[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[alexlp]

Состав пакета библиотек масс-спектров
SUDMED_NNCN_20141108 (13.47 мегабайт)

к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ
«ИДЕНТИФИКАЦИЯ НАРКОТИЧЕСКИХ И ПСИХОАКТИВНЫХ ВЕЩЕСТВ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЯХ И ВОЛОСАХ МЕТОДОМ ГАЗОВОЙ ХРОМАТОГРАФИИ С МАСС-СЕЛЕКТИВНЫМ ДЕТЕКТИРОВАНИЕМ»,
«ОБНАРУЖЕНИЯ МЕТАБОЛИТОВ СИНТЕТИЧЕСКИХ КАННАБИМИМЕТИКОВ В МОЧЕ ВОЛОСАХ И СЫВОРОТКЕ КРОВИ МЕТОДОМ ГАЗОВОЙ ХРОМАТОГРАФИИ С МАСС-СЕЛЕКТИВНЫМ ДЕТЕКТИРОАВАНИЕМ»,
«ОБНАРУЖЕНИЕ СИНТЕТИЧЕСКИХ КАННАБИМИМЕТИКОВ, НАРКОТИЧЕСКИХ, ПСИХОАКТИВНЫХ ВЕЩЕСТВ И ИХ МЕТАБОЛИТОВ В МОЧЕ, ВОЛОСАХ И НОГТЯХ МЕТОДАМИ ЖИДКОСТНОЙ ХРОМАТОГРАФИИ С МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИМ ДЕТЕКТИРОВАНИЕМ»

адрес постоянного размещения пакета http://www.sudmed.ru/index.php?showtopic=6924

1. Cводная библиотека масс-спектров SUDMED_1465:
SUDMED_1465_NISTLIB_20141026 - библиотека в формате NIST Search
SUDMED_1465_AMDISLIB_20141026 - библиотека в формате AMDIS
SUDMED_1465_ACSLIB_20141026 - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)
SUDMED_1465_20141026_list.pdf - список содержимого библиотеки
Сводная библиотека включает 1465 спектров метаболитов преимущественно в виде триметилсилильных и метильных дериватов, включает многие рабочие структуры и линейные индексы удерживания.
В сводную библиотеку вошли спектры опубликованные для свободного использования в открытых источниках, в том числе в библиотеках CAYMANSPECTRALLIBRARY, SWGDRUG, rf-des_drug, pub_cann, на интернет ресурсе sudmed.ru, в научных публикациях.

2. SUDMED_LC-MS-MS.CDB - база данных масс-спектров соударений высокого разрешения в формате ПО MassHunter, включающая информацию о веществах и их структурах.
Библиотека включает спектры метаболитов, нативных веществ "дизайнерских наркотиков" наиболее часто встречающихся в практике химико-токсикологической лаборатории
В библиотеку вошли спектры опубликованные, в научных публикациях, а также спектры проверенные с помощью базы данных Broecker, Herre, and Pragst master forensic and toxicology accurate mass compound database with accurate mass MS/MS spectra.

3. PUB_SAV50_SUDMED_464_AMDISLIB_20141027 - библиотека включает 464 спектра наркотических и психоактивных веществ и их метаболитов в формате AMDIS с фиксированными временами удерживания (RTL) для колонок HP-5ms и VF-5ms (Agilent, 30 м Ч 0.25 мм Ч 0.25 мкм) соответственно к информационным письмам ННЦН. В библиотеку включены только практически значимые аналиты;

4. PUB_SAV_TMSR4_SUDMED_156_AMDISLIB_20141027 - библиотека включает 156 спектров ТМС-производных наркотических и психоактивных веществ и ТМС-производных их метаболитов в формате AMDIS с фиксированными временами удерживания (RTL) для колонок HP-5ms и VF-5ms (Agilent, 30 м Ч 0.25 мм Ч 0.25 мкм) соответственно к информационным письмам ННЦН. В библиотеку включены только практически значимые аналиты;;

