[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[A58]

Здравствуйте!

Лучше брать аптечную вощенную бумажку, называется - капсулаторка...
Там почти нет изо-форм. Помыть бумажку размером 1 на 1 см в 5 мл гексана и будет Вам счастье...

Да уж! "Голь на выдумки хитра" . Это-ж патентовать надо!

[alexlp]

на 5,7 минуте вещество - Si производное 1-(4-фторбензил)-1H-индол-3-карбоновой кислоты - вероятного метаболита QCBL-BZ-F (8-оксихинолиновой фубинаки).

Получено из нативного вещества

Name: FUB-PB-22 marker TMS
Formula: C19H20FNO2Si
MW: 341 Exact Mass: 341.124733 ID#: 761 DB: sudmed_758_nistlib_20131112
Contributor: SUDMED.RU:Korvet&Alexlp
Comment:
10 largest peaks:
282 999 | 341 968 | 326 681 | 342 249 | 283 235 |
252 233 | 327 174 | 173 107 | 143 100 | 115 96 |
Synonyms:
1.QCBL-BZ-F metabolit TMS
2.1-(4-fluorobenzyl)-1H-indole-3-carboxylic acid TMS

Estimated non-polar retention index (n-alkane scale):
Value: 2255 iu
Confidence interval (Diverse functional groups): 89(50%) 382(95%) iu

Спектр будет внесен в очередную версию объединенной библиотеки SUDMED.

PS: RI:2526.00 (колонка НР-5мс 30 0,25 0,25) - from KORVET

Сообщение отредактировал alexlp - 13.11.2013 - 08:47

[alexlp]

Коллеги!
Хотелось бы включить в объединенную библиотеку спектры 11-Nor-9-carboxy-D9-tetrahydrocannabinol в виде различных дериватов, но спектры открытые, не коммерческие - "contributed".
Кто знает, где есть такие?

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Обновлена очередная редакция сводной библиотеки. Она пополнена следующими структурами:
1 su Pregabalin cyclic artefact
2 su Diphenylamine
3 su THJ-018
4 su THJ-2201
5 su N,N-Diethyl-2-(1-pentyl-1H-indol-3-yl)-4-thiazolemethanamine
6 su N-(2-Methoxyethyl),N-iso-propyl-2-(1-pentyl-1H-indol-3-yl)-4-thiazolemethanamine
7 su FUB-PB-22 marker TMS

Кроме того я почистил "кракозябры" в именах и комментах некоторых структур.
Наконец решена проблема получения файла с полным текстовым перечнем содержимого библиотеки: это оказалось очень просто сделать через нистсёч. Появился еще пдф файлик с перечнем вновь внесенных позиций.

На днях обновим сборник кастомных минибаз.

Буду очень благодарен коллегам за предложения по редактированию содержимого сводной библиотеки на предмет удаления повторяющихся и не корректных спектров, дополнении библиотеки структурами *.mol, CAS номерами и индексами удерживания.

[Korvet]

13.76 метилированный метаболит FUB-PB-22, а вот на 15.132 по всей видимости его гидроксилированный метаболит (то же разумеется метилированный), гидроксилирование по всей видимости пошло в индольное кольцо, ибо 109 есть в спектре, а значит что фторбензил не затронут.

хроматограмма и предположения предоставлены Северским бюро СМЭ.

[Korvet]

да и вообще там этих метаболитов кажется как грязи...добротный образец...но эти два основные...

[alexlp]

да и вообще там этих метаболитов кажется как грязи...добротный образец...но эти два основные...

Отличный образец! Теперь ждем ТМС

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

На сайте NIST появилась прекрасная программка для автоматической оцифровки графических спектров http://chemdata.nist.gov/mass-spc/digitizer/
Описание - на читаемом английском.

Обновилась и AMDIS (Version 2.71, July 2012 Release).
NEW FEATURES

Depending on what version of AMDIS you have some of these may not be
new to you. The current version is 2.71.

Batch processing has been improved. It is now possible now to assign
different settings for the each task in the batch processing.

Support for eastern languages has been added. Names of the files will
be shown correctly, if the operating system is set to support the
language.

Support for the MZXML format is implemented. MZXML and MZDATA files
can be analyzed if the files include mass spectral information.

AMDIS can now process larger libraries. To aid in the clarity many
small changes in output names have been made. Additional calculations
for area are done. Many minor bug fixes have been introduced.

You can now search using only the reverse match
(Analyze/Settings/Identif/ check "Only reverse search"). In addition
SIM data is correctly processed (Analyze/Settings/Instrument select
SIM under instrument type. Be sure to indicate the scan direction)

It is possible to select a single ion for quantitation. In the Library
Compound Editor put the m/z value you want to use to get areas in the
box marked Ref. Ion. The program will then calculate the fraction of
the total ion current deconvoluted for a component that is associated
with this ion.

It is now possible to suppress the use of the TIC. For very complex
chromatograms this can be valuable. To do so, select Omit m/z in the
Analyze/Settings/Deconvolution and enter the value 0 for the mass.

Many minor improvements have been added and some bugs have been fixed.

Я бы отметил поддержку восточных языков, поддержку больших библиотек, возможность выбора только реверсивного поиска и отключение использования TIC в качестве модели (я так понял), что может быть полезно для very complex
chromatograms.

Попробуем...

Сообщение отредактировал alexlp - 25.11.2013 - 08:45

[Korvet]

спасибо! а что-то я все равно не могу открыть файлы от масс-хантера (MZXML format) в амдисе...кто нибудь это умеет делать?

[KSS17]

Здравствуйте!
2.71 большую библиотеку так и не переварил... Испытал на Вилей7.

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Обновлена очередная редакция сводной библиотеки SUDMED_767_NISTLIB_20131125 , SUDMED_767_AMDISTLIB_20131125.
Добавлены 11 спектров:
7 спектров по последнему постановлению 998:
1 MT-45
2 a-PVT
3 alfa-PVT
4 5-IT
5 AH 7921
6 AH-7921
7 5-IT
и
8 ADBICA
9 ADBICA-F
10 FUB_PB_22_M_OH_Me
11 Токоферол ацетат

Удалены 2 спектра первоначальной редакции (они были откорректированы и загружены повторно автором ранее)
AB-PINACA-M1 (COOH), methyl-
AB-PINACA-M1 (COOH), TMS-

Добавлены некоторые структурные формулы.

Обновлен сборник кастомных минибаз AMDISLIB_20131125.

Буду очень благодарен коллегам за предложения по редактированию содержимого сводной библиотеки на предмет удаления повторяющихся и не корректных спектров, дополнении библиотеки структурами *.mol, CAS номерами и индексами удерживания.

[alexlp]

Здравствуйте!
2.71 большую библиотеку так и не переварил... Испытал на Вилей7.

А через Search NIST Library... не пробовали?
Ну очень замечательная опция! К тому же можно подключать сразу несколько библиотек!

[KNIISE]

спасибо! а что-то я все равно не могу открыть файлы от масс-хантера (MZXML format) в амдисе...кто нибудь это умеет делать?

Вроде открываются в MS Search

[alexlp]

спасибо! а что-то я все равно не могу открыть файлы от масс-хантера (MZXML format) в амдисе...кто нибудь это умеет делать?

Этот формат в списке доступных в меню Open присутствует. И не открывается? Выложите какой нибуть короткий файлик в этом формате.

Сообщение отредактировал alexlp - 25.11.2013 - 21:04

[RedPepper]

Этот формат в списке доступных в меню Open присутствует. И не открывается?

Возможно, в данном случае также, как и с raw-файлами от Thermo - пока не установишь Xcalibur, AMDIS их не открывает...