[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[alexlp]

Скомпилировал в одну библиотеку MSP/MSL все маленькие кастомные базы, которые выкладывались в этой ветке. Отдельно в pdf индексный список содержимого библиотеки.

[alexlp]

Технология компиляции беспредельно проста: открываем текстовым редактором библиотеку MSP или MSL и добавляем в конец содержимое следующей библиотеки MSP/MSL. Для того, чтобы получить индексный файл CID, необходимо выполнить library transfer в библиотеку формата MSL.
Вот пример представления информации в библиотеке:

NAME:JWH-250 -M1
COMMENT: Smoke mix comp|RI:3251.00
RI:3251.00
FORM:C22H25NO3
CASNO:3251.msp-N1001
SOURCE:F:\Lib_transpher\250 Search\MSP\3251.msp
NUM PEAKS: 36
( 63 3) ( 65 11) ( 69 52) ( 77 9) ( 78 7)
( 88 3) ( 89 17) ( 91 46) ( 92 5) (101 6)
(102 19) (103 6) (115 17) (116 42) (117 6)
(121 32) (128 15) (129 36) (130 22) (143 23)
(144 293) (145 32) (156 8) (157 13) (158 6)
(170 7) (184 10) (186 6) (212 8) (228 9)
(230 1000) (231 157) (232 17) (278 5) (351 30)
(352 9)

Блок информации о компоненте должен оканчиваться пустой строкой.
Соответственно редактирование библиотеки не представляет трудностей. После редактирования необходимо переиндексировать базу.

[alexlp]

Известная библиотека в формате АМДИС MSP/MSL

SWGDRUG Mass Spectral Library:
SWGDRUG has compiled a mass spectral library from a variety of sources, containing drugs and drug-related compounds. All spectra were collected using electron impact mass spectrometry systems. This library is available for download from this website. http://www.swgdrug.org/ms.htm

[Гермиона]

Здравствуйте, alexlp!
А что значит "проиндексировать базу". Надо что-то перезагрузить или переименовать?

[alexlp]

Здравствуйте, alexlp!
А что значит "проиндексировать базу". Надо что-то перезагрузить или переименовать?

Для того, чтобы получить индексный файл .CID, Т.Е. ПРОИНДЕКСИРОВАТЬ БАЗУ, необходимо выполнить library transfer в библиотеку формата MSL.

Индексный файл содержит информацию о расположении компонента в основной базе и значительно ускоряет доступ к ней, когда основная база становится большой.

Иными словами, поиск сначала производится в маленьком индексном файле, а затем вся информация уже извлекается из известного места основного большого файла MSL.

[Гермиона]

Благодарю за разъяснение!

[alexlp]

Каймановская библиотека в формате АМДИС
https://www.caymanchem.com/app/template/SpectralLibrary.vm (для свободного скачивания библиотеки в форматах НИСТсёчь и АджилентХемСтэйшн нужно просто зарегистрироваться.)

Сообщение отредактировал alexlp - 15.10.2013 - 08:46

[alexlp]

В подборку кастомных библиотек добавил 20-04.msp; CHIMIK.MSP
Все кастомные библиотеки внутри архива освобождены от оболочек zip-rar, все аджилентовые и нистовые библиотеки конвертированы в MSP.
Объединенная библиотека собрана заново: частично удалены дубликаты разных версий одних и тех же библиотек и дополнено из вновь добавленных и вновь конвертированных.
Всего получилось 720 спектров.
Почти все перечислены в SUDMED_720_AMDISLIB_20131016_AZ.pdf в алфавитном порядке.
 AMDISLIB_20131016.zip ( 2.5 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  388

 SUDMED_720_AMDISLIB_20131016.zip ( 489.15 килобайт ) Кол-во скачиваний:  373

 SUDMED_720_AMDISLIB_20131016_AZ.pdf ( 56.48 килобайт ) Кол-во скачиваний:  1640

Предлагаю унифицировать наименования вновь загружаемых кастомных авторских библиотек следующим образом
ХХХ_ - инициалы автора (для нобелевского комитета). В случае объединенной библиотеки - SUDMED
ХХХХ_ - понятная абревиатура, отражающая содержание библиотеки
NNNN_ - число спектров в библиотеки (из амдиса)
AMDISLIB_ - идентификатор типа библиотеки
YYYYMMDD - дата сборки.
Архивацию производить стандартным алгоритмом zip, к архиву прикладывать список содержимого библиотеки в формате txt или pdf.

[Гермиона]

Здорово!
Еще предлагаю в текстовом редакторе отмечать источник данных о масс-спектре. Например, такая-то публикация такого-то автора. Чтобы знать, откуда что взялось.Особенно по метаболитам.

