[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[Chimik]

Здраствуйте)))
Подскажите, ГХ-МС Аджилент выдал вещество изониазид артифакт, да и заметил многие вещества выдает с этой приставкой. Это так "забиты" нативные вещества?

[KSS17]

Здравствуйте!

Здраствуйте)))
Подскажите, ГХ-МС Аджилент выдал вещество изониазид артифакт, да и заметил многие вещества выдает с этой приставкой. Это так "забиты" нативные вещества?

Несовсем так.
Артефакты это, как правило, продукты дегидротации, термолиза или внутримолекулярной циклизации.

[Chimik]

Спасибо, KSS17!
Как понимаю, например, при гидролизе происходят некие превращения вещества, а возможно ли посмотреть на формулу конкретного артефакта?

[KSS17]

Здравствуйте!

Статья и Бог Вам в помощь...

[Гермиона]

Здравствуйте, уважаемые коллеги!
Подскажите, пожалуйста, чем отличаются библиотечные папки с расширениями __.L и __.HP?

[Sergei4]

Здравствуйте
.L это под Chemstation (PBM search) (распологаются в как правило в директории С:/Database/
.HP под NJIS MS Search располлогаются в директории С:/NIST/MSSEARCH/
Посмотрите видео №4 по ссылке

[Chimik]

Спасибо, Уважаемый KSS 17!!!!
Хорошая статья, еще раз спасибо за консультейшн)))

[Гермиона]

Здравствуйте
.L это под Chemstation (PBM search) (распологаются в как правило в директории С:/Database/
.HP под NJIS MS Search располлогаются в директории С:/NIST/MSSEARCH/
Посмотрите видео №4 по ссылке

Здравствуйте, Sergei4!
Благодарю за ответ!
Наконец-то начинаю понимать, почему куча библиотек в разных папках с одинаковыми названиями но разными расширениями. Получается, что мало "собрать" библиотеку в АМДИС, чтобы удобно было работать, надо её конвертировать под Chemstation и NIST.
И, соответственно, включить библиотеку в настройки поисковиков.

[KSS17]

Здравствуйте!
Масс-спектры маркеров: AB-FUBINACA (метил-), AB-CHMINACA (метил-, ТМС-, бис-ТМС-), 5F-AB-PINACA (метил-, ТМС-, бис-ТМС-), FUB-PB-22 (метил).
Под АМДИС, индексы для НР-5.

Сообщение отредактировал KSS17 - 13.10.2013 - 13:26

[alexlp]

Собрал вместе все кастомные библиотеки, выложенные коллегами в этой ветке. Было бы полезно, пришпилить в топ этот файлик и обновлять его по мере загрузки сюда новых баз.

Сообщение отредактировал alexlp - 13.10.2013 - 12:25

[alexlp]

Скомпилировал в одну библиотеку MSP/MSL все маленькие кастомные базы, которые выкладывались в этой ветке. Отдельно в pdf индексный список содержимого библиотеки.

[alexlp]

Технология компиляции беспредельно проста: открываем текстовым редактором библиотеку MSP или MSL и добавляем в конец содержимое следующей библиотеки MSP/MSL. Для того, чтобы получить индексный файл CID, необходимо выполнить library transfer в библиотеку формата MSL.
Вот пример представления информации в библиотеке:

NAME:JWH-250 -M1
COMMENT: Smoke mix comp|RI:3251.00
RI:3251.00
FORM:C22H25NO3
CASNO:3251.msp-N1001
SOURCE:F:\Lib_transpher\250 Search\MSP\3251.msp
NUM PEAKS: 36
( 63 3) ( 65 11) ( 69 52) ( 77 9) ( 78 7)
( 88 3) ( 89 17) ( 91 46) ( 92 5) (101 6)
(102 19) (103 6) (115 17) (116 42) (117 6)
(121 32) (128 15) (129 36) (130 22) (143 23)
(144 293) (145 32) (156 8) (157 13) (158 6)
(170 7) (184 10) (186 6) (212 8) (228 9)
(230 1000) (231 157) (232 17) (278 5) (351 30)
(352 9)

Блок информации о компоненте должен оканчиваться пустой строкой.
Соответственно редактирование библиотеки не представляет трудностей. После редактирования необходимо переиндексировать базу.

[alexlp]

Известная библиотека в формате АМДИС MSP/MSL

SWGDRUG Mass Spectral Library:
SWGDRUG has compiled a mass spectral library from a variety of sources, containing drugs and drug-related compounds. All spectra were collected using electron impact mass spectrometry systems. This library is available for download from this website. http://www.swgdrug.org/ms.htm

[Гермиона]

Здравствуйте, alexlp!
А что значит "проиндексировать базу". Надо что-то перезагрузить или переименовать?

[alexlp]

Здравствуйте, alexlp!
А что значит "проиндексировать базу". Надо что-то перезагрузить или переименовать?

Для того, чтобы получить индексный файл .CID, Т.Е. ПРОИНДЕКСИРОВАТЬ БАЗУ, необходимо выполнить library transfer в библиотеку формата MSL.

Индексный файл содержит информацию о расположении компонента в основной базе и значительно ускоряет доступ к ней, когда основная база становится большой.

Иными словами, поиск сначала производится в маленьком индексном файле, а затем вся информация уже извлекается из известного места основного большого файла MSL.