[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[alexlp]

Получили АИПСИН.
Первые впечатления.
С точки зрения информационного наполнения - выше всяких похвал! Это не только полная информация о физ-хим свойствах, номенклатуре и т.п., но и полный легальный статус в СНГ, Балтии и Европе, а так же подборка литературы по каждому соединению! Спектры, формулы, фрагментация, картинки коробочек и таблеток и много-много-много всего! И все это регулярно обновляется!
Появилось много спектров дериватов и дериватов метаболитов СК. Он без проблем справляется с метаболитами PB, например.
Теперь о разочарованиях.
АИПСИН больше не содержит библиотеку в свободном формате, т.е. закрыта возможность использования библиотеки в АМДИСе, НИСТе, Хемстанции....
В системе теперь только фирменный идентификатор. Он выдает шикарный интеллектуальный продукт с формулами, фрагментацией и списком литературы. Просто искусственный интеллект эксперта! Правда здорово и очень добротно!
Но алгоритм обработки хроматограмм откровенно убогий. Простое интегрирование, какой-то матч фактор, без объяснения критериев выявления подобия и возможность усреднения спектра на участке хроматограммы. Можно подстроить уровень мачфактора, минимальный сигнал/шум и ширину пика. И еще варианты разделения неподеленных пиков. Про деконволюцию можно забыть.
Предлагается параллельно использовать АМДИС: "Тем более , что идентификатор работает со сложными матрицами на минимальных уровнях сигнал/шум и в настоящее время используются без нареканий в суд-мед. экспертизе, наркологии и токсикологии, как РБ , так РФ...."

Вот такие первые восхищения и разочарования...

ЗЫ: Спектры наших уважаемых коллег-форумчан в базе присутствуют...

Сообщение отредактировал alexlp - 25.11.2014 - 22:54

[RedPepper]

какой-то матч фактор, без объяснения критериев выявления подобия

Как я понимаю, алгоритм расчёта матч-фактора в АИПСИНе аналогичен нистовскому...

...без ... возможность усреднения спектра на участке хроматограммы.

Да есть там возможность усреднения спектра - пользуюсь постоянно (пощёлкайте правой клавишей мыши на хроматограмме)...
И вычитание фона прикольно придумано - после интегрирования пика (не важно - в автоматическом или ручном режиме) можно просто протянуть мышкой поверх пика - выделятся зоны нулевой до и после пика...

[RedPepper]

А вообще, по опыту личного общения с разработчиками, они открыты для всех и готовы принимать к реализации практически любые здравые и обоснованные предложения по дополнению функционала своего программного продукта - так, по крайней мере, работаем с ними мы... Да, не всё быстро у них получается (по объективным, на мой взгляд, причинам), но они стараются... IMHO

[Korvet]

долго думал куда запостить...наверное сюда.

В общем интересный и поучительный случай. полезно будет для тех кто считает что имея только масс-спектр можно уже рисовать стр-ры...но как видно даже высокое разрешение может привести к недоразумениям, для низкого разрешения вероятность подобных ошибок понятное дело значительно выше...все во вложении

[alexlp]

А вообще, по опыту личного общения с разработчиками, они открыты для всех и готовы принимать к реализации практически любые здравые и обоснованные предложения по дополнению функционала своего программного продукта - так, по крайней мере, работаем с ними мы... Да, не всё быстро у них получается (по объективным, на мой взгляд, причинам), но они стараются... IMHO

Подтверждаю, что разработчики открыты к позитивному диалогу.
Собственно видение путей решения проблемы совпало - используя имеющийся механизм передачи спектров выделенных в результате деконволюции компонентов передавать их в формате MSP для обработки из АМДИС в АИПСИН.
Я вижу это таким образом: в АМДИС происходит первичная обработка хроматограммы и идентификация. Затем интересующие аналитика компоненты через "Add component/scan to search list" собираются в этом листе, лист и хроматограмма читаются АИПСИНовским идентификатором, он сличает его со своей базой и выдает красивый, развернутый ответ по известным ему компонентам.
Альтернативно может быть передан в АИПСИН весь набор выделенных компонентов через механизм "Analyze|Search NIST Library".
Это мое видение решения для хроматограмм биологических объектов. Надеюсь - Коллеги меня подправят...

Относительно того, что не все быстро у них получается - то же спорить не буду, т.к. "... Основа этого модуля уже написана. Время его подключения -2-4 апдейт следующего года...".

[Nayk]

долго думал куда запостить...наверное сюда.

Электронный удар то для них существенно отличный....

[Korvet]

Электронный удар то для них существенно отличный....

для них, да, но я то привел просто как пример! наверняка есть тысячи соединения, где на EI и 1Q будут подобные ошибочные "интерпретации", и при том с виду будет казаться что все супер, заметьте, что все линии до одной объясняются на спектре если мы принимаем гипотезу что у нас 4-мес это определяемое вещество, ну а истина при этом где-то в стороне!

[alexlp]

для них, да, но я то привел просто как пример! наверняка есть тысячи соединения, где на EI и 1Q будут подобные ошибочные "интерпретации", и при том с виду будет казаться что все супер, заметьте, что все линии до одной объясняются на спектре если мы принимаем гипотезу что у нас 4-мес это определяемое вещество, ну а истина при этом где-то в стороне!

Ваши предложения?

[Nayk]

Смотреть как минимум двумя разными масс-детекторами (IE, ловушка и тд)

[Korvet]

конкретно по этому случаю помогла бы масс-спектрометрия этих самых фрагментов. то есть мс3 фактически. и об этом пути исследования я писал, например в заготовке по MDMB(n)-BZ-F

если говорить об гх-мс, то гх-мс-мс смог бы показать, что идем по ложному пути...но это на мой взгляд и в даннный момент. со временем может выяснится что тоже бывают случаи....разные....

[Deminolog]

Даже больше скажу: даже с правильными ионами (а у меня на скрининге сейчас стоят правильные - 91, 130 и 144) в биожидкостях есть риск очень хорошо попасть на ложноположительный. При концентрациях менее 1 нг/мл там из матрицы что-то дико прет... По-крайней мере, у меня сейчас так...
P.S. Помню про письмо по поводу ESI, руки не доходят трактат дописать Там не так уж и много, просто вопрос глобальный достаточно, надо компактно это все вместить))))

Сообщение отредактировал Deminolog - 26.11.2014 - 16:12

[kashtan_ka]

Доброго времени суток!
В библиотеке под наименованием phentermine 10.947 скрывается фенирамин.

[alexlp]

Доброго времени суток!
В библиотеке под наименованием phentermine 10.947 скрывается фенирамин.

Вы абсолютно правы! Учтем немедленно!

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Во первых - исправлена досадная ошибка, на которую справедливо указала уважаемая kashtan_ka.
Искренне благодарю за помощь!
Так же добавлены 4 структуры из последнего обновления библиотеки rf-des_drug_21.11.2014:

1 QCBL(PPh-F(N))-2201
2 DMBA(PPh-F(N))-2201
3 AB-PINACA
4 PX-02
5 Pheniramine

Буду благодарен Коллегам за выявленные ошибки и не точности!

ЗЫ: Успевшим загрузить файлы библиотеки SUDMED_2120 от 25.11.2014 рекомендую повторить загрузку.

[KNIISE]

TSCA (Toxic Substances Control Act) MS Database for Non-Targeted Species
TSCA database in NIST format