[alexlp]

Библиотека от Американской Академии Судебных Наук, комитета по МС базам

http://www.ualberta.ca/~gjones/mslib.htm

Mass Spectrometry Database Committee
American Academy of Forensic Sciences, Toxicology Section

Обновление 2012 года.

Ссылка для скачивания базы в формате Аджилента: http://www.ualberta.ca/~gjones/download.HTM

2843 спектра. This is a compilation of over 2800 pure drug spectra and/or GC breakdown products, including many replicate entries. This drug library contains spectra for several hundred different substances. The current version of the full spectra library was last updated December 2012.

 AAFS2012_2843_AMDISLIB_20131017.pdf ( 585.62 килобайт ) Кол-во скачиваний:  924

 AAFS2012_2843_AMDISLIB_20131017.zip ( 2.12 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  373


Сообщение отредактировал alexlp - 17.10.2013 - 11:43

[alexlp]

Dear Colleagues,

the mass spectrum of 4-Isobutyl-2-pyrrolidinone has been placed to “Designer Drugs Online”. The spectrum has been recorded by Elizabeth Gormley from the Sterling Heights Forensic Laboratory, Michigan. She points out that the mass spectrum of 4-Isobutyl-2-pyrrolidinone is identical with the mass spectrum of the antiepileptic drug pregabalin. Their pregabalin TIC showed two distinct peaks. A sharp peak which was interpreted as 4-Isobutyl-2-pyrrolidinone and a later broad peak which was interpreted as Pregabalin.
Obviously Pregabalin is converted partially or totally to 4-Isobutyl-2-pyrrolidinone during the GC and ion source passage. It is possible to block the amino group of Pregabalin by acetylation with acetanhydride which gives a distinct mass spectrum.

The mass spectrum is searchable by Designer Drugs Online:

ссылка

Уважаемые коллеги!

масс-спектр 4-изобутил-2-пирролидиноне была помещена на "дизайнерских наркотиков Online". Спектр был записан Элизабет Гормли от Sterling Heights лаборатория судебной экспертизы, штат Мичиган. Она отмечает, что в масс-спектре 4-изобутил-2-пирролидиноне совпадает с масс-спектре прегабалином противоэпилептических препаратов. Их прегабалином TIC показала две различные вершины. Острый пик, который был интерпретирован как 4-изобутил-2-пирролидинон и позже широкий пик, который был интерпретирован как прегабалина.
Очевидно Pregabalin преобразуется частично или полностью в 4-изобутил-2-пирролидинона в течение GC и источник ионов прохода. Это можно блокировать аминогруппы Pregabalin ацетилированием ангидрид уксусной кислоты, который дает различные масс-спектр.

В масс-спектре для поиска по наркотикам-Online:

ссылка




Сообщение отредактировал KSS17 - 22.10.2013 - 15:55

[Deminolog]

ADB-FUBINACA, спектр, полученный на LC-MS/MS. Энергия коллизии - 25 V. Родительский ион - 383 ([M+H]+). Источник ионизации - APCI. Спектр MS1 тоже прилагаю. Немного развалился на источнике, но фрагменты понятные, если надо - нарисую тоже. Первая потеря, как я считаю, это потеря концевой аминогруппы. Детектор, конечно, перегрузило хорошенько, хотя концентрация была небольшая. Просто чувствительность у APCI к ним хорошая очень оказалась... Поработать бы с биоматериалами (потроха и моча) с метаболитами этих соединений.
Также есть спектры FDU-PB-22 и AB-PINACA, но они уже не в новинку, я так понимаю Если надо - выложу.

[alexlp]

Ранее опубликованные библиотеки SUDMED и AAFS2012 теперь в формате НИСТСёч.
Содержимое архивов следует скопировать в соответствующую папку, например C:\NIST11\MSSEARCH, запустить НистСёч и добавить библиотеки через меню:
Options\Library Search options вкладка Libraries.

Библиотеки Cayman и SWGDrugs в этом формате доступны на соответствующих сайтах. Ссылки для загрузки опубликованы ранее.

И попутно вопрос к Коллегам: располагает ли кто рускоязычным мануалом к НИСТСёч и МС-Интерпретер? Поделитесь пожалуйста!

Сообщение отредактировал alexlp - 20.10.2013 - 18:54

[KNIISE]

Официальных русскоязычных мануалов пока нет, вот что попадалось:
+Полезная страница коллег по работе с АМДИСом

[Anthony_Hunter]

Здравствуйте, коллеги.
Вот, если интересно, выкладываю библиотеку под АМДИС. В ней пентафторпропионовые производные BP-22, PB-22F и BB-22.
Скоро добавлю AB-PINACA, AB-FUBINACA и FUB-PB-22.
Т.е. пробоподготовка проводилась точно как на THC-COOH в пентафторпропионовых производных.

Сообщение отредактировал Anthony_Hunter - 21.10.2013 - 16:12