[someone]

Уважаемый Genetik!

Не припомню чтобы я говорил типа работа Иванова-Гилла - образец для современного эксперта. Наоборот

Современными методами, с современными представлениями о работе с древней днк

Действительно амплификация 400 баз деградировавшей цепи маловероятна, хотя возможна. Еще заметьте что отсутствие транзиции на 16189 (удлиняющей С-тракт) делает возможным секвенирование только в одну сторону, есть значительная вероятность прочитать молекулу правильно прогнав только в один конец. Кстати я не помню уже как они с Гиллом делали, если Вас не затруднит выложите пожалуйста еще пару страниц из статьи 1998 года. Касательно гетероплазмии, имхо пока никто ничего не доказал. Как помнится, у Рогаева было 8:2 так что если кто-то и загрязнил днку то поработал этот кто-то раньше всех экспертов. Я бы вообще не стал ссылаться на эту самую "гетероплазмию" тем более что всем и так ясно - это с большей вероятностью артефакт чем реальная гетероплазмия. "он смело на странице 37 пишет о транзиции A/G (а не C/T!) в точке 16169! " - ну уж давайте к банальным опискам не придираться Путаница оснований в опубликованных статьях - дело нередкое.

Итак, что мы имеем в сухом остатке. Эксперты взялись за дело, и выполнили его, хотя с большими нарушениями правил работы, если ориентироваться на современные нормы. Про амелогенин и проч. аутосомы пока говорить не будем, потому что эти результаты не были подтверждены независимой экспертизой (например в задачи Рогаева это не входило), ограничимся мтднк. Эксперты получили одну последовательность идентичную царской и другую (сразу у нескольких индивидов), идентичную таковой в семье царицы. Для сравнения частот ГВС я решил взять в качестве риференса две базы, а именно сумму 3х европейско-американских выборок в SWGDAM размером в 1554 образца, ГВС1+2, и сумму всего что опубликовано по этническим русским, 1183 образца, в основном ГВС1. Частота царской последовательности ГВС1 достаточно велика в обеих базах, 11/1554 (0.71%) в американской и 8/1183 (0.68%) в русской, то есть примерно одинакова. Я не помню какой там праймер у Иванова-Гилла, поэтому не исключал сиквенсы с транзициями за 16400, там нередко еще 16519. В любом случае это огромная частота, и что еще страшнее, как Вы уже указывали ув. Genetik, добавление всего одной транзиции на 16304 дает дикое возрастание частоты, фактически 126-294-296-304(-519) - входит в тройку самых попсовых русских гаплотипов независимо от популяции. Эксперты могли невнимательно разглядывать трейс - и в результате будет полный матч с царем какого-нибудь мужика. Например если чекисты сделали 10 ложных захоронений подходящих по комплектации семей - то вероятность того что ни в одной семье ее глава не имел последовательности 126-294-296-304(-519) упадет наверное до 1/2. Далее, рассмотрим ГВС2. Изучение довольно большой базы ГВСов, много бОльшей той что я выше выбрал как референтную, говорит о том что разнообразие ГВС2 очень низкое при условии что ГВС1=126-294-296(-519), фактически < 1/5 всех образцов демонстрирует отличие ГВС2 от такового у царя, если не считать длины С-трактов. Формально говоря, ближайшие родственники имеют много бОльшую вероятность иметь совпадающие длины трактов чем различные, но бывает и наоборот, поэтому я бы поостерегся сразу делить полученную частоту 0.007 на число распространенных типов длины большого С-тракта в ГВС2, скажем на 3, так как нам важнее верхняя граница частоты типа ГВС1 - уже достаточно большая! Теперь про оценку дисперсии частоты - я только хочу заметить что рост базы митотипов очень большой за последние годы и возможно буквально через пару тройку лет кривая количества новых митотипов начнет выходить на плато, а частоты в совокупной базе по европеоидам и так уже стабилизировались, поэтому я утверждаю что мы не сделаем большой ошибки если примем известную частоту в 0.007 за максимум типа 126-294-296(-519) в русской популяции и средне/североевропейской вообще.

