Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

Форум судебных медиков России
41 страниц V « < 18 19 20 21 > »   
>

Библиотеки масс-спектров, Масс-спектры сравнения, базы данных

Рейтинг  5
>
alexlp
сообщение 16.06.2008 - 21:41
Сообщение #1 (закреплено)


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35


Прикрепленные файлы
Судебная медицина - Прикрепленный файл  SUDMED_NNCN_20141108_2.zip ( 14.45 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  4102
Судебная медицина - Прикрепленный файл  SUDMED_MS_SETUP.pdf ( 404.04 килобайт ) Кол-во скачиваний:  1084
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_lib_20191231.pdf ( 634.57 килобайт ) Кол-во скачиваний:  897
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_amdislib_20191231.zip ( 1.16 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  671
Судебная медицина - Прикрепленный файл  SUDMED_MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip ( 1.11 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  586
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_nistlib_20191231.zip ( 2.61 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  642
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary.zip ( 1.02 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  606
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_lib_20191231_NEW.pdf ( 245.63 килобайт ) Кол-во скачиваний:  953
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_lib_20191231_eng.pdf ( 581.64 килобайт ) Кол-во скачиваний:  965
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием

>

Библиотеки масс-спектров, Масс-спектры сравнения, базы данных

Рейтинг  5
>
Korvet
сообщение 17.03.2014 - 16:55
Сообщение #281


Магистр форума

Группа: СМЭ
Регистрация: 13.05.2009
Из: Томск
Пользователь №: 14 703


по поводу названий. то что здесь обозначено как THJ, фскн и мвд будут давать как AM(N2)-2201. это индазольный аналог АМ-2201. поэтому я писал АМ(indazol)-2201.

с учетом этим пояснения я думаю стр-ру 915-918 сможете представить сами. Это продукт "вживления" ОН группы в структуру AM(N2)-2201, место "вживления" - алкильная цепь. какой именно атом не известно.

924 - это продукт замещения фтора в молекуле на гидроксил

922-923 - 5- карбокси метаболит то есть CH2-CH2-CH2-CH2-COOH вместо CH2-CH2-CH2-CH2-CH2F исходного

925-926 3- карбокси метаболит то есть -CH2-CH2-COOH вместо CH2-CH2-CH2-CH2-CH2F исходного


то есть получается что никаких повторов нет. Но я бы рекомендовал выдавать так как оно будет выдаваться в заключениях полиции.

Сообщение отредактировал Korvet - 17.03.2014 - 16:57
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
hot_assay
сообщение 17.03.2014 - 17:10
Сообщение #282


Продвинутый участник

Группа: Участники
Регистрация: 10.07.2008
Из: Ярославль
Пользователь №: 9 065


AM(indazol)-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-3$$ = THJ-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-3$$ ?

Цитата(Korvet @ 17.03.2014 - 17:55)
то есть получается что никаких повторов нет.

я имел в виду то, что упомянутые вещества, например, 918 AM(indazol)-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-4$$ и 922 THJ2201-M5 (-COOH) Me, - это метаболиты одного и того же вещества, обозначенного по-разному.

Сообщение отредактировал hot_assay - 17.03.2014 - 17:12
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Korvet
сообщение 17.03.2014 - 17:23
Сообщение #283


Магистр форума

Группа: СМЭ
Регистрация: 13.05.2009
Из: Томск
Пользователь №: 14 703


как-то трудно знать что Вы имели в виду. в вашем первом вопросе не было никакого
THJ-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-3


было вот так:
915 AM(indazol)-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-3$$
916 AM(indazol)-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-2$$
917 AM(indazol)-2201-C5-chain-OH-TMS-iso1$$
918 AM(indazol)-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-4$$
922 THJ2201-M5 (-COOH) Me
923 THJ2201-M5 (-COOH) TMS
924 THJ2201-M1 (5-OH) TMS
925 THJ2201-M (-C2-COOH) TMS
926 THJ2201-M (C2-COOH) Me


AM(indazol)-2201-C5-chain-OH-TMS-iso-4$$ и 922 THJ2201-M5 (-COOH) Me,

это метаболиты одного вещества, но с разной стр-рой и обозначенные по разному
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
hot_assay
сообщение 17.03.2014 - 17:37
Сообщение #284


Продвинутый участник

Группа: Участники
Регистрация: 10.07.2008
Из: Ярославль
Пользователь №: 9 065


Ok, большое спасибо за разъяснения! smile.gif
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 17.03.2014 - 18:28
Сообщение #285


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Цитата(Korvet @ 17.03.2014 - 19:55)
Но я бы рекомендовал выдавать так как оно будет выдаваться в заключениях полиции.


Я полагаю, что в заключении надо выдавать названия в коннотации списков перечня, а в примечаниях - расшифровывать, приводя наиболее употребимые тривиальные названия, и указывая родительские соединения метаболитов.
Это избавит от бессмысленных хождения по судам и взаимопонимание между коллегами и оперативниками. ИМХО.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Korvet
сообщение 17.03.2014 - 19:09
Сообщение #286


Магистр форума

Группа: СМЭ
Регистрация: 13.05.2009
Из: Томск
Пользователь №: 14 703


как указано в перечне так далеко не всегда будет, ибо есть такое понятие "производные", вот АМ(N2)-2201, как раз войдет именно как производное, то есть явно в перечне его не будет. так что надо ориентироваться на то как оно будет выдаваться мвд\фскн.

