Уважаемый someone, а что Вы скажете вот на это?

[someone]

Уважаемый someone, а что Вы скажете вот на это?

Трогательная история про палец, но не более того. Как-то не убеждает. Вот если бы авторы ангажировали кого-то из родственников опять сдать кровь и доказали совпадение с их пальцем а не с царственными останками, было б совсем другое дело. Современными методами, с современными представлениями о работе с древней днк. Но ничего такого нет. Более того, в большинстве клонов они скорее всего получили артефакт. Также несколько странно было читать среди онлайн-материалов ЛЖ перечисление сплетен о возможном незаконном происхождении принца Филипа и о том кто в действительности могли быть его родители.

Дело в том что "дискуссия" ПИ и ЛЖ очень давняя и наверное уже вышла за научные рамки. Когда появляется очередная новость народ просто хихикает и всерьез не воспринимает.

В то же время хочу напомнить, что ЛЖ - один из крупнейших современных популяционистов, ученый мирового масштаба.

Сообщение отредактировал someone - 29.08.2008 - 16:02

[Зубр]

Уважаемый someone, а что Вы скажете вот на это?

Доброго времени суток, коллеги!
Критические замечания уважаемого 'someone' вполне справедливы. Качество представленной работы невысокое. При том, что работа практическая, молекулярно-генетическая, - публикуется она в совершенно не профильном журнале. Это тоже говорит о многом. Вообще, для судебно-медицинского эксперта важным моментом является грамотная работа с вещественным доказательством: происхождение, доставка, упаковка и т.д. Из этой статьи и других источников - с этим пальцем всё очень туманно. Потом, предъявленными результатами авторы честно признаются в контаминации, которой им не удалось избежать.
Всем удачи.

[Genetik]

Уважаемые коллеги! Давеча прочитал занимательную статью из журнала "Судебно-медицинская экспертиза №4, стр. 30-47 за 1998 год. Объясните мне, невежде, как это из 10-20 пикограмм ДНК (табл. 1, стр.35) может быть достаточно для типирования 5-ти полиморфных STR-локусов и определения пола по Амелогенину. Даже при нынешней технике ДНК-анализа - это, можно сказать, непостижимо. Типировать ДНК, которую выделили из 2-4 клеток (исходя из того, что соматическая клетка человека содержит около 6 пкг ДНК) и не по одному аутосомному локусу, а по пяти, да еще и пол определить - это поистине верх совершенства ДНК-идентификации. И это при том, что типирование проводилось ветхозаветными методами конца 80-х - начала 90-х. Просто супер! А какие фореграммы (рис. 3, стр. 35, рис. 4 стр. 36)! Загляденье! Что это - чудо Фотошопа или Великое мастерство господина Иванова?!! Куда там Апплере с Айдентифайлером со своими минимально-рекомендуемыми концентрациями ДНК-матрицы в 1 нанограмм (понятно, что можно поставить и с 50-100 пг, но опасность ложной гомозиготности будет крайне велика, да и не все локусы пройдут. Можно, конечно, взять Минифайлер, и порог чувствительности сдвинуть до 10 клеток 50-60 пг, но даже эта система не потянет 2 клетки. А какие локусы прошли у ПЛИ: по ACTBP2 даже вытянули аллели размером около 300 н.п. (стр. 36, табл. 2). А митохондриалка - сразу по 450 н.п. HV1-регион, не слабо для таких косточек (рис. 5, стр. 36)? После этого, господа, я совершенно спокоен за отечественную ДНК-идентификацию!!! Даже из половины клетки мы все равно поручим полноценный генотип!!! Ура товарищи!

стр. 36

[someone]

а Вы уверены что они правильно оценили количество днк?

[Genetik]

а Вы уверены что они правильно оценили количество днк?

Уважаемый Someone! Как можно сомневаться в результатах такого мастадонта отечественной генотипоскопии как Павел Леонидович! А если уж Вы сомневаетесь в данных по количесву ДНК, то почему бы не засомневаться в чистоте постановки ПЦР. Где гарантии, что при типировании скелета № 4 мы получили истинную гетероплазмию, а не результат контаминации? Возьмем митотип, полученный ПЛИ при типировании останков № 4: 16126C, 16169Y*(Т и C), 16294T, 16296T, 73G, 263G, 315.1C. Представим себе, что митотип скелета № 4 с гетероплазмией - это есть не что иное, как смесь двух митотипов (различных по позиции 16169), а смесь ента не результат гетероплазмии, а результат грязной работы эксперта. Тем более что митотип 16126C, 16294T, 16296T, 73G, 263G, 315.1C не такой уж и уникальный (в базе данных из 2688 европейских митотипов я нашел 7 полных совпадений и 44 совпадения с одним отличием). А может антрополог или эксперт-генетик, имевший дело с останками № 4, был с таким митотипом? Тогда при чем здесь тогда, спрашивается, вся эта муть с расчетами на предмет уникальности признака 16169Y*?
Теперь взгляните на рисунок 5 из этой же статьи (на стр. 36). И что мы там видим. Отличный сиквенс, более 400 н.п. длиной. Даже на контрольных ДНК не всегда так хорошо получается. В экспертизах по идентификации 20-летних останков мне с трудом удавалось вытягивать сиквенс фрагментов длиной 240-270 н.п. Может потому что у меня прибор поновее или реактивы более современны? Не знаю. А теперь еще раз взгляните на этот сиквенс: это последовательность обратная (комплиментарная) Андерсоновской, т.е. получена с обратного праймера. Но ПЛИ это не смущает, несмотря на то, что судебным генетикам хорошо известны общие правила интерпретации результатов мтДНК-идентификации, он смело на странице 37 пишет о транзиции A/G (а не C/T!) в точке 16169!
Эта работа ПЛИ просто чудо, сниспосланное нам, рядовым экспертам-генетикам. А вы говорите о неправильности оценки количества ДНК!
С уважением.

[Зубр]

...Даже из половины клетки мы все равно поручим полноценный генотип!!! Ура товарищи!

Доброго всем времени суток! Ну, из половинки клетки - не знаю, а вот из одной клетки гаплотип (единичные сперматозоиды) или генотип (диплоидные клетки) устанавливают. Прикрепляю соответствующие статьи. Тезис о том, что мультилокусные системы анализа сильно потеряли в чувствительности, по сравнению с монолокусными - вполне уместен. А рекомендации по количеству ДНК, вводимого в анализ всегда будут наиболее консервативными, дуракоустойчивыми я бы сказал. С научными целями эти концентрации можно уменьшить (если они уже не меньше требуемого), а количество циклов и др. параметры ПЦР поменять.
Не в защиту ПИ будь сказано, но работу то он делал с ведущими английскими, а потом американскими учёными.  __________.rar ( 1.01 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  1088
 Single_cell_PCR.rar ( 29.63 килобайт ) Кол-во скачиваний:  736

Всем привет.