Теперь еще пара слов про то что хотелось бы сделать с царской мтднк но что увы не было и не могло быть сделано в то время. Разумеется это снижение до непристойности высокой частоты 0.007 эдак на порядок. Например путем секвенирования каких-то дополнительных участков молекулы одновременно из образца Куликовского-Романова и из этих самых костей, в настоящее время погребенных в Петропавловской крепости. На мой взгляд шансы получить хороший результат большие. Насколько можно судить по ГВС1, царская молекула с большой вероятностью не относится к распространенной ветви T2b (для которой характерна замена на 16304) а скорее всего принадлежит к каким-то редким боковым ветвям - либо T2a или вообще безымянным, см линк на древо гаплогруппы mtDNA*T по опубликованным по состоянию на 2008 год полным сиквенсам: рисунок.
Так как ветви эти изолированные и древние, они как правило содержат множество отличий от ближайших родственных ветвей, значит есть большой шанс отсеквенировав несколько участков молекулы, найти точное место царя на этом древе и после этого оценить истинную частоту его ветви, пусть даже окончательная интерпретация результатов станет возможна через несколько лет, когда полных сиквенсов будет много больше. Между прочим, если популяционных данных мало то хватит даже среднего гранта на работу по типированию нескольких сайтов в выборке скажем из 100 образцов ветви mtDNA*T предварительно позаимствованных у нескольких других исследователей которые разумеется станут соавторами. Зато исследователи смогут сказать что они сделали все возможное - либо доказали несовпадение, отвергнув родство, либо доказали совпадение оценив вероятность случайной ошибки, исходя из полного знания об исследуемой молекуле.