5. PUB_PB_FUB_CHM_ALL_V8_SUDMED_114_AMDISLIB_20141027 - библиотека включает 114 спектров синтетических каннабимиметиков (в основнов в виде ПФП и ТМС производных) в формате AMDIS с фиксированными временами удерживания (RTL) для колонок HP-5ms и VF-5ms (Agilent, 30 м Ч 0.25 мм Ч 0.25 мкм) соответственно к информационным письмам ННЦН. В библиотеку включены только практически значимые аналиты;


Составители и авторы библиотек масс-спектров:
Григорьев Андрей Михайлович (Белгород, СХО),
Катаев Сергей Сергеевич (Пермь, СХО),
Васильев Андрей Борисович (Чебоксары, РНД),
Мелентьев Алексей  Борисович (Челябинск, СХО),
Лабутин Андрей Валерьевич (Томск, КДЛ),
Печников Александр Леонидович (Салехард, СХО), 
Неверо Александр Сергеевич (Минск, ГКСЭ),
Шитов Леонид Николаевич (Ярославль, ХТЛ),
Шевырин Вадим Анатольевич (Екатеринбург, БЭКО УФСКН),
Гофенберг Мария Александровна (Екатеринбург, КДЛ),
Мелкозеров  Владимир Петрович (Екатеринбург, ЭКЦ МВД),
Снятков Александр Валерьевич (Владимир, СХО),
Колосова Мария Викторовна (Красноярск, КДЛ),
Самышкина Наталья Васильевна (Новый Уренгой, КДЛ),
Малышкина Анна Павловна (Ноябрьск, КДЛ),
Ризванова Лилия Наджиповна (Нижневартовск, КДЛ),
Подоленко Елена Викторовна (Сургут, КДЛ),
Джурко Ю. А. (г.Ярославль, СХО).

Составитель-редактор SUDMED_1465: Печников А.Л. [email protected] (Салехард, СХО), 

Составитель-редактор SUDMED_LC-MS-MS: Лабутин А. В. [email protected] (Томск, КДЛ)

Составитель-редактор SAV50/SAV_TMSR4/PB_FUB_CHM_ALL_V8: Савчук С. А. (Москва, ННЦН)

Сообщение отредактировал alexlp - 13.11.2014 - 21:30

[Korvet]

ТМС-метаболит (пробирочная версия) MDMB-BZ-F (с друзьями)

если уже было пардон за повтор

[alexlp]

ТМС-метаболит (пробирочная версия) MDMB-BZ-F (с друзьями)

если уже было пардон за повтор

А пробирочная - это с цитохромами? А где взяли?

[Korvet]

да, очень распространенный вид цитохром, 10н КОН называется...

пробирочная имеется в виду из нативки с минеральным гидролизом!

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Проект SUDMED продолжает развиваться.
После серии проб и ошибок, как будто, получилась неплохая объединенная сборка.
В нее вошли 695 спектров из библиотек последнего пакета:
1. PUB_SAV50_SUDMED_464_AMDISLIB_20141027
2. PUB_SAV_TMSR4_SUDMED_156_AMDISLIB_20141027
3. PUB_PB_FUB_CHM_ALL_V8_SUDMED_114_AMDISLIB_20141027
плюс еще два спектра метаболитов MDMB(N)-2201.

Библиотеки включены в авторской редакции.
Из сборки удалены все повторения, и она похудела по сравнению с первоисточниками на 85 спектров.

