[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[Tatarin_116]

По поводу высказанного выше "...Нет в NIST11 спектров PVP, MDPV..." не соглашусь, поскольку их есть в лицухе)))

[Tatarin_116]

А на счет использования в практике "Очередное пополнение библиотеки - 8 спектров из rf-des_drug_17.09.2014..." тоже бы предостерег пользователей, поскольку, к сожалению, представленные в ней спектры (в частности эти 8) не подтверждены автором другими методами, в частности: МС высокого разрешения, ЯМР и ИК-спектроскопией... Бумага как правило стерпит все, но случаи широкого пользования этого "некоммерческого" продукта довольно плачевны... Так на одной из конференций мне и многим моим коллегам другой наш "коллега" (специалист по аналогам) доказывал структуру пресловутого РР-2201 пропустив при этом приставку "Presumably"... Прецеденты все же есть с использованием rf-des_drug...

[alexlp]

А на счет использования в практике "Очередное пополнение библиотеки - 8 спектров из rf-des_drug_17.09.2014..." тоже бы предостерег пользователей, поскольку, к сожалению, представленные в ней спектры (в частности эти 8) не подтверждены автором другими методами, в частности: МС высокого разрешения, ЯМР и ИК-спектроскопией... Бумага как правило стерпит все, но случаи широкого пользования этого "некоммерческого" продукта довольно плачевны... Так на одной из конференций мне и многим моим коллегам другой наш "коллега" (специалист по аналогам) доказывал структуру пресловутого РР-2201 пропустив при этом приставку "Presumably"... Прецеденты все же есть с использованием rf-des_drug...

Подскажите альтернативу!

[Tatarin_116]

Подскажите альтернативу!

Альтернатива есть всегда: 1) либо сами досконально с использованием вышеприваеденных методов (ГХ, МС-ВР, ЯМР, ИК) исследуете стр-ру обсуждаемых субстратов, которые прежде придется выделить (в случае отсутствия нативного вещества) либо препаративной ТСХ (долгими осенними вечерами), либо препаративной ВЭЖХ, а далее привести все (+) и (-) в отношении исследуемых структур (например, в Вашей статье), либо 2) приобретаете легитимную базу данных АИПСИН, либо 3)если вещества нет АИПСИНЕ делаете все возможное для установления стр-ры вещества по п.1. и находите единомышленников и специалистов, которые помогут Вам разобраться с тем, с чем Вы разбираетесь в силу своей специфики чуть по-другому, нежели они... и... получается п.1, ну и еще есть масса вариантов

[Nayk]

другой наш "коллега" (специалист по аналогам) доказывал структуру пресловутого РР-2201 пропустив при этом приставку "Presumably"... Прецеденты все же есть с использованием rf-des_drug...

Нет в случае РР это не к моей базе... Этот РР был везде кроме моей базы, где всегда была верная структура бензимидазола.
И с недавнего времени мы подтверждаем структуры методом ЯМР (о чем добавляем пометки)
Вообще цели и задачи базы сообщить с чем имеешь дело, доказывание структуры лежит на эксперте. Ситуация будет меняться с увеличением подтвержденных ЯМР спектров

Сообщение отредактировал Nayk - 30.09.2014 - 22:38

[alexlp]

пропустив при этом приставку "Presumably"...

И с недавнего времени мы подтверждаем структуры методом ЯМР (о чем добавляем пометки)
Вообще цели и задачи базы сообщить с чем имеешь дело, доказывание структуры лежит на эксперте.

Собственно - решение озвучено! Пометки об уровне подтвержденности спектра.
Tag для NISTSearch - Confirmed=:
Model/Proposal/Presumably;
MS;
MS/MS;
MSHR;
NMR....

Возможно, есть смысл добавлять знаки ? перед названием спектра для уровня Proposal/Presumably/Model.

PS: Пара картинок о том, как пользоваться тегами в нистсёч
https://www.dropbox.com/s/ipdgmwu7uft02k3/N...TAGS_2.png?dl=0
https://www.dropbox.com/s/h5mc5x6uogiw5lj/N...TAGS_1.png?dl=0

Сообщение отредактировал alexlp - 1.10.2014 - 07:20

[Tatarin_116]

Ну и еще один вариант, хе-хе тоже типа "альтернативы" CSL v09292014. Большинство присутствующих в этой ветке форума, вероятно, просто тупо скачивают предоставляемую Вами информацию, а уж никак не заморачиваются с редактированием тегов в нист-сёч))) улыбнуло

Сообщение отредактировал Tatarin_116 - 1.10.2014 - 08:08

[alexlp]

Ну и еще один вариант, хе-хе тоже типа "альтернативы" CSL v09292014. Большинство присутствующих в этой ветке форума, вероятно, просто тупо скачивают предоставляемую Вами информацию, а уж никак не заморачиваются с редактированием тегов в нист-сёч))) улыбнуло

Теги нужны как составителям, так и пользователям.
Пользователям - для понимания того, с чем имеют дело, составителям - для того, чтобы пользователи понимали, с чем имеют дело.

