[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[Korvet]

коротких файлов данный формат не знает!
структура как и у CS, но файлов больше. какой открывать неизвестно...

[Deminolog]

А вот фигушки... У меня МассХантер стоит, но не открывает Амдис.
У меня похожая петрушка с Шимадзянскими файлами. Их Амдис вообще не открывал, пока в cdf не переконвертируешь...
Аджилент перехитрили самих себя, блин. Надо будет фирмачей пытать, чтобы рассказали, как с ними бороться

[alexlp]

файлов больше. какой открывать неизвестно...

Вот это и есть ключ к успеху! Надо найти нужный файл!
Как говорил незабвенный Паниковский:"Пилите, Шура! Они золотые!"
На самом деле файл с данными отыскать легко - по весу. Самых тяжелых - три:
MSPeak.bin
MSPeriodicActuals.bin
MSScan.bin
Но они не xml. И этот формат АМДИСу не известен.
Значит нужно экспортировать данные в формате xml, если такая возможность предусмотрены в ПО.

[RedPepper]

Есть подозрение, что ключевым может оказаться CSV-файл, но вообще можно попробовать по очереди открывать самим МассХантером файл за файлом (точнее, сначала все удалить из общей папки, а потом в неё по одному возвращать и пробовать открывать), чтобы определиться окончательно...

[alexlp]

Есть подозрение, что ключевым может оказаться CSV-файл, но вообще можно попробовать по очереди открывать самим МассХантером файл за файлом (точнее, сначала все удалить из общей папки, а потом в неё по одному возвращать и пробовать открывать), чтобы определиться окончательно...

В tic_front.csv однозначно записана хроматограмма по ПИТ. В нем пики невооруженным взглядом видно Но вот МС данные похоже в бинарниках...

[RedPepper]

Korvet, а это точно ВСЕ файлы, которые должны быть - ничего не потерялось?

[Korvet]

не, не потерялось, всю папку с флэшки целиком правой кнопкой заархивил, ранее открывалось в хантере. Пытаемые мною на сей счет сотрудники (agilent) ничего сказать не могут, рекомендовали какой-то триальный софт, но его пока не ставил. сможет ли он конвертировать пока не ясно. вообще это софт обработки данных а не конвертер...похоже это все же не "msxml" формат, на который рассчитан амдис, я тоже заметил что все данные в файле *.bin, может непосредственно его попробовать открыть...

Сообщение отредактировал Korvet - 26.11.2013 - 15:47

[tihonya]

Всем доброго дня

товарищи гуру, не подскажите на счет библиотеки Cayman Spectral Library (CSL)?
можно ли ей доверять, перечень свеженьких веществ там вроде бы приличный...

вот ссылка на нее

https://www.caymanchem.com/app/template/SpectralLibrary.vm

[Korvet]

доверять наверное можно, но можно ли ссылаться в официальных документах - едва ли

[KNIISE]

доверять наверное можно, но можно ли ссылаться в официальных документах - едва ли

А по мне - можно, также как на всех остальных (при этом расписать их регалии).
Кайман обновился:

Сообщение отредактировал KNIISE - 28.11.2013 - 18:48

[alexlp]

Кайман обновился:

Коллеги!
Будем переносить в SUDMED новые спектры из Каймана? Какие будут предложения?

[Korvet]

по мне так не стоит, все поисковые программы позволяют цеплять несколько БД...да и так лучше видно будет откуда спектр, если все по отдельности...спектры каймана постоянно обновляются, проще брать их сайта, то же и SWG....

[alexlp]

по мне так не стоит, все поисковые программы позволяют цеплять несколько БД...да и так лучше видно будет откуда спектр, если все по отдельности...спектры каймана постоянно обновляются, проще брать их сайта, то же и SWG....

А как к АМДИСУ прикрутить пару библиотек, чтобы использовать его, а не нистовский, алгоритм с начислением пенальти? Я - не знаю.
Полагаю, что спектры вновь внесенных в списки, или планируемых к внесению, равно как и метаболиты уже внесенных были бы не лишние в объединенной библиотеке.
Пока - только два мнения.

ЗЫ: Кстати, SUDMED уже в полтора раза толще Каймана

[KNIISE]

по мне так не стоит....

Поддерживаю.

Не помню, может уже когда то выкладывал TIAFTовскую фармподборку TMS-производных (когда то была выставлена на их сайте):

[Korvet]

спасибо! а что-то я все равно не могу открыть файлы от масс-хантера (MZXML format) в амдисе...кто нибудь это умеет делать?

способ нашелся!все оказалось проще, оказалось сам масс-хантер может конвертировать в этот самый формат MZXML, а вот этот файл уже может быть открыт в амдисе...странно что я раньше этого не нашел!