Так же появился файлик-инструкция по установке библиотек ReadMe.txt следующего содержания:

Установка пакета библиотек SUDMED_2116
Сперва распакуйте архивы в какую-либо папку.
Затем:
1. Содержимое архива SUDMED_2116_AMDISLIB_20141120.zip скопируйте в папку C:\NIST11\AMDIS32\LIB (там по умолчанию хранятся библиотеки AMDIS) или в папку c:\Database (как Вам удобнее).
Затем следует установить эту библиотеку в АМДИС, для этого откройте Analyze|Setting и выберите вкладку Libr. Затем выделите Target Compaunds Library и нажмите кнопку Select New. Выберите SUDMED_2116_AMDISLIB_20141120.MSL (или перейдите сперва в ту папку, в которую Вы поместили библиотеку, и затем выберите ее);

2. Содержимое архива SUDMED_2116_ACSLIB_20141120.zip скопируйте в папку c:\Database.
Установите эту библиотеку в ваш метод хемстанции. Для этого в Enhanced Data Analysis откройте Spectrum|Select Library, нажмите Browse и выберите SUDMED_2116_ACSLIB_20141120.L;

3. Содержимое архива SUDMED_2116_NISTLIB_20141120.zip скопируйте в папку C:\NIST11\NISTSEARCH.
Возможно у Вас папка NIST11 называется по иному, например NIST14 или NIST08.
Установите эту библиотеку, для этого в программе NIST MS Search откройте Option|Library Search Option, затем выберите вкладку Libraries, в окне Available Libs выберите SUDMED_2116_NISTLIB_20141120 и нажмите >>Add>>.

Обращаю ваше внимание, что пакет библиотек масс-спектров SUDMED_NNCN_20141108 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ остается на прежнем месте и продолжает оставаться, на сегодня, легитимным источником, на который и следует ссылаться.

Сводная библиотека SUDMED продолжает свое развитие и, по мере выхода новых постановлений Правительства, новые версии SUDMED будут включаться в новые версии информационных писем, как и предусмотрено решением прошедшего Семинара.

PS: В связи с ограничением на размер прикрепляемых файлов пришлось убрать из постоянной раздачи архив исходных малых библиотек. Но по запросу он всегда может быть предоставлен или загружен по ссылке https://www.dropbox.com/s/gt5iib0eepmplba/A...141108.zip?dl=0

[alexlp]

Получили АИПСИН.
Первые впечатления.
С точки зрения информационного наполнения - выше всяких похвал! Это не только полная информация о физ-хим свойствах, номенклатуре и т.п., но и полный легальный статус в СНГ, Балтии и Европе, а так же подборка литературы по каждому соединению! Спектры, формулы, фрагментация, картинки коробочек и таблеток и много-много-много всего! И все это регулярно обновляется!
Появилось много спектров дериватов и дериватов метаболитов СК. Он без проблем справляется с метаболитами PB, например.
Теперь о разочарованиях.
АИПСИН больше не содержит библиотеку в свободном формате, т.е. закрыта возможность использования библиотеки в АМДИСе, НИСТе, Хемстанции....
В системе теперь только фирменный идентификатор. Он выдает шикарный интеллектуальный продукт с формулами, фрагментацией и списком литературы. Просто искусственный интеллект эксперта! Правда здорово и очень добротно!
Но алгоритм обработки хроматограмм откровенно убогий. Простое интегрирование, какой-то матч фактор, без объяснения критериев выявления подобия и возможность усреднения спектра на участке хроматограммы. Можно подстроить уровень мачфактора, минимальный сигнал/шум и ширину пика. И еще варианты разделения неподеленных пиков. Про деконволюцию можно забыть.
Предлагается параллельно использовать АМДИС: "Тем более , что идентификатор работает со сложными матрицами на минимальных уровнях сигнал/шум и в настоящее время используются без нареканий в суд-мед. экспертизе, наркологии и токсикологии, как РБ , так РФ...."

Вот такие первые восхищения и разочарования...

ЗЫ: Спектры наших уважаемых коллег-форумчан в базе присутствуют...

Сообщение отредактировал alexlp - 25.11.2014 - 22:54

[RedPepper]

какой-то матч фактор, без объяснения критериев выявления подобия

Как я понимаю, алгоритм расчёта матч-фактора в АИПСИНе аналогичен нистовскому...

