Цитата(Gordiz @ 8.07.2011 - 00:02)
Уважаемый Odessit!
Я действительно отстал от жизни. А Вы напротив, работаете на самом острие науки! С момента выхода статьи прошло всего две недели, а Вы уже вовсю внедряете новый метод. Забавно, что изначально в опубликованном исследовании планировалось обнаружить зависимость между метилированием и сексуальной ориентацией, но не получилось. А полученным данным нашли другое применение. Авторы заявляют точность определения возраста по степени метилирования 80 маркеров – 5,2 года. Правда, выборка у них невелика. Конечно, в экспертной лаборатории нереально тестировать все 80 маркеров, но авторы предложили три наиболее информативных локуса для упрощенного варианта анализа. В статье для этого использовали масспектрометр и пиросеквенатор. Но, думаю, эти маркеры можно тестировать и с помощью RealTime PCR или фрагментного анализа. Лишь бы это было кому-то нужно.
Господа, товарищи и бояре, читайте статьи в Плос1 исключительно критически! Заявленная точность метода в 5.2 года - это на самом деле среднее по разнице между реальным и наблюдаемым возрастом (residuals), что является, мягко говоря, нестандартной оценкой точности. Если тот же самый "метод" использовать для оценки точности sjTREC метода, то он окажется раза в 2 лучше, чем установление возраст по метилированию ДНК в слюне. Соот-но, если рассчитать нормально, как общепринято, Стандартную Ошибку Оценки (SEE) для слюны, то она составит порядка +/- 15 лет.
Тем не менее, метилирование ДНК - действительно мощный предиктор хронологического возраста. Жаль только, что некоторые
пидорасы недобросовестные ученые умудряются тискать паршивые статейки в паршивых журанальчиках поперед ответственных ученых

Цитата(Зубр @ 22.07.2011 - 22:39)
Доброго времени суток, коллеги!
И вместе с тем, чтобы этот метод возымел практическое значение не достаточно валидации в какой-то одной лаборатории. Это должна быть масштабная работа нескольких центров судгенетики с серией публикаций в ведущих журналах, причём эта работа заранее не обречена на успех, так как не всё может оказаться адекватно задуманному, могут возникнуть сложности и прочие моменты неопределённости. Посему, уповать на быстрое и надёжное внедрение в практику только что совершённого изобретения - я бы не стал.
Всем привет.
Совершенно верно! Эта "масштабная работа без шансов на успех"

называется Developmental Validation - практически стандарт для новых ДНК-методов.
Цитата(Gordiz @ 21.07.2011 - 08:48)

Уважаемый Odessit!
Если создавать систему для практического использования опубликованных данных, необходимо наладить одновременный анализ шести мишеней: метилированное и неметилированное состояние для каждого из трех наиболее информативных маркеров, описанных в статье. Желательно, чтобы соблюдался принцип: один образец - одна пробирка (т.е. мультиплекс) и использовался метод колличественной детекции, уже имеющийся в действующих судебно-генетических лабораториях. Таких методов два: Real-Time PCR и фрагментный анализ на генетическом анализаторе. Предпочтительным методом является Real-Time PCR, поскольку он дает более точную колличественную оценку. Но, к сожалению, у нас судебно-генетические лаборатории комплектуются морально устаревшими приборами ABI 7000/7500, малопригодными для проведения мультиплексыных реакций.
Остается фрагментный анализ на генетическом анализаторе. Описаны разные возможности использования этого метода для количественной оценки степени метилирования: аллель-специфичная ПЦР после бисульфитной конверсии, однонуклеотидная достройка праймеров, метилчувствительные рестриктазы. Но в любом случае это будет совершенно новая система, никак не связанная с анализом тандемных повторов.
И, конечно, до внедрения ее нужно валидировать на большом количестве разных образцов.
Реально, методов конечно больше, чем два, причем "морально устаревшие" ABI вполне для этих методов пригодны (собс-но они неплохо годятся и для мултиплексной ПЦР, кабы этот мультиплекс вообще был нужен...). Например, с использованием рестирктаз, чувствительных к метилированию. А вот бисульфитная конверсия для криминалистических образцов как раз мало подходит, уж больно кол-ва исходной ДНК требуются (не верьте рекламам про суб-нанограмную чувствительноть бисульфитных китов, реально нужны сотни нг для надежной работы!).