***
Теперь вернемся к самому началу. Забудем про науку, оставим при себе только логику. Предупреждаю что дальнейшее будет и цинично и несколько конспирологично, но таков уж наш предмет.
На Урале нашли кости, там несколько дядек и несколько теток. Антропологи говорят - один дядька похож на царя, а остальные - это его жена, дочки и челядь. Допустим, что некоторые злодеи, не будем называть имен, решили путем фальсификации результатов новомодной генетической экспертизы доказать что это-де царь и есть. Для осуществления коварного плана злодеи нашли ученых-генетиков с именем, чтобы те получили результат который устроит Госкомиссию. Ученые-злоумышленники с поставленной задачей справились, да так что получили мировое признание и результаты их работы цитируют в каждом учебнике для первокурсников-молекулярщиков. Через 10 лет появился еще один ученый, не злодей, и начал обличать своих коллег свернувших с истинного пути. Увы в единственной его публикации по теме была такая чушь что... давайте попробуем восстановить события сами без его помощи. В частности я не хочу здесь обсуждать ни палец великой княгини ни возможность происхождения британского принца Филипа от герцога Маунтбеттена основанную на 1) их "портретном сходстве", 2) слухах Единственный тезис данного автора, который мы позаимствовали - он в том, что ВСЕ, что писали про экспертизу останков Романовых - наглая ложь, от начала и до конца, в частности, ложь то что найденные останки принадлежат Романовым. Мы попробуем развить этот тезис дальше, беспристрастно анализируя ложь которая лилась на нас все эти годы, пользуясь только надежно и многократно установленными научными фактами, и не отбрасывая никаких логических вариантов возникающих по ходу нашего анализа.
Пара вводных слов для неспециалистов которые возможно читают нас сейчас. Помимо стандарных способов установления родства исследователи-молекулярщики выделили из останков митохондриальную днк (мтДНК), которая сохраняется лучше, но наследуется только по материнской линии, и сравнили ее молекулы с таковыми у родственников царя и царицы по этой линии. Можно сказать что молекулы совпали, а то небольшое различие которое обнаружилось между царем и его племянником (гетероплазмия на 16169) может быть законно списано на трудности работы с древней ДНК. Задача судебного эксперта заключается в том чтобы либо найти отличия между образцом, предположительно принадлежащим искомому индивиду, и его родственниками, аутентичность образцов которых бесспорна, и тем самым опровергнуть факт сколько-нибудь близкого родства, либо же доказать совпадение последовательностей, и оценить вероятность того что такое совпадение могло быть случайным, не связанным с близким родством, указав вероятность ошибки в заключении, из которого ну хоть пару фраз смогут понять неспециалисты на суде. Коли эксперты нас обманули, это значит что скелеты не царские, но значит ли это что екатеринбургские молекулы мтднк на которых строилась большая часть заключения, обязательно отличаются от августейших мтднк, и возможен ли вариант что все происшедшее - не намеренное злодейство а просто результат ошибки невинных экспертов? Мы рассмотрим и эти вопросы, и заранее сообщаю нетерпеливому читателю, что мы отвергнем эти недостойные предположения и по ходу дела докажем факт намеренной фальсификации результатов.
Выше мы уже установили что фальсификация царской последовательности митохондриальной днк не представляет большой проблемы. А именно, можно выбрать 10-20 скелетов-кандидатов, и один из них будет иметь почти такую же молекулу по крайней мере на участке изученном экспертами, а если эксперт-злодей намеренно пропустит всего один сайт то можно сказать что исследуемые участки полностью совпали. Так мужицкий скелет станет царским, кстати не мешает вспомнить что и внешне царь больше походил на восточноевропейца (например на русского), чем на выходца из центральной европы, что отмечали и его современники ("царь похож на мужика") и господа эксперты работавшие с предположительно царским скелетом в 90е годы ("финно-угорская примесь" - перл, но в то же время это оригинальная цитата из документа!). Поэтому злоумышленники-эксперты могли выбрать любой путь: если они уже знали что царский племянник Куликовский имеет такой "удобный" митотип то они могли затребовать нужное количество скелетов и выбрать подходящий. О высокой частоте последовательности 126-294-296-304 они могли знать из ранних работ по полиморфизму ГВС в европейских популяциях, таковые выходили регулярно с 1989 года, хотя в то время из-за дороговизны автоматического секвенирования преобладал метод ПДРФ. Однако на их пути была серьезная проблема: спустя 4 года, в 1998 году сравнение мтднк из "царских" костей с образцом Куликовского повторил другой известный ученый, независимый от первоначальных экспертов, которых мы здесь обозвали злодеями, и этот ученый получил в принципе такие же результаты. Стало быть, либо он - тоже часть заговора, либо спецслужбам пришлось в свое время основательно перекопать окрестные кладбища в поисках кандидата 126-294-296 то есть индивида не несущего дополнительную мутацию 304 столь частую в русских популяциях но отсутствующую у Куликовского-Романова и стало быть отсутствующую у его царственного дяди. Эта задача посильна, но требует перебора не менее 200-300 скелетов подходящего пола, возраста и комплекции. Поскольку в исследовании принимало участие немало других экспертов, например криминалисты и антропологи, причем известные, нужно дополнить версию предположением что работу