...без ... возможность усреднения спектра на участке хроматограммы.

Да есть там возможность усреднения спектра - пользуюсь постоянно (пощёлкайте правой клавишей мыши на хроматограмме)...
И вычитание фона прикольно придумано - после интегрирования пика (не важно - в автоматическом или ручном режиме) можно просто протянуть мышкой поверх пика - выделятся зоны нулевой до и после пика...

[RedPepper]

А вообще, по опыту личного общения с разработчиками, они открыты для всех и готовы принимать к реализации практически любые здравые и обоснованные предложения по дополнению функционала своего программного продукта - так, по крайней мере, работаем с ними мы... Да, не всё быстро у них получается (по объективным, на мой взгляд, причинам), но они стараются... IMHO

[Korvet]

долго думал куда запостить...наверное сюда.

В общем интересный и поучительный случай. полезно будет для тех кто считает что имея только масс-спектр можно уже рисовать стр-ры...но как видно даже высокое разрешение может привести к недоразумениям, для низкого разрешения вероятность подобных ошибок понятное дело значительно выше...все во вложении

[alexlp]

А вообще, по опыту личного общения с разработчиками, они открыты для всех и готовы принимать к реализации практически любые здравые и обоснованные предложения по дополнению функционала своего программного продукта - так, по крайней мере, работаем с ними мы... Да, не всё быстро у них получается (по объективным, на мой взгляд, причинам), но они стараются... IMHO

Подтверждаю, что разработчики открыты к позитивному диалогу.
Собственно видение путей решения проблемы совпало - используя имеющийся механизм передачи спектров выделенных в результате деконволюции компонентов передавать их в формате MSP для обработки из АМДИС в АИПСИН.
Я вижу это таким образом: в АМДИС происходит первичная обработка хроматограммы и идентификация. Затем интересующие аналитика компоненты через "Add component/scan to search list" собираются в этом листе, лист и хроматограмма читаются АИПСИНовским идентификатором, он сличает его со своей базой и выдает красивый, развернутый ответ по известным ему компонентам.
Альтернативно может быть передан в АИПСИН весь набор выделенных компонентов через механизм "Analyze|Search NIST Library".
Это мое видение решения для хроматограмм биологических объектов. Надеюсь - Коллеги меня подправят...

Относительно того, что не все быстро у них получается - то же спорить не буду, т.к. "... Основа этого модуля уже написана. Время его подключения -2-4 апдейт следующего года...".

[Nayk]

долго думал куда запостить...наверное сюда.

Электронный удар то для них существенно отличный....

[Korvet]

Электронный удар то для них существенно отличный....

для них, да, но я то привел просто как пример! наверняка есть тысячи соединения, где на EI и 1Q будут подобные ошибочные "интерпретации", и при том с виду будет казаться что все супер, заметьте, что все линии до одной объясняются на спектре если мы принимаем гипотезу что у нас 4-мес это определяемое вещество, ну а истина при этом где-то в стороне!

[alexlp]

для них, да, но я то привел просто как пример! наверняка есть тысячи соединения, где на EI и 1Q будут подобные ошибочные "интерпретации", и при том с виду будет казаться что все супер, заметьте, что все линии до одной объясняются на спектре если мы принимаем гипотезу что у нас 4-мес это определяемое вещество, ну а истина при этом где-то в стороне!

Ваши предложения?

[Nayk]

Смотреть как минимум двумя разными масс-детекторами (IE, ловушка и тд)

[Korvet]

конкретно по этому случаю помогла бы масс-спектрометрия этих самых фрагментов. то есть мс3 фактически. и об этом пути исследования я писал, например в заготовке по MDMB(n)-BZ-F

если говорить об гх-мс, то гх-мс-мс смог бы показать, что идем по ложному пути...но это на мой взгляд и в даннный момент. со временем может выяснится что тоже бывают случаи....разные....