CSL v09292014 - не есть полноценная альтернатива, т.к. в большинстве случаев их спектры имеют лишь историческое значение....
К тому же они не предоставляют спектры дериватов, и круг метаболитов у них - весьма узок....

[Tatarin_116]

Теги нужны как составителям, так и пользователям.
Пользователям - для понимания того, с чем имеют дело, составителям - для того, чтобы пользователи понимали, с чем имеют дело.

CSL v09292014 - не есть полноценная альтернатива, т.к. в большинстве случаев их спектры имеют лишь историческое значение....
К тому же они не предоставляют спектры дериватов, и круг метаболитов у них - весьма узок....

Соглашусь с Вами коллега по каждому из пунктов, но в действительности "пользователи" не понимают с чем имеют дело, а уж про исторический аспект CSL v09292014 - как-то совсем слишком. Те же самые дериваты можно ожидать по определенным схемам, поскольку классы наиболее распространенных в настоящее время психоактивов ограничены замещенными 3-карбонилиндолами/индазолами, 3-карбамаилиндолами/индазолами, либо 3-карбоксииндолами. И эти задачки, зачастую, легко решают студенты (предложить стр-ру исходя из масс-спектра наиболее близких соединений) зная закономерности фрагментации... А подтверждение МС-спектра методом ЯМР считаю необходимым условием для его включения в библиотеку. И еще не надо бояться потратить денег на приобретение нормального легитимного продукта, чем пользоваться библиотеками типа "ОБС"... Не все мысли дальше буду озвучивать в слух, поскольку в ветке очень много откровенной лажи т.н. "пользователей" и, кроме того, ее читает потенциальный "противник"

Сообщение отредактировал Tatarin_116 - 1.10.2014 - 08:33

[alexlp]

CSL v09292014

CaymanSpectralLibrary-AMDIS_v09292014.zip

[alexlp]

...но в действительности "пользователи" не понимают с чем имеют дело...

Это, увы, недоработка составителей. Нужно разъяснять, спускаться, так сказать, на землю...
Но пользователям нужно решать повседневные задачи, а не отвечать наркоконтролю: "вот выйдет спектр метаболита в Каймане, тогда и приходите!".
Последствия - предсказуемы...
Задачка будет решаться с помощью тест-полосок неизвестного происхождения порезанными надвое для экономии... Заодно и штатку порежут за ненадобностью...

[Tatarin_116]

Это, увы, недоработка составителей. Нужно разъяснять, спускаться, так сказать, на землю...
Но пользователям нужно решать повседневные задачи, а не отвечать наркоконтролю: "вот выйдет спектр метаболита в Каймане, тогда и приходите!".
Последствия - предсказуемы...
Задачка будет решаться с помощью тест-полосок неизвестного происхождения порезанными надвое для экономии... Заодно и штатку порежут за ненадобностью...

Это точно, главное охватить как можно большее "поголовье тестируемых" и списать на эти нужды побольше денюшек, общее количество которых превзойдет стоимость настольного МС-НР и легитимного программного продукта...

[alexlp]

Это точно, главное охватить как можно большее "поголовье тестируемых" и списать на эти нужды побольше денюшек, общее количество которых превзойдет стоимость настольного МС-НР и легитимного программного продукта...

угу...

[RedPepper]

Это, увы, недоработка составителей. Нужно разъяснять, спускаться, так сказать, на землю...

Думаете, что никто не пробовал это делать?.. Не хочу вас расстраивать, но уже пробовали и по-всякому... Поверьте - большинство и слышать ничего не хочет - поэтому в своё время и пришлось отказаться от "presumably" и выкладывания в открытый доступ неподтверждённых аналитических данных. Думаю, вы и сами со временем к этому придёте - у большинства из нас в крови учиться только на своих ошибках...

[Tatarin_116]

Да на каждом семинаре, на всяких конференциях и междусобойчиках твердим об этом, предварительно задавая вопрос: "откуда у вас эти данные", на что следует отсылка к неподтвержденным источникам..., но потом как выясняется... А по поводу "требований" МВД и ФСКН, извините кончено, но Вы зря... Кто бы ни настаивал, если нет официальной (как хочешь назови: легитимной, подтвержденной в статье, либо в информационном письме Главка) информации, извините (еще раз)... идите лесом... Потому как отвечает по 73-ФЗ сам эксперт, а не его руководитель, и если руководитель грамотный, то он никогда не будет выжимать из своего подчиненного "ну напиши там чего-нибудь", ведь в соседнем регионе (либо в наркологии) эксперты уже написали про ...Бла-Бла-Бла...

Сообщение отредактировал Tatarin_116 - 1.10.2014 - 09:05