Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )

Форум судебных медиков России
41 страниц V « < 34 35 36 37 > »   
>

Библиотеки масс-спектров, Масс-спектры сравнения, базы данных

Рейтинг  5
>
alexlp
сообщение 16.06.2008 - 21:41
Сообщение #1 (закреплено)


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35


Прикрепленные файлы
Судебная медицина - Прикрепленный файл  SUDMED_NNCN_20141108_2.zip ( 14.45 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  4102
Судебная медицина - Прикрепленный файл  SUDMED_MS_SETUP.pdf ( 404.04 килобайт ) Кол-во скачиваний:  1084
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_lib_20191231.pdf ( 634.57 килобайт ) Кол-во скачиваний:  897
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_amdislib_20191231.zip ( 1.16 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  671
Судебная медицина - Прикрепленный файл  SUDMED_MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip ( 1.11 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  586
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_nistlib_20191231.zip ( 2.61 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  642
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary.zip ( 1.02 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  606
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_lib_20191231_NEW.pdf ( 245.63 килобайт ) Кол-во скачиваний:  953
Судебная медицина - Прикрепленный файл  sudmed_ms_2832_lib_20191231_eng.pdf ( 581.64 килобайт ) Кол-во скачиваний:  965
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием

>

Библиотеки масс-спектров, Масс-спектры сравнения, базы данных

Рейтинг  5
>
alexlp
сообщение 19.01.2016 - 22:03
Сообщение #521


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Цитата(KNIISE @ 19.01.2016 - 14:57)

Теперь и для АМДИС Судебная медицина - Прикрепленный файл  SWGDRUG_AMDIS_20151230.zip ( 877.39 килобайт ) Кол-во скачиваний:  297

Содержание дополнений Судебная медицина - Прикрепленный файл  SWGDRUG_compound_list_12_24_15_NEW.pdf ( 34.78 килобайт ) Кол-во скачиваний:  602


Сообщение отредактировал alexlp - 19.01.2016 - 22:07
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 13.02.2016 - 10:55
Сообщение #522


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Уважаемые Коллеги!

Очередная сборка сводной библиотеки SUDMED_2283_LIB_20160209, добавлены позиции:

2280) Skatol ### Indole, 3-methyl-
2281) Gabapentin Lactam-TMS
2282) Gabapentin lactam
2283) Gabapentin-TMS

Буду благодарен за спектр или хроматограмму нативного Gabapentin и Gabapentin lactam -ME для включения в библиотеку (имеющиеся в DD2012 спектры не является contributed, и поэтому не могут быть просто скопированы).

Буду искренне благодарен за выявленные ошибки и не точности в библиотеке!
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 28.02.2016 - 14:29
Сообщение #523


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Уважаемые Коллеги!

Очередная сборка сводной библиотеки SUDMED_2286_LIB_20160224.
Добавлены позиции нового СК APINAC ### AKB-57 и спектры его предполагаемого специфичного маркера - Adamantanol:

2284) APINAC ### AKB-57 ### AKB57 ### ACBL(N)-018 # Adamantyl-1-pentyl-1Hindazole-3-carboxylate
2285) 2-Adamantanol, TMS derivative
2286) 1-Adamantanol



Увы, свободных для копирования спектров дериватов 1-Adamantanol в доступных библиотеках не нашел. Надеюсь, что спектр 2-Adamantanol, TMS derivative не сильно будет отличаться от спектра 1-Adamantanol ТМС.
Если общими усилиями удастся его изловить - обновим.

Второй, не специфичный, основной маркер может идентифицироваться, как AB-PINACA-M6 (3-COOH), methyl-, т.е. в виде дериватов пентил-индазольной кислоты.

Следует так же обращать внимание на случаи обнаружения фтор-бензил, фтор-пентил и циклогексилметил-индазольной кислоты и ее гидроксилированных и карбоксилированных и оксо метаболитов в виде соответствующих дериватов совместно с адамантанолом.

Некоторые спектры всех этих маркеров уже есть в библиотеке и названы по именам первых представителей этих семейств.

Буду благодарен за спектр или хроматограмму нативного APINAC из реальных вещ.доков, и его метаболитов-маркеров - из реальных мочей (NB! Предполагается, что как и все карбоксилаты APINAC в моче будет присутствовать только в виде осколков от гидролиза).

Буду искренне благодарен за выявленные ошибки и не точности в библиотеке!

PS: для Адамантанола во всем диапазоне рН LogP=2,16, т.е. можно предположить, что он будет экстрагироваться при любых значениях рН.

Сообщение отредактировал alexlp - 28.02.2016 - 14:48
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 20.03.2016 - 17:53
Сообщение #524


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Уважаемые Коллеги!

Очередная сборка сводной библиотеки SUDMED_2288_LIB_20160314, добавлены позиции от уважаемого Korvet:

2287) Pyrovaleron-COOH(TMS)
2288) Pyrovalerone

Буду искренне благодарен за выявленные ошибки и не точности в библиотеке!
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Constantin
сообщение 22.04.2016 - 18:35
Сообщение #525


Вновь прибывший

Группа: Пользователи
Регистрация: 19.04.2016
Пользователь №: 43 761


Добрый день Всем.
Случайно наткнулся на Ваш форум, почитав интересные темы и ответы, очень понравился.
Надеюсь поможете в поисках списка пестицидов от Agilent. Он прилагаться к DRS программе. В этом списке описано название аналита, m/z и время удерживание. Он идет в формате (*.doc)

примерно вот так:

Name______m/z_____RT
Chlordane__375_____11.415




Заранее благодарен все за помощь.