мвд\фскн будут работать либо по АИПСИН, либо по ЕКБДРАГС, и там и там названия будут такие как они сейчас есть в беларусском перечне НСПВ, потому что там вся зараза появляется быстрее чем у нас, там же и формируется АИПСИН.

беларусский перечень доступен здесь

http://mvd.gov.by/ru/main.aspx?guid=151563

вот такой подход мне кажется избавит от недопонимания


Сообщение отредактировал KSS17 - 20.03.2014 - 20:52
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 18.03.2014 - 07:28
Сообщение #287


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Да, именно не понимание специфики имеет место быть. Простой пример из практики работы суд-хим отделения.
Был период, когда нас просто "задолбали" вызовами экспертов в суд по "алкогольным" актам. В подавляющем большинстве случаев вопрос был обескураживающим: "Скажите, этанол - это этиловый спирт?". Ответ: "Да". "Спасибо"....
Стоило в шаблоне заключения изменить фразу "...(не) обнаружен этанол..." на "...(не) обнаружен этиловый спирт..." как вызовы в суды прекратились навсегда. С тех пор стараемся отслеживать все новеллы законодателей и вовремя менять формулировки, например промилле заменять на г/л. Лучше написать лишних 10 букв, чем таскаться по судам. И клава не развалится, если напечатать, что вещество 1 является метаболитом вещества 2, которое является производным наркотического вещества 3, записав последнее в нотации перечня. Тривиальные названия удобны для общения специалистов, юридические - для юристов.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
marko
сообщение 18.03.2014 - 19:28
Сообщение #288


Претендент

Группа: Химики-аналитики
Регистрация: 3.07.2013
Пользователь №: 37 130


Здравствуйте!
Если индазольный вариант называется АМ(N2)2201, то как в ФСКН и МВД называют бензимидазольное производное? На сайте уже было упоминание про BIM2201, а как в действительности.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 18.03.2014 - 19:29
Сообщение #289


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Цитата(marko @ 18.03.2014 - 22:28)
Здравствуйте!
Если индазольный вариант называется АМ(N2)2201, то как в ФСКН и МВД называют бензимидазольное производное? На сайте уже было упоминание про BIM2201, а как в действительности.

Криминалисты ФСКН называют его BIM2201. Как его зовут на рынке еще не знаю.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
marko
сообщение 18.03.2014 - 19:43
Сообщение #290


Претендент

Группа: Химики-аналитики
Регистрация: 3.07.2013
Пользователь №: 37 130


Спасибо!
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 26.03.2014 - 10:16
Сообщение #291


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Уважаемые Коллеги!

На скору руку оцифровал спектры метаболитов 3-6 THJ2201 из статьи уважаемого Шевырина с соавторами. Надеюсь авторы не будут возражать против этого?

В архиве, как всегда, спектры в формате библиотеки НИСТсёчь со структурами и библиотечки для АМДИС.

Буду благодарен за замечания и исправления замеченных ошибок.

PS: Оцифровка проведена программой NIST Spectrum Digitizer

Сообщение отредактировал alexlp - 26.03.2014 - 11:05


Прикрепленные файлы
Судебная медицина - Прикрепленный файл  SHVR_THJ_004_LIB_20140326.zip ( 52.68 килобайт ) Кол-во скачиваний:  391
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 26.03.2014 - 11:12
Сообщение #292


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Цитата(marko @ 18.03.2014 - 22:28)
Здравствуйте!
Если индазольный вариант называется АМ(N2)2201, то как в ФСКН и МВД называют бензимидазольное производное? На сайте уже было упоминание про BIM2201, а как в действительности.

Наши зарубежные коллеги называют его FUBIMINA.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
hot_assay
сообщение 27.03.2014 - 16:19
Сообщение #293


Продвинутый участник

Группа: Участники
Регистрация: 10.07.2008
Из: Ярославль
Пользователь №: 9 065


Цитата(Korvet @ 5.03.2014 - 20:03)
ну я вроде послал свои соображения.

1. предлагаю 5F-AMB называть так как он уже вошел в базы данных криминалистов
индольный собрат будет называтся MMB-2201, индазольный будет MMB(N)-2201.


Подскажите, а в какие именно базы данных криминалистов он вошёл?
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Korvet
сообщение 27.03.2014 - 21:24
Сообщение #294


Магистр форума

Группа: СМЭ
Регистрация: 13.05.2009
Из: Томск
Пользователь №: 14 703


я думаю ЕКБдрагс, если еще будет сущестовать, то туда и точно в АИПСИН.
кстати стр-ра подтверждена на ЯМР, ВЭЖХ-МСВР, в Екатеринбурге
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
hot_assay
сообщение 27.03.2014 - 21:32
Сообщение #295


Продвинутый участник

Группа: Участники
Регистрация: 10.07.2008
Из: Ярославль
Пользователь №: 9 065


Спасибо!
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием

41 страниц V « < 18 19 20 21 > » 



- Обратная связь Сейчас: 24.06.2025 - 11:55