координировала специальная команда, мозговой центр, в задачи которого входило распределить работы между экспертами так чтобы ни у кого не возникло подозрений, и не расширять круг посвященных лиц. Для верящего в заговоры не проблема уверовать и в это. Зато злодеи могли спать спокойно: даже если кто-то вскроет Петропавловский некрополь, там будет не народный суррогат 126-294-296-304 а истинно царский аллель 126-294-296. Для дотошных читателей не привыкших отбрасывать и самые невероятные логические возможности, замечу: даже если подобраны кости без мутации 304 остается риск что кто-то когда-нибудь вскроет некрополь, и отсеквенирует всю "царскую" молекулу мтднк, и молекулу Куликовского, и сравнит полные последовательности, а не только участки ГВС которые составляют примерно 1/15 ее длины. Желающий может сейчас посмотреть дерево на рисунке - мутации с номерами от 00400 до 16000 не были охвачены исследованиями о которых мы говорим, но такие мутации в мтднк преобладают, позволяют различать сходные по ГВС но в действительности не совпадающие образцы, и они запросто выведут на чистую воду любого фальсификатора, попади только образцы в руки команды желающей выяснить истину. Но поскольку мы с вами предположили априори что наши злодеи опьянели от безнаказанности, то понятно что им незачем было размениваться на такие мелочи.
Резюмируем все сказанное по царскому образцу. Можно прозевать 304 один раз но гораздо сложнее это сделать два раза, значит либо -- 1) там есть 304, и в заговоре состоят все эксперты-молекулярщики -- 2) там нет 304, но тогда высока вероятность что царь настоящий, ибо частоты типов с 304 и без различаются на порядок. Мы с вами дорогой читатель уже условились что царь ненастоящий, но на данном этапе еще не можем выбрать между версиями 1) и 2). Они обе друг друга стоят, и наверняка составят достойную конкуренцию друг другу в голове профессионального любителя расследовать заговоры.
Теперь перейдем к царице и детям которые должны носить другую последовательность, редчайшую 111-357, как следует из результатов авторов подтвержденных анализом последовательности принца Филипа Эдинбургского. Вероятность отыскать такие скелеты увы близка к нулю, даже если российские спецслужбы подключат к делу (=приобщат к заговору) всех своих зарубежных коллег. Более того, поскольку имеется некоторое совпадение и с царской стороны, мы вынуждены констатировать, что одновременность двух событий (то есть независимые совпадения в семьях царя и царицы) приводят к значительному уменьшению вероятности ошибки. Я бы сейчас не спешил с вычислением вероятности одновременного исполнения данных событий, потому что сама по себе частота гаплотипа царицы столь мала что требует остановиться и задуматься: коли заговор злодеев имел место, тут что-то не то. Учитывая наш опыт в раскрытии молекулярно-гентических заговоров нужно смело предположить что либо -- 1) эксперты вообще не секвенировали останки предполагаемых детей Николая II (кстати эти результаты так и не были проверены вторым независимым экспертом в 1998 году что еще более увеличивает наши подозрения) либо -- 2) сама последовательность царицы - плод злодейской фантазии. Идея 2) наверняка посещала критически мыслящих исследователей за последние годы, от нее был недалек и уважаемый автор работы про палец (см выше). Однако в июле 2008 года последовательность 111-357 наконец засветилась в независимом источнике в количестве 2 штуки. Могли ли эксперты ее выдумать в 1994 году? В действительности это сложный теоретический вопрос, так как он требует количественной оценки вероятности совпадения случайно сгенерированного гаплотипа с каким-то реально представленным, но доселе неизвестным, и по мере увеличения "радиуса" фантазии изобретателя (выраженного например в количестве допустимых нуклеотидных замен относительно множества реальных типов) вероятность попасть в точку будет падать экспоненциально. Столь быстрый рост возможной ошибки связан с тем что нерекомбинантную эволюцию можно математически представить как кусочное 1-многообразие (топологически - почти дерево) реальных вариантов в многообразии огромной размерности представляющем все пространство "допустимых" типов. В нашем случае ответ будет "скорее да, могли придумать", потому что "радиус" единичный, ведь бывают по отдельности и 111 и 357, но все же ответ требует экспериментальной проверки, программной симуляции.
Вот тут и появляется новое обстоятельство которое требует отвлечься от экспоненциальности роста очень абстрактных материй к .. экспоненциальному увеличению числа злодеев. В кратком заключении озвученном прокуратурой этим летом говорится что с дополнительными костями найденными в прошлом году были проведены все эксперименты, и по мтднк тоже, и эксперименты эти подтвердили принадлежность останков детям из августейшего семейства. Хоть никто заключения еще не видел, но косвенно это означает что либо -- 1) у детей 111-357 значит ее не придумали, тогда зачем были такие муки с царской 304 если фальсифицировать 111-357 вообще нереально? Может проблема только с царской днк а не с детской, просто не нашли скелета Николая и рыскали по кладбищам в поисках молекулы без 304, ведь хоть где-то злодеи должны были нас обмануть!!! -- 2) у детей то 111-357, но что на самом деле у принца Филипа? а вдруг его вообще никто не проверял на самом деле? Но я так понял что в настоящем исследовании проверяли опять ВСЕХ кроме тех кто сейчас в Петропавловской крепости; -- 3) Стоп! А может.. и эти эксперты тоже? И они, и их зарубежные коллеги, вообще все.

***
Вот уважаемые читатели, получилося эдакое эссе на молекулярно-конспирологическую тему.

[someone]

Писал быстро, не заметил некоторых технических накладок - например Куликовского-Романова использовал Рогаев а не Иванов, у которого там кажется была целая куча образцов из Гессенского дома. Сути дела правда это не меняет.

[Genetik]

Доброго всем времени суток! Ну, из половинки клетки - не знаю, а вот из одной клетки гаплотип (единичные сперматозоиды) или генотип (диплоидные клетки) устанавливают. Прикрепляю соответствующие статьи. Тезис о том, что мультилокусные системы анализа сильно потеряли в чувствительности, по сравнению с монолокусными - вполне уместен. А рекомендации по количеству ДНК, вводимого в анализ всегда будут наиболее консервативными, дуракоустойчивыми я бы сказал. С научными целями эти концентрации можно уменьшить (если они уже не меньше требуемого), а количество циклов и др. параметры ПЦР поменять.
Не в защиту ПИ будь сказано, но работу то он делал с ведущими английскими, а потом американскими учёными.
Всем привет.

Уважаемый Зубр! Ну во-первых, работа делалась не ПЛИ с ведущими английскими и американскими учёными, а только ведущими английскими и американскими учёными (ПЛИ был только перевозчиком костей, а потом по Штатам с лекциями разъезжал). А во-вторых, объясните мне, неразумному, как это Вы собираетесь типировать 2 клетки по 6-ти локусам, используя монолокусные наборы? ДНК-то не хватит. Или может я чего-то не понимаю?
В-третьих, посмотрите на рисунки 3 (стр. 35) и 4 (стр. 36) из статьи ПЛИ Экспертная идентификация останков императорской семьи посредством молекулярно-генетической верификации родословных связей // Суд.-мед. экспертиза. 1998. № 4 стр. 30-47. Отличные жирные bands. Не похоже на единичные копии ДНК. Я думаю здесь копий по 100, не меньше. А какие они красивые, без статтеров. Куда тут Промеги со своими наборами. У кого-нибудь еще получалось подобное чудо?

Уважаемый Someone! К сожалению, никак не получается прикрепить страницы 36 и 37 статьи. Они весят около 300 кб, а у меня лимит на 61 кб (хотя раньше был 460 кб). Как только представится возможность обязательно прикреплю.
С уважением.

[someone]

Гели нарочито красивые но я продолжаю настаивать что это не фотошоп а неправильно посчитанное количество днк

[Genetik]

Гели нарочито красивые но я продолжаю настаивать что это не фотошоп а неправильно посчитанное количество днк

Неправильно просчитанное кем? англичанами, американскими специалистами или ПЛИ?

[someone]

Неправильно просчитанное кем? англичанами, американскими специалистами или ПЛИ?

так у Вас больше сведений кто там был логистик а кто молекулярщег

[Зубр]

Доброго времени суток уважаемые форумчане!
Делая всевозможные скидки на желтоватость газеты "Метро" и искажения журналистом сути высказываний, всё же такого абсурдного изложения я (кроме откровенной сатиры) не встречал. Прикрепляю отсканированную статью.
Всем привет.

 _____1.rar ( 1.01 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  376
 _____2.rar ( 440.84 килобайт ) Кол-во скачиваний:  365
 _____3.rar ( 1.4 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  386

[someone]

http://runewsweek.ru/theme/?tid=174&rid=2651

[Genetik]

Статья П.Л. Иванова по идентификации "царских" останков

[someone]

Статья П.Л. Иванова по идентификации "царских" останков

О! Пасибо!

[Зубр]

Доброго всем времени суток!
Прикрепляю статью с фотографиями вновь исследуемых вещественных доказательств по данному делу.
Всем привет.
 ERMITAG.rar ( 75.69 килобайт ) Кол-во скачиваний:  446

[Genetik]

Доброго всем времени суток!
Прикрепляю статью с фотографиями вновь исследуемых вещественных доказательств по данному делу.
Всем привет.
 ERMITAG.rar ( 75.69 килобайт ) Кол-во скачиваний:  446

Уважаемый Зубр! Спасибо за материал. Вопрос, собственно говоря, даже не в том, кого перезахоронили в 1998 году в Петропавловской крепости (возможно это и были члены царской семьи), а в том, что результаты ивановской экспертизы либо былы подтасованы в виду отсутствия пригодной для анализа ДНК-матрицы, либо были получены генетические профили чужеродной ДНК (возможно родственников), загрязнившей имеющийся костный материал (вот Вам одно из объяснений происхождения гетероплазмии у "царя"). Очень уж смущает длительная (десятки лет!) сохранность ДНК в кислой среде.

[someone]

результаты ивановской экспертизы либо былы подтасованы в виду отсутствия пригодной для анализа ДНК-матрицы, либо были получены генетические профили чужеродной ДНК (возможно родственников), загрязнившей имеющийся костный материал (вот Вам одно из объяснений происхождения гетероплазмии у "царя"). Очень уж смущает длительная (десятки лет!) сохранность ДНК в кислой среде.

царицын профиль загрязнением получить нельзя, такой и на ее родине днем с огнем не сыскать - разве что если загрязнял сам герцог Единбургский Заговор правдоподобней

[Genetik]

царицын профиль загрязнением получить нельзя, такой и на ее родине днем с огнем не сыскать - разве что если загрязнял сам герцог Единбургский Заговор правдоподобней

Тогда остается первое - подгонка профилей по уже известным.

[someone]

Тогда остается первое - подгонка профилей по уже известным.

оборотни с пипеткой