Сообщение отредактировал Constantin - 22.04.2016 - 18:36
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Korvet
сообщение 1.07.2016 - 07:54
Сообщение #526


Магистр форума

Группа: СМЭ
Регистрация: 13.05.2009
Из: Томск
Пользователь №: 14 703


Всем добрый день!
у нас кажется новинки. предположительно
фтор-пирролидингексанофенон

и N-этильный аналог бутилона.

Во вложении msp с тремя спектрами (фтор-пирролидингексанофенон, N-метильный аналог бутилона и его ацетильное производное ) и их RI. А также хроматограмма со всеми тремя. Малость перегрузил, видать забыл уж как с нативами работать!

Судебная медицина - Прикрепленный файл  NEW_BY1.D.rar ( 1.12 мегабайт ) Кол-во скачиваний:  291


Сообщение отредактировал Korvet - 1.07.2016 - 07:55
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
Korvet
сообщение 4.07.2016 - 03:22
Сообщение #527


Магистр форума

Группа: СМЭ
Регистрация: 13.05.2009
Из: Томск
Пользователь №: 14 703


ой, тысяча извинений. не N-метильный аналог бутилона, а N-этильный аналог бутилона, то есть вместо метильной группы при азоте - этильная.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
KNIISE
сообщение 19.07.2016 - 10:19
Сообщение #528


Продвинутый участник

Группа: Участники
Регистрация: 16.03.2010
Пользователь №: 20 614


Обновилась SWGDRUG - MS Library Version 3.0 (July 14, 2016)
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 8.08.2016 - 00:11
Сообщение #529


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Свежая SWGDRUG теперь и для AMDIS: https://1drv.ms/u/s!AnEB5e3EPZhjhf9SY5Im6YW70XXS0A
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
АМД
сообщение 15.08.2016 - 20:14
Сообщение #530


Опытный участник

Группа: Химики-аналитики
Регистрация: 12.01.2011
Пользователь №: 24 970


[Уважаемые коллеги, подскажите пожалуйста, как эту библиотеку SWGDRUG установить, чтобы она работала с AMDIS? Я пробовал но ничего не получилось.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 16.08.2016 - 00:17
Сообщение #531


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Цитата(АМД @ 15.08.2016 - 22:14)
[Уважаемые коллеги, подскажите пожалуйста, как эту библиотеку SWGDRUG установить, чтобы она работала с AMDIS? Я пробовал но ничего не получилось.

А в чем проблема?
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
АМД
сообщение 16.08.2016 - 13:45
Сообщение #532


Опытный участник

Группа: Химики-аналитики
Регистрация: 12.01.2011
Пользователь №: 24 970


я пытался распаковать файл, который для АМДИС, но выскакивает сообщение "не удалось открыть этот пакет исправлений". Что именно нужно сделать с этим файлом? На комне стоит АМДИС, в нем есть старая библиотека SWGDRUG А этот файл это обновление или новая библиотека?
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
alexlp
сообщение 16.08.2016 - 14:10
Сообщение #533


Мастер II

Группа: СМЭ
Регистрация: 14.06.2008
Пользователь №: 8 835


Цитата(АМД @ 16.08.2016 - 15:45)
я пытался распаковать файл, который для АМДИС, но выскакивает сообщение "не удалось открыть этот пакет исправлений". Что именно нужно сделать с этим файлом? На комне стоит АМДИС, в нем есть старая библиотека SWGDRUG А этот файл это обновление или новая библиотека?

Не нужно запускать MSP файл! Положите его к библиотекам АМДИСа и подключите как целевую библиотеку.
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
АМД
сообщение 16.08.2016 - 15:26
Сообщение #534


Опытный участник

Группа: Химики-аналитики
Регистрация: 12.01.2011
Пользователь №: 24 970


То есть этот файл положить в папку там где старый SWGDRUG и sudmed и проделать такую же процедуру как в инструкции для библиотеки sudmed? Приношу свои извинения за такие элементарные вопросы, но я это делаю в первый раз. При настройке ГХМС нам все это сделал инженер, при этом он делал все так быстро, что я не успел проследить за действиями и записать
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием
zavlab
сообщение 16.08.2016 - 16:15
Сообщение #535


Участник форума

Группа: Химики-аналитики
Регистрация: 6.06.2009
Из: Могилев
Пользователь №: 15 240


Файл swgdrug_amdis_20160714.MSP поместить по пути диск:\nist14\amdis32\LIB\, затем в программе амдис 32 как обычно выбрать библиотеку: Analisys\setting\libr\select new
Пользователь offline
К началу страницы
+Ответить с цитированием

41 страниц V « < 34 35 36 37 > » 



- Обратная связь Сейчас: 24.06.